Changeset 29141 in project


Ignore:
Timestamp:
06/21/13 09:07:09 (8 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

nemo: a few more channels added to CA1 example

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/nemo/trunk/examples/CA1/CA1_Royeck08.nemo

    r29140 r29141  
    510510                         (ab    = (alpha + beta))
    511511       
    512                          (uinf  = (alpha / sum))
     512                         (uinf  = (alpha / ab))
    513513                         (utau  = (timesTau / (ab * q10) + plusTau))
    514514
     
    532532                         (output ek))
    533533             
    534               ;; end KDR current
    535               )
    536 
     534              ;; end KM current
     535              )
     536
     537   
     538
     539   (component (type ionic-current) (name Nax )
     540             
     541              (component (type gate)
     542                         
     543                         (const h = 8)
     544                         (const tha = -30)
     545                         (const qa = 7.2)
     546                         (const Ra = 0.4)
     547                         (const Rb = 0.124)
     548
     549                         (const thi1  = -45)
     550                         (const thi2  = -45)
     551                         (const qd    = 1.5)
     552                         (const qg    = 1.5)
     553                         (const mmin  = 0.02)
     554                         (const hmin  = 0.5)
     555                         
     556                         (const q10   = 2)
     557                         (const Rg    = 0.01)
     558                         (const Rd    = .03)
     559
     560                         (const thinf = -50)
     561                         (const qinf  = 4)
     562
     563                         (qt = (pow (q10 ((celsius - 24) / 10))))
     564
     565                         (defun trap0 (v th a q)
     566                           (if (abs (v - th) > 1e-6)
     567                               then (a * (v - th) / (1 - exp (neg (v - th) / q)))
     568                               else (a * q)))
     569
     570                         (am = (trap0 (vm (tha + sh2) Ra qa)))
     571                         (bm = (trap0 ((neg (vm)) (neg (tha) - sh2) Rb qa)))
     572                         
     573                         (mtau = (let ((u (1 / (am + bm) / qt)))
     574                                   (if (u < mmin) then mmin else u)))
     575                         (minf = (am / (am + bm)))
     576
     577                         (ah   =  (trap0 (vm thi1 Rd qd) ))
     578                         (bh   =  (trap0 ((neg (vm) (neg (thi2)) Rg qg))))
     579                         (htau =  (let ((u ((1 / (ah + bh) / qt))))
     580                                    (if (u < hmin) then hmin else u)))
     581                         (hinf = (1 / (1 + exp ((vm - thinf) / qinf))))
     582
     583                         (hh-ionic-gate
     584                          (Nax  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     585                           (initial-m (minf))
     586                           (initial-h (hinf))
     587                           (m-power   3)
     588                           (h-power   1)
     589                           (m-inf     (minf))
     590                           (m-tau     (mtau))
     591                           (h-inf     (hinf))
     592                           (h-tau     (htau))
     593                           ))
     594                         )
     595
     596
     597              (component (type pore)
     598                         (const gbar = .010)
     599                         (output gbar))
     600
     601             
     602              (component (type permeating-ion) (name na)
     603                         (const ena = 55)
     604                         (output ena))
     605             
     606              ;; end Nax current
     607              )
     608
     609   
     610
     611   (component (type ionic-current) (name NaP )
     612             
     613              (component (type gate)
     614                         
     615                         
     616                         (const timestauh = 1)
     617                         (const timestaum = 1)
     618                         (const shifttaum = 1)
     619                         (const shifttauh = 1)
     620
     621                         (const mtau = 1)
     622                         (minf = (1 / (1 + exp(neg (v + 52.3) / 6.8))))
     623
     624                         (hh-ionic-gate
     625                          (NaP  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     626                           (initial-m (minf))
     627                           (m-power   1)
     628                           (h-power   0)
     629                           (m-inf     (minf))
     630                           (m-tau     (mtau))
     631                           ))
     632                         )
     633
     634
     635              (component (type pore)
     636                         (const gbar = .0052085)
     637                         (output gbar))
     638
     639             
     640              (component (type permeating-ion) (name na)
     641                         (const ena = 55)
     642                         (output ena))
     643             
     644              ;; end NaP current
     645              )
     646
     647   
     648
     649   (component (type ionic-current) (name NaIn )
     650             
     651              (component (type gate)
     652
     653                         (defun alpha_h (vm)
     654                           (let ((a -0.00288)
     655                                 (b -0.049)
     656                                 (k  4.63))
     657                             (1000 * (a * vm + b) / (1 - exp ((vm + b / a) / k)))
     658                             ))
     659                         
     660                         (defun beta_h (vm)
     661                           (let ((a 0.00694)
     662                                 (b 0.447)
     663                                 (k -2.63))
     664                             (1000 * (a * vm + b) / (1 - exp ((vm + b / a) / k)))))
     665
     666                         
     667                         (minf = (1 / (1 + exp (neg (v + 52.6) / 4.6))))
     668                         (ah = (alpha_h (v)))
     669                         (bh = (beta_h (v)))   
     670                         (const mtau = 1)
     671
     672                         (hinf = (ah / (ah + bh)))
     673                         (htau = (1 / (ah + bh)))
     674
     675                         (hh-ionic-gate
     676                          (NaP  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     677                           (initial-m (minf))
     678                           (initial-h (hinf))
     679                           (m-power   1)
     680                           (h-power   1)
     681                           (m-inf     (minf))
     682                           (m-tau     (mtau))
     683                           (h-inf     (hinf))
     684                           (h-tau     (htau))
     685                           ))
     686                         )
     687
     688
     689              (component (type pore)
     690                         (const gbar = .0052085)
     691                         (output gbar))
     692
     693             
     694              (component (type permeating-ion) (name na)
     695                         (const ena = 55)
     696                         (output ena))
     697             
     698              ;; end NaIn current
     699              )
     700
     701
     702   (component (type ionic-current) (name Na3 )
     703             
     704              (component (type gate)
     705
     706                         
     707
     708                         (hh-ionic-gate
     709                          (Na3  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     710                           (initial-m (minf))
     711                           (initial-h (hinf))
     712                           (m-power   3)
     713                           (h-power   1)
     714                           (m-inf     (minf))
     715                           (m-tau     (mtau))
     716                           (h-inf     (hinf))
     717                           (h-tau     (htau))
     718                           ))
     719
     720                         )
     721
     722
     723              (component (type pore)
     724                         (const gbar = .010)
     725                         (output gbar))
     726
     727             
     728              (component (type permeating-ion) (name na)
     729                         (const ek = 55)
     730                         (output ek))
     731             
     732              ;; end Na3 current
     733              )
     734
     735                         
    537736   
    538737   
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.