Changeset 26999 in project


Ignore:
Timestamp:
07/05/12 15:21:54 (9 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

nemo: completed CGC example

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC.nemo

    r26998 r26999  
    279279                         
    280280
     281
     282
     283   (component (type ionic-current) (name KM )
     284             
     285              (component (type gate)
     286
     287                         ;; rate constants
     288                         (const Aalpha_n = 0.0033)
     289
     290                         (const Kalpha_n  = 40)
     291                         (const V0alpha_n = -30)
     292                         (const Abeta_n   = 0.0033)
     293
     294                         (const Kbeta_n  = -20)
     295                         (const V0beta_n = -30)
     296                         (const V0_ninf  = -30)
     297                         (const   B_ninf = 6)
     298                         
     299                         (const Q10 = (pow (3 ((fix_celsius - 22) / 10))))
     300                         
     301                         ;; rate equations
     302                         (defun alpha_n (v)
     303                           (Q10 * Aalpha_n * exp((v - V0alpha_n) / Kalpha_n) ))
     304
     305                         (defun beta_n (v)
     306                           (Q10 * Abeta_n * exp((v - V0beta_n) / Kbeta_n) ))
     307
     308                         (hh-ionic-gate
     309                          (KM  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     310                           (initial-m  ((alpha_n (v)) / (alpha_n (v) + beta_n (v)) ))
     311                           (m-power    1)
     312                           (h-power    0)
     313                           (m-inf      (1 / (1 + exp((neg (v - V0_ninf)) / B_ninf))))
     314                           (m-tau      (1 / (alpha_n(v) + beta_n (v)) ))
     315                           ))
     316                         )
     317             
     318              (component (type pore)
     319                         (const  gbar  = 0.00035)
     320                         (output gbar ))
     321             
     322              (component (type permeating-ion) (name k)
     323                         (const e = -84.69)
     324                         (output e ))
     325             
     326              ) ;; end KM current
     327
     328
     329
     330   (component (type ionic-current) (name KV )
     331             
     332              (component (type gate)
     333
     334                         ;; rate constants
     335                         (const Q10 = (pow (3 ((fix_celsius - 6.3) / 10))))
     336
     337                         ;; rate functions
     338                         (defun alpha_n (v)
     339                           (Q10 * Aalpha_n * linoid ((v - V0alpha_n) Kalpha_n)))
     340
     341                         (defun beta_n (v)
     342                           (Q10 * Abeta_n * linoid ((v - V0beta_n) Kbeta_n)))
     343
     344                         (hh-ionic-gate
     345                          (KV  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     346                           (initial-m  ((alpha_n (v)) / (alpha_n (v) + beta_n (v)) ))
     347                           (m-power    4)
     348                           (h-power    0)
     349                           (m-alpha    (alpha_n(v)))
     350                           (m-beta     (beta_n(v)))
     351                           ))
     352                         )
     353
     354              (component (type pore)
     355                         (const  gbar  = 0.003)
     356                         (output gbar ))
     357             
     358              (component (type permeating-ion) (name k)
     359                         (const e = -84.69)
     360                         (output e ))
     361             
     362              ) ;; end KV current
     363
     364
    281365   (component (type ionic-current) (name pNa )
    282366             
     
    320404
    321405             
    322               (component (type permeating-ion) (name k)
     406              (component (type permeating-ion) (name na)
    323407                         (const e = 87.39)
    324408                         (output e ))
     
