source: project/release/4/npccl/trunk/examples/GL.npccl @ 30622

Last change on this file since 30622 was 30622, checked in by Ivan Raikov, 7 years ago

npccl: resolving conflicts in GL example

File size: 6.3 KB
Line 
1;;
2;; A model of the projections between Golgi and granule cells in
3;; cerebellar granular layer.
4;;
5;; Copyright 2012-2014 Ivan Raikov and