Changeset 29266 in project


Ignore:
Timestamp:
06/28/13 03:07:15 (8 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

9ML-toolkit; updates to Brunel example plotting script

Location:
release/4/9ML-toolkit/trunk/examples/Brunel00
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/9ML-toolkit/trunk/examples/Brunel00/Makefile

    r29039 r29266  
    1111
    1212clean:
    13         rm -f  TestBrunelIaF BrunelNetDeltaPoisson
     13        rm -f  TestBrunelIaF BrunelNetDeltaPoisson BrunelNetAlphaPoisson
    1414
    1515
  • release/4/9ML-toolkit/trunk/examples/Brunel00/plot-activity.scm

    r29028 r29266  
    2121    )
    2222
    23 (define (connectivity-plot spike-file xrange yrange)
     23(define (connectivity-plot spike-file plot-label xrange yrange)
    2424  (match-let
    2525
     
    9898           (close-output-port dataport))
    9999         
    100          (plot:init 'png (make-pathname "." (sprintf "~A_activity.png"
    101                                                      (pathname-strip-directory
    102                                                       (pathname-strip-extension spike-file )))))
     100         (plot:init 'png (make-pathname
     101                          "."
     102                          (sprintf "~A_activity.png"
     103                                   (pathname-strip-directory
     104                                    (pathname-strip-extension spike-file )))))
    103105         
    104106         (plot:arg "-cm" )
    105 ;;       (plot:arg "-pagesize" "20,20")
    106          (plot:arg "-textsize" "24")
     107         (plot:arg "-pagesize" "12,12")
     108         (plot:arg "-font"     "FreeSans")
     109         (plot:arg "-textsize" "11")
    107110         (plot:arg "-maxrows"    "700000")
    108111         (plot:arg "-maxfields"  "1400000")
     
    118121       
    119122         (plot:proc "areadef"
    120                   `(("title"     . ,(sprintf "Cell activity (average firing frequency = ~A Hz)"
    121                                              average-firing-frequency))
    122                     ("rectangle" . "2 7 18 18")
     123                  `(("title"     . ,(sprintf "~A (avg. firing frequency = ~A Hz)"
     124                                             plot-label average-firing-frequency))
     125                    ("rectangle" . "2 3.5 10 9")
    123126                    ("areacolor" . "white")
    124127
     
    126129                    ("xaxis.axisline"  . "no")
    127130                    ("xaxis.tics"      . "no")
    128                     ("xaxis.stubs"     . "inc 50")
    129                     ("xaxis.stubrange" . "0")
    130                     ("xaxis.stubdetails" . "adjust=0,1")
     131;;                  ("xaxis.stubs"     . "inc 50")
     132;;                  ("xaxis.stubrange" . "0")
     133;;                  ("xaxis.stubdetails" . "adjust=0,1")
    131134
    132135                    ("yrange"          . "0 51")
    133                     ("yaxis.label"     . "Cell")
     136;;                  ("yaxis.label"     . "Cell")
    134137                    ("yaxis.axisline"  . "no")
    135138                    ("yaxis.tics"      . "no")
    136                     ("yaxis.stubs"     . "inc 10")
    137                     ("yaxis.stubrange" . "0")
     139;;                  ("yaxis.stubs"     . "inc 10")
     140;;                  ("yaxis.stubrange" . "0")
    138141                    )
    139142                  )
     
    148151                  `(("xfield"    .  "xcoord")
    149152                    ("yfield"    .  "ycoord")
    150                     ("linelen"   . "0.15")
     153                    ("linelen"   . "0.05")
     154                    ("linedetails"   . "width=1.5")
    151155                    ("linedir"   . "v")
    152156                    ))
     
    161165       
    162166       (plot:proc "areadef"
    163                   `(("title"     . "Spike # per time bin")
    164                     ("rectangle" . "2 1.5 18 5")
     167                  `(;; ("title"     . "Spike # per time bin")
     168                    ("rectangle" . "2 1 10 3")
    165169                    ("areacolor" . "white")
    166170                   
     
    170174                    ("xaxis.stubs"     . "inc 50")
    171175                    ("xaxis.stubrange" . "0")
    172                     ("xaxis.stubdetails" . "adjust=0,1")
     176                    ("xaxis.label"     . "t [ms]")
     177                    ("xaxis.labeldetails" . "adjust=0,-0.4")
    173178
    174179                    ("yrange"      . ,(sprintf "0 ~A" yrange))
    175180                    ;; ("yautorange"      . "datafield=count")
    176                     ("yaxis.label"     . "# spikes")
     181;;                  ("yaxis.label"     . "# spikes")
    177182                    ("yaxis.labeldistance" . "1.5")
    178183                    ("yaxis.axisline"  . "no")
    179184                    ("yaxis.tics"      . "no")
    180                     ("yaxis.stubs"     . "inc")
     185                    ("yaxis.stubs"     . ,(sprintf "inc ~A" (/ (string->number yrange) 5)))
    181186                    )
    182187                  )
  • release/4/9ML-toolkit/trunk/examples/Brunel00/sge_net_poisson_job.sh

    r29040 r29266  
    1414#$ -q short
    1515
    16 # Request 14G of memory per task
    17 #$ -l h_vmem=14G
     16# Request 16G of memory per task
     17#$ -l h_vmem=16G
    1818
    1919
     
    2323#$ -v LD_LIBRARY_PATH
    2424
    25 make BrunelNetDeltaPoisson
     25cd SHAREDDIR
     26make BrunelNetAlphaPoisson
    2627
    2728echo "==============Starting simulation==============="
    28 cd SHAREDDIR
    2929
    30 time ./BrunelNetAlphaPoisson @MLton gc-summary fixed-heap 8G --
     30time ./BrunelNetAlphaPoisson @MLton gc-summary fixed-heap 8G may-page-heap true --
    3131
    3232
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.