    326410              ) ;; end pNa current
    327411
     412   
     413
     414   (component (type ionic-current) (name Na )
     415             
     416              (component (type gate)
     417
     418                         ;; rate constants
     419                         (const Q10 = (pow (3 ((fix_celsius - 20) / 10))))
     420
     421                         (const Aalpha_m  = -0.3)
     422                         (const Kalpha_m  = -10)
     423                         (const V0alpha_m = -19)
     424       
     425                         (const Abeta_m = 12)
     426                         (const Kbeta_m = -18.182)
     427                         (const V0beta_m = -44)
     428
     429                         (const Aalpha_h = 0.105)
     430                         (const Kalpha_h = -3.333)
     431                         (const V0alpha_h = -44)
     432 
     433                         (const Abeta_h = 1.5)
     434                         (const Kbeta_h = -5)
     435                         (const V0beta_h = -11)
     436
     437                         ;; rate functions
     438                         (defun alpha_m (v)
     439                           (Q10 * Aalpha_m * linoid((v - V0alpha_m) Kalpha_m) ))
     440
     441                         (defun beta_m (v)
     442                           (Q10 * Abeta_m * exp((v - V0beta_m) / Kbeta_m) ))
     443
     444                         (defun alpha_h (v)
     445                           (Q10 * Aalpha_h * linoid((v - V0alpha_h) Kalpha_h) ))
     446
     447                         (defun beta_h (v)
     448                           (Q10 * Abeta_h * exp((v - V0beta_h) / Kbeta_h) ))
     449
     450                         
     451                         (hh-ionic-gate
     452                          (Na  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     453                           (initial-m  ((alpha_m (v)) / (alpha_m (v) + beta_m (v)) ))
     454                           (initial-h  ((alpha_h (v)) / (alpha_h (v) + beta_h (v)) ))
     455                           (m-power    3)
     456                           (h-power    1)
     457                           (m-alpha    (alpha_m (v)))
     458                           (m-beta     (beta_m (v)))
     459                           (h-alpha    (alpha_h (v)))
     460                           (h-beta     (beta_h (v)))
     461                           ))
     462                         
     463                         )
     464             
     465              (component (type pore)
     466                         (const  gbar  = 0.013)
     467                         (output gbar ))
     468
     469             
     470              (component (type permeating-ion) (name na)
     471                         (const e = 87.39)
     472                         (output e ))
     473             
     474              ) ;; end Na current
     475
     476
     477   (component (type ionic-current) (name Nar )
     478             
     479              (component (type gate)
     480
     481                         ;; rate constants
     482                         (const Q10 = (pow (3 ((fix_celsius - 20) / 10))))
     483
     484                         (const Aalpha_s     = -0.00493)
     485                         (const V0alpha_s    = -4.48754)
     486                         (const Kalpha_s     = -6.81881)
     487                         (const Shiftalpha_s = 0.00008)
     488
     489                         (const Abeta_s     = 0.01558)
     490                         (const V0beta_s    = 43.97494)
     491                         (const Kbeta_s     =  0.10818)
     492                         (const Shiftbeta_s = 0.04752)
     493
     494                         (const Aalpha_f  = 0.31836)
     495                         (const V0alpha_f = -80)
     496                         (const Kalpha_f  = -62.52621)
     497
     498                         (const Abeta_f  = 0.01014)
     499                         (const V0beta_f = -83.3332)
     500                         (const Kbeta_f  = 16.05379)
     501
     502                         ;; rate functions
     503                         (defun alpha_s (v)
     504                           (Q10 * (Shiftalpha_s + (Aalpha_s * ((v + V0alpha_s) )) ) / (exp ((v + V0alpha_s) / Kalpha_s) - 1)))
     505
     506                         (defun beta_s (v)
     507                           (Q10 * (Shiftbeta_s + Abeta_s * ((v + V0beta_s) / (exp((v + V0beta_s) / Kbeta_s) - 1)))))
     508
     509                         (defun alpha_f (v)
     510                           (Q10 * Aalpha_f * exp( ( v - V0alpha_f ) / Kalpha_f)))
     511
     512                         (defun beta_f (v)
     513                           (Q10 * Abeta_f * exp( ( v - V0beta_f ) / Kbeta_f )  ))
     514
     515                         (hh-ionic-gate
     516                          (Nar  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     517                           (initial-m  ((alpha_s (v)) / (alpha_s (v) + beta_s (v)) ))
     518                           (initial-h  ((alpha_f (v)) / (alpha_f (v) + beta_f (v)) ))
     519                           (m-power    1)
     520                           (h-power    1)
     521                           (m-alpha    (alpha_s (v)))
     522                           (m-beta     (beta_s (v)))
     523                           (h-alpha    (alpha_f (v)))
     524                           (h-beta     (beta_f (v)))
     525                           ))
     526                         )
     527
     528              (component (type pore)
     529                         (const  gbar  = 0.0005)
     530                         (output gbar ))
     531
     532              (component (type permeating-ion) (name na)
     533                         (const e = 87.39)
     534                         (output e ))
     535             
     536              ) ;; end Nar current
     537             
     538   
     539   (component (type ionic-current) (name Lkg1)
     540             
     541              (component (type pore)
     542                         (const  gbar  = (5.68e-5))
     543                         (output gbar))
     544             
     545              (component (type permeating-ion) (name non-specific)
     546                         (const e = -58)
     547                         (output e ))
     548             
     549              ) ;; end leak current
     550
     551   (component (type ionic-current) (name Lkg2)
     552             
     553              (component (type pore)
     554                         (const  ggaba  = (2.17e-5))
     555                         (output ggaba))
     556             
     557              (component (type permeating-ion) (name non-specific)
     558                         (const egaba = -65)
     559                         (output egaba ))
     560             
     561              ) ;; end leak current
     562 
     563   
    328564))
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.