Changeset 27010 in project


Ignore:
Timestamp:
07/07/12 10:21:46 (9 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

nemo: added voltage clamp scripts for some of the CGC mechanisms

Location:
release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts
Files:
5 added
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts/CGC_CaHVA.nemo

    r27006 r27010  
    99  (
    1010   (input v)
    11 
    12    (const Vrest = -68)
    1311             
    1412   (const fix_celsius = 30)
     
    4745
    4846                         (defun alpha_u (v)
    49                            (Q10 * Aalpha_s * exp((v - V0alpha_s) / Kalpha_s)))
     47                           (Q10 * Aalpha_u * exp((v - V0alpha_u) / Kalpha_u)))
    5048
    5149                         (defun beta_u (v)
     
    7573                         (const e = 129.33)
    7674                         (output e ))
     75
     76                         
     77
    7778             
    7879              ) ;; end CaHVA current
     80
     81              (component (type voltage-clamp) (name CaHVA)
     82           
     83                         (const vchold   = -71)
     84                         (const vcbase   = -69)
     85                         (const vcinc    = 10)
     86                         (const vcsteps  = 8)
     87                         (const vchdur   = 30)
     88                         (const vcbdur   = 100)
     89           
     90                         (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
     91                         )
     92
    7993))
    8094             
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts/CGC_KV.nemo

    r27006 r27010  
    4242
    4343                         (defun beta_n (v)
    44                            (Q10 * Abeta_n * linoid ((v - V0beta_n) Kbeta_n)))
     44                           (Q10 * Abeta_n * exp((v - V0beta_n) / Kbeta_n) ))
    4545
    4646                         (hh-ionic-gate
     
    6363             
    6464              ) ;; end KV current
     65             
     66
     67              (component (type voltage-clamp) (name KV)
     68           
     69                         (const vchold   = -71)
     70                         (const vcbase   = -69)
     71                         (const vcinc    = 10)
     72                         (const vcsteps  = 8)
     73                         (const vchdur   = 30)
     74                         (const vcbdur   = 100)
     75           
     76                         (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
     77                         )
     78
    6579))
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts/CGC_Na.nemo

    r27006 r27010  
    4646
    4747                         ;; rate functions
    48                          (defun alpha_m (v)
     48                         (defun alpha_m (v)     
    4949                           (Q10 * Aalpha_m * linoid((v - V0alpha_m) Kalpha_m) ))
    5050
     
    5353
    5454                         (defun alpha_h (v)
    55                            (Q10 * Aalpha_h * linoid((v - V0alpha_h) Kalpha_h) ))
    56 
     55                           (Q10 * Aalpha_h * exp((v - V0alpha_h) / Kalpha_h) ))
     56                               
    5757                         (defun beta_h (v)
    58                            (Q10 * Abeta_h * exp((v - V0beta_h) / Kbeta_h) ))
     58                           (Q10 * Abeta_h / (1 + exp((v - V0beta_h) / Kbeta_h) )))
    5959
    6060                         
     
    8585
    8686
     87   (component (type voltage-clamp) (name Na)
     88
     89              (const vchold   = -71)
     90              (const vcbase   = -60)
     91              (const vcinc    = 10)
     92              (const vcsteps  = 9)
     93              (const vchdur   = 30)
     94              (const vcbdur   = 100)
     95           
     96              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur))
     97
    8798))
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts/CGC_Nar.nemo

    r27006 r27010  
    7777             
    7878              ) ;; end Nar current
     79
     80
     81   (component (type voltage-clamp) (name Nar)
     82
     83              (const vchold   = -71)
     84              (const vcbase   = -60)
     85              (const vcinc    = 10)
     86              (const vcsteps  = 9)
     87              (const vchdur   = 30)
     88              (const vcbdur   = 100)
     89           
     90              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur))
     91
    7992))
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts/CGC_pNa.nemo

    r27007 r27010  
    6868             
    6969              ) ;; end pNa current
     70
     71   (component (type voltage-clamp) (name pNa)
     72
     73              (const vchold   = -71)
     74              (const vcbase   = -60)
     75              (const vcinc    = 10)
     76              (const vcsteps  = 9)
     77              (const vchdur   = 30)
     78              (const vcbdur   = 100)
     79           
     80              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur))
     81
    7082))
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts/Makefile

    r27007 r27010  
    55        $(NEMO) --nmodl --nmodl-method=derivimplicit $<
    66
    7 all: CGC_cac.mod CGC_CaHVA.mod CGC_KA.mod CGC_KCa.mod CGC_Kir.mod CGC_KM.mod CGC_KV.mod CGC_Lkg1.mod CGC_Lkg2.mod CGC_Na.mod CGC_Nar.mod CGC_pNa.mod
     7%.ses : %.nemo
     8        $(NEMO) --vclamp-hoc $<
     9
     10all: CGC_cac.mod CGC_CaHVA.mod CGC_KA.mod CGC_KCa.mod CGC_Kir.mod CGC_KM.mod CGC_KV.mod CGC_Lkg1.mod CGC_Lkg2.mod CGC_Na.mod CGC_Nar.mod CGC_pNa.mod CGC_KV.ses CGC_Na.ses CGC_Nar.ses CGC_pNa.ses CGC_CaHVA.ses
     11
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.