Changeset 29306 in project


Ignore:
Timestamp:
07/04/13 06:21:33 (8 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

nemo: typo fixes in CA3 example model

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/nemo/trunk/examples/CA3/CA3_Hemond08.nemo

    r29169 r29306  
    1313
    1414   (const  F = 96485.3)
    15    (const  R = 8.3134)
     15   (const  R = 8.313424)
    1616   (const  KTOMV = .0853); (mV/degC)
    1717
    1818   (const ek    = -90)   
    1919   (const ena   = 55)   
    20    (const ki    = .001)
     20   (const ki    = 0.001)
    2121
    2222   (defun h2 (cai) (ki / (ki + cai)))
    2323
    2424   (defun KTF (celsius)
    25      ((25. / 293.15) * (celsius + 273.15))
     25     ((25.0 / 293.15) * (celsius + 273.15))
    2626     )
    2727   
     
    5454      (input (ica from ion-currents))
    5555
    56               (const  d       = .1)
    57               (const  cao     = 2.)
     56              (const  d       = 0.1)
     57              (const  cao     = 2.0)
    5858              (const  cai0    = 50e-6)
    59               (const  tau     = 100.)
    60 
    61               (d (ca) =  ((neg (ica) / (2 * F * d)) * 1e4 - ((ca - cai0) / tau))
     59              (const  tau     = 100.0)
     60
     61              (const irest    = 0)
     62
     63              (d (ca) =  (((irest - ica) / (2 * F * d)) * 1e4 + ((cai0 - ca) / tau))
    6264                         (initial cai0))
    6365             
     
    7476
    7577
    76                  (const d1 = .84)
    77                  (const d2 = 1.)
    78                  (const k1 = .48e-3)
    79                  (const k2 = .13e-6)
    80                  (const abar = .28)
    81                  (const bbar = .48)
     78                 (const d1 = 0.84)
     79                 (const d2 = 1.0)
     80                 (const k1 = 0.48e-3)
     81                 (const k2 = 0.13e-6)
     82                 (const abar = 0.28)
     83                 (const bbar = 0.48)
    8284
    8385                 ;; rate functions
    8486                 (defun exp1 (k d v)
    85                    (k * exp ((-2. * d * F * v) / (R * (273.15 + celsius))))
     87                   (k * exp ((-2e-3 * F * d * v) / R / (273.15 + celsius)))
    8688                   )
    8789
    8890                 (defun alpha_c (v c)
    89                    ((c * abar) / (c + exp1 (k1 d1 v))))
     91                   (c * abar / (c + exp1 (k1 d1 v))))
    9092                 
    9193                 (defun beta_c (v c)
    9294                   (bbar / (1 + c / exp1 (k2 d2 v))))
    9395
    94                  (mtau = (1 / (alpha_c (v c) + beta_c (v c))))
    95                  (minf = ((alpha_c (v c) * mtau)))
     96                 (am  = (alpha_c (v c)))
     97                 (mtau = (1 / (am + beta_c (v c))))
     98                 (minf = (am * mtau))
    9699             
    97100                 (hh-ionic-gate
     
    186189              (component (type permeability)
    187190                         
    188                          (const gcalbar = .003)
     191                         (const gcalbar = 0.003)
    189192
    190193                         (p   = (gcalbar * ghk (v cai cao celsius) * h2 (cai)))
     
    212215                 (const mmin   = 0.2)
    213216                 (const hmin   = 3)
    214                  (const a0m    =  0.03)
    215                  (const zetam  = 20)
     217                 (const a0m    = 0.03)
     218                 (const zetam  = 2)
    216219                 (const vhalfm = -14)
    217220                 (const gmm    =  0.1)
     
    221224
    222225                 (defun beta_h (v)
    223                    (1 / (exp ((neg (v) + 39.0) / 10.) + 1.)))
     226                   (1 / (exp ((neg (v) + 39.0) / 10.0) + 1.0)))
    224227
    225228                 (defun alpha_m (v)
     
    320323
    321324                            (am = (0.2 * (-1.0 * v + 19.26) / (exp ((-1.0 * v + 19.26) / 10.0) - 1.0)))
    322                             (bm = (0.009 * exp(neg (v) / 22.03)))
     325                            (bm = (0.009 * exp (neg (v) / 22.03)))
    323326                           
    324327                            (minf = (am / (am + bm)))
     
    390393                           
    391394                            (a    = (alpha_t (v)))
    392                             (linf = (1 / (1 + exp (-(v - vhalfl) / kl))))
     395                            (linf = (1 / (1 + exp (neg (v - vhalfl) / kl))))
    393396                            (ltau = (beta_t (v) / (qtl * qt * a0t * (1 + a))))
    394397
     
    434437                              (a0 * pow (cai ~ 4)))
    435438                           
    436                             (qt = (pow (q10 ~ ((celsius - 25) / 10))))
     439                            (qt = (pow (q10 ~ ((celsius - 24) / 10))))
    437440                           
    438441                            (a    = (alpha (cai)))
     
    684687                            (inf = (1 / (1 + exp ((v - vhalfl - sh) / kl))))
    685688                            (a   = (alpha_t (v)))
    686                             (tau = ((b0 + beta_t(v) / (a0t * (1 + a)))))
     689                            (tau = (b0 + beta_t(v) / (a0t * (1 + a))))
    687690
    688691                            (hh-ionic-gate
     
    737740
    738741
    739                             (qt = (pow (q10 ~ ((celsius - 34) / 10))))
     742                            (qt = (pow (q10 ~ ((celsius - 24) / 10))))
    740743
    741744
     
    776779
    777780              (component (type pore)
    778                          (const gbar = .01)
     781                         (const gbar = 0.01)
    779782                         (output gbar))
    780783
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.