Changeset 29337 in project


Ignore:
Timestamp:
07/09/13 06:58:16 (8 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

nemo: updates to CA3 example

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/nemo/trunk/examples/CA3/CA3_Hemond08.nemo

    r29333 r29337  
    5050                        (output cm  ))
    5151             
     52
    5253             (component (type geometry) (name soma)
    5354                        (const L = 13.21)
    5455                        (const diam = 11.218)
    5556                        (output L diam  ))
    56              
    57              
     57
     58
    5859             (component (type decaying-pool) (name ca)
    5960                       
     
    7273                        (output ca cao)
    7374                        )
    74              
    75              
    76              (component (type ionic-current) (name CaGK )
    77                        
    78                         (input
    79                          (cai from ion-pools))
    80                        
    81                         (component (type gate)
    82                                    
    83                                    
    84                                    (const d1 = 0.84)
    85                                    (const d2 = 1.0)
    86                                    (const k1 = 0.48e-3)
    87                                    (const k2 = 0.13e-6)
    88                                    (const abar = 0.28)
    89                                    (const bbar = 0.48)
    90                                    
    91                                    ;; rate functions
    92                                    (defun exp1 (k d v)
    93                                      (k * exp ((-2e-3 * F * d * v) / R / (273.15 + celsius)))
    94                                      )
    95                                    
    96                                    (defun alpha_c (v c)
    97                                      (c * abar / (c + exp1 (k1 d1 v))))
    98                                    
    99                                    (defun beta_c (v c)
    100                                      (bbar / (1 + c / exp1 (k2 d2 v))))
    101                                    
    102                                    (am  = (alpha_c (v cai)))
    103                                    (mtau = (1 / (am + beta_c (v cai))))
    104                                    (minf = (am * mtau))
    105                                    
    106                                    (hh-ionic-gate
    107                                     (CaGK  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    108                                      (initial-m  (minf))
    109                                      (m-power    1)
    110                                      (h-power    0)
    111                                      (m-inf      (minf))
    112                                      (m-tau      (mtau))
    113                                      ))
    114                                    
    115                                    )
    116                        
    117                         (component (type pore)
    118                                    (const  gbar  = 0.01)
    119                                    (output gbar ))
    120                        
    121                        
    122                         (component (type permeating-ion) (name k)
    123                                    (e = ek)
    124                                    (output e ))
    125                        
    126                         (component (type modulating-ion) (name ca) )
    127                        
    128                         ) ;; end KCa current
    129 
    130              
    131              (component (type voltage-clamp) (name CaGK)
    132                        
    133                         (const vchold   = -71)
    134                         (const vcbase   = -69)
    135                         (const vcinc    = 10)
    136                         (const vcsteps  = 8)
    137                         (const vchdur   = 30)
    138                         (const vcbdur   = 100)
    139                        
    140                         (const cnhold   = 5e-5)
    141                         (const cnbase   = 5e-5)
    142                         (const cninc    = 1e3)
    143                         (const cnsteps  = 1)
    144                         (const cnout    = 2)
    145                        
    146                         (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur
    147                                 cnhold cnbase cninc cnsteps cnout)
    148                         )
    149 
    15075
    15176
     
