Changeset 27007 in project


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Timestamp:
07/06/12 09:31:32 (9 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

nemo: fixes in CGC model and NMODL backend

Location:
release/4/nemo/trunk
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  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts/CGC_KA.nemo

    r27006 r27007  
    1111   (const fix_celsius = 30)
    1212
    13    (defun sigmoid (x y) (1 / (exp (x / y) + 1)))
     13   (defun sigm (x y) (1 / (exp (x / y) + 1)))
    1414
    1515   (component (type ionic-current) (name KA )
     
    4545
    4646                         (defun alpha_a (v)
    47                            (Q10 * Aalpha_a * sigmoid((v - V0alpha_a) Kalpha_a)))
     47                           (Q10 * Aalpha_a * sigm((v - V0alpha_a) Kalpha_a)))
    4848
    4949                         (defun beta_a (v)
     
    5151
    5252                         (defun alpha_b (v)
    53                            (Q10 * Aalpha_b * sigmoid((v - V0alpha_b) Kalpha_b)))
     53                           (Q10 * Aalpha_b * sigm((v - V0alpha_b) Kalpha_b)))
    5454
    5555                         (defun beta_b (v)
    56                            (Q10 * Abeta_b * sigmoid((v - V0beta_b) Kbeta_b)))
     56                           (Q10 * Abeta_b * sigm((v - V0beta_b) Kbeta_b)))
    5757
    5858                         (a_inf = (1 / (1 + exp ((v - V0_ainf) / K_ainf))))
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts/CGC_Kir.nemo

    r27006 r27007  
    4545                           (m-power    1)
    4646                           (h-power    0)
    47                            (m-inf      (alpha_d (v)))
    48                            (m-tau      (beta_d (v)))
     47                           (m-alpha    (alpha_d (v)))
     48                           (m-beta     (beta_d (v)))
    4949                           ))
    5050                         
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts/CGC_pNa.nemo

    r27006 r27007  
    1515             
    1616   (const fix_celsius = 30)
    17 
    18 
    19 
    20    (defun sigmoid (x y) (1 / (exp (x / y) + 1)))
    21    
    2217
    2318   (defun linoid (x y)
     
    5348                         (hh-ionic-gate
    5449                          (pNa  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    55                            (initial-m  ((alpha_d (v)) / (alpha_d (v) + beta_d (v)) ))
     50                           (initial-m  ((alpha_m (v)) / (alpha_m (v) + beta_m (v)) ))
    5651                           (m-power    1)
    5752                           (h-power    0)
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC_parts/Makefile

    r27006 r27007  
    22NEMO ?= nemo
    33
     4%.mod : %.nemo
     5        $(NEMO) --nmodl --nmodl-method=derivimplicit $<
     6
    47all: CGC_cac.mod CGC_CaHVA.mod CGC_KA.mod CGC_KCa.mod CGC_Kir.mod CGC_KM.mod CGC_KV.mod CGC_Lkg1.mod CGC_Lkg2.mod CGC_Na.mod CGC_Nar.mod CGC_pNa.mod
    5 
    6 %.mod : %.nemo
    7         $(NEMO) --nmodl --nmodl-method=derivimplicit $<
  • release/4/nemo/trunk/nemo-nmodl.scm

    r26274 r27007  
    873873                                       (else
    874874                                        (let* ((i     (nmodl-name (s+ 'i (cn perm))))
    875                                                (e     (nmodl-name (s+ 'e (cn perm))))
     875                                               (e     (nmodl-name (car permqs)))
    876876                                               (gmax  (car ((dis 'component-exports) sys (cid pore))))
    877877                                               (pwrs  (map (lambda (n) (rate/reaction-power sys n)) sts))
     
    924924
    925925                                                (match-let (((i e gion ii) (car ps)))
     926
    926927                                                  (loop (cdr ps)
    927928                                                        (cons ii summands)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.