    235160                        )
    236161
     162
     163
     164             ;; I-h channel from Magee 1998 for distal dendrites
     165
     166             (component (type ionic-current) (name Ih )
     167
     168                        (component (type gate)
     169                                   
     170                                   (const vhalfl = -73)
     171                                   (const kl     = -8)
     172                                   (const vhalft = -75)
     173                                   (const a0t    = 0.011)
     174                                   (const zetat  = 2.2)
     175                                   (const gmt    = 0.4)
     176                                   (const q10    = 4.5)
     177                                   (const qtl    = 1)
     178
     179                                   (defun alpha_t (v)
     180                                     (exp (0.0378 * zetat * (v - vhalft))))
     181
     182                                   (defun beta_t (v)
     183                                     (exp (0.0378 * zetat * gmt * (v - vhalft))))
     184
     185                                   (qt = (pow (q10 ~ ((celsius - 33) / 10))))
     186                                   
     187                                   (a    = (alpha_t (v)))
     188                                   (linf = (1 / (1 + exp (neg (v - vhalfl) / kl))))
     189                                   (ltau = (beta_t (v) / (qtl * qt * a0t * (1 + a))))
     190
     191                                   (hh-ionic-gate
     192                                    (Ih  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     193                                     (initial-m (linf))
     194                                     (m-power   1)
     195                                     (h-power   0)
     196                                     (m-inf     (linf))
     197                                     (m-tau     (ltau))))
     198                                   )
     199
     200
     201                        (component (type pore)
     202                                   (const ghdbar = .0001)
     203                                   (output ghdbar))
     204
     205                       
     206                        (component (type permeating-ion) (name non-specific)
     207                                   (const ehd = -30)
     208                                   (output ehd))
     209                       
     210                        ;; end Ih current
     211                        )
     212
     213
     214             (component (type voltage-clamp) (name Ih)
     215                       
     216                        (const vchold   = -71)
     217                        (const vcbase   = -70)
     218                        (const vcinc    = 20)
     219                        (const vcsteps  = 8)
     220                        (const vchdur   = 30)
     221                        (const vcbdur   = 100)
     222                       
     223                        (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
     224                        )
     225
     226
     227             ;; Borg-Graham type generic K-AHP channel
     228             
     229             (component (type ionic-current) (name KAHP )
     230                       
     231                        (input
     232                         (cai from ion-pools))
     233                       
     234                        (component (type gate)
     235                                   
     236                                   
     237                                   (const a0 = 1e8) ;; (/ms-mM-mM-mM-mM)
     238                                   (const b0 = .5e-2) ;;  (/ms)
     239
     240                                   (const q10 = 3)
     241                                   
     242                                   (defun alpha (cai)
     243                                     (a0 * pow (cai ~ 4)))
     244                                   
     245                                   (qt = (pow (q10 ~ ((celsius - 24) / 10))))
     246                                   
     247                                   (a    = (alpha (cai)))
     248                                   (atau = (1 / (qt * (a + b0))))
     249                                   (ainf = (a * atau * qt))
     250                                   
     251                                   (hh-ionic-gate
     252                                    (KAHP  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     253                                     (initial-m  (ainf))
     254                                     (m-power    1)
     255                                     (h-power    0)
     256                                     (m-inf      (ainf))
     257                                     (m-tau      (atau))
     258                                     ))
     259                                   
     260                                   )
     261                       
     262                        (component (type pore)
     263                                   (const  gbar  = 0.003)
     264                                   (output gbar ))
     265                       
     266                       
     267                        (component (type permeating-ion) (name k)
     268                                   (e = ek)
     269                                   (output e ))
     270                       
     271                        (component (type modulating-ion) (name ca) )
     272                       
     273                        ) ;; end KAHP current
     274
     275
     276             (component (type voltage-clamp) (name KAHP)
     277                       
     278                        (const vchold   = -71)
     279                        (const vcbase   = -70)
     280                        (const vcinc    = 10)
     281                        (const vcsteps  = 8)
     282                        (const vchdur   = 30)
     283                        (const vcbdur   = 100)
     284
     285                        (const cnhold   = 5e-5)
     286                        (const cnbase   = 5e-5)
     287                        (const cninc    = 1e3)
     288                        (const cnsteps  = 1)
     289                        (const cnout    = 2)
     290                       
     291                        (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur
     292                                cnhold cnbase cninc cnsteps cnout)
     293                        )
     294             
     295             
     296             
    237297
    238298             ;; N-type calcium current
     
    437497                        )
    438498
    439 
    440              
    441              ;; I-h channel from Magee 1998 for distal dendrites
    442 
    443              (component (type ionic-current) (name Ih )
    444 
    445                         (component (type gate)
    446                                    
    447                                    (const vhalfl = -73)
    448                                    (const kl     = -8)
    449                                    (const vhalft = -75)
    450                                    (const a0t    = 0.011)
    451                                    (const zetat  = 2.2)
    452                                    (const gmt    = 0.4)
    453                                    (const q10    = 4.5)
    454                                    (const qtl    = 1)
    455 
    456                                    (defun alpha_t (v)
    457                                      (exp (0.0378 * zetat * (v - vhalft))))
    458 
    459                                    (defun beta_t (v)
    460                                      (exp (0.0378 * zetat * gmt * (v - vhalft))))
    461 
    462                                    (qt = (pow (q10 ~ ((celsius - 33) / 10))))
    463                                    
    464                                    (a    = (alpha_t (v)))
    465                                    (linf = (1 / (1 + exp (neg (v - vhalfl) / kl))))
    466                                    (ltau = (beta_t (v) / (qtl * qt * a0t * (1 + a))))
    467 
    468                                    (hh-ionic-gate
    469                                     (Ih  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    470                                      (initial-m (linf))
    471                                      (m-power   1)
    472                                      (h-power   0)
    473                                      (m-inf     (linf))
    474                                      (m-tau     (ltau))))
    475                                    )
    476 
    477 
    478                         (component (type pore)
    479                                    (const ghdbar = .0001)
    480                                    (output ghdbar))
    481 
    482                        
    483                         (component (type permeating-ion) (name non-specific)
    484                                    (const ehd = -30)
    485                                    (output ehd))
    486                        
    487                         ;; end Ih current
    488                         )
    489 
    490 
    491              (component (type voltage-clamp) (name Ih)
    492                        
    493                         (const vchold   = -71)
    494                         (const vcbase   = -70)
    495                         (const vcinc    = 20)
    496                         (const vcsteps  = 8)
    497                         (const vchdur   = 30)
    498                         (const vcbdur   = 100)
    499                        
    500                         (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
    501                         )
    502 
    503 
    504              ;; Borg-Graham type generic K-AHP channel
    505              
    506              (component (type ionic-current) (name KAHP )
     499             
     500             
     501             (component (type ionic-current) (name CaGK )
    507502                       
    508503                        (input
     
    512507                                   
    513508                                   
    514                                    (const a0 = 1e8) ;; (/ms-mM-mM-mM-mM)
    515                                    (const b0 = .5e-2) ;;  (/ms)
    516 
    517                                    (const q10 = 3)
    518                                    
    519                                    (defun alpha (cai)
    520                                      (a0 * pow (cai ~ 4)))
    521                                    
    522                                    (qt = (pow (q10 ~ ((celsius - 24) / 10))))
    523                                    
    524                                    (a    = (alpha (cai)))
    525                                    (atau = (1 / (qt * (a + b0))))
    526                                    (ainf = (a * atau * qt))
     509                                   (const d1 = 0.84)
     510                                   (const d2 = 1.0)
     511                                   (const k1 = 0.48e-3)
     512                                   (const k2 = 0.13e-6)
     513                                   (const abar = 0.28)
     514                                   (const bbar = 0.48)
     515                                   
     516                                   ;; rate functions
     517                                   (defun exp1 (k d v)
     518                                     (k * exp ((-2e-3 * F * d * v) / R / (273.15 + celsius)))
     519                                     )
     520                                   
     521                                   (defun alpha_c (v c)
     522                                     (c * abar / (c + exp1 (k1 d1 v))))
     523                                   
     524                                   (defun beta_c (v c)
     525                                     (bbar / (1 + c / exp1 (k2 d2 v))))
     526                                   
     527                                   (am  = (alpha_c (v cai)))
     528                                   (mtau = (1 / (am + beta_c (v cai))))
     529                                   (minf = (am * mtau))
    527530                                   
    528531                                   (hh-ionic-gate
    529                                     (KAHP  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    530                                      (initial-m  (ainf))
     532                                    (CaGK  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     533                                     (initial-m  (minf))
    531534                                     (m-power    1)
    532535                                     (h-power    0)
    533                                      (m-inf      (ainf))
    534                                      (m-tau      (atau))
     536                                     (m-inf      (minf))
     537                                     (m-tau      (mtau))
    535538                                     ))
    536539                                   
     
    538541                       
    539542                        (component (type pore)
    540                                    (const  gbar  = 0.003)
     543                                   (const  gbar  = 0.01)
    541544                                   (output gbar ))
    542545                       
     
    548551                        (component (type modulating-ion) (name ca) )
    549552                       
    550                         ) ;; end KAHP current
    551 
    552 
    553              (component (type voltage-clamp) (name KAHP)
     553                        ) ;; end KCa current
     554
     555             
     556             (component (type voltage-clamp) (name CaGK)
    554557                       
    555558                        (const vchold   = -71)
    556                         (const vcbase   = -70)
     559                        (const vcbase   = -69)
    557560                        (const vcinc    = 10)
    558561                        (const vcsteps  = 8)
    559562                        (const vchdur   = 30)
    560563                        (const vcbdur   = 100)
    561 
     564                       
    562565                        (const cnhold   = 5e-5)
    563566                        (const cnbase   = 5e-5)
     
    569572                                cnhold cnbase cninc cnsteps cnout)
    570573                        )
     574
     575
     576
     577
     578
    571579
    572580
     
    707715                       
    708716                        (component (type pore)
    709                                    (const  gbar  = 0.0)
     717                                   (const  gbar  = 0.0001)
    710718                                   (output gbar ))
    711719                       
     
    864872                        (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
    865873                        )
    866 
    867874
    868875             ;; Na current
     
    974981                        ;; end Na current
    975982                        )
    976                
    977983
    978984             
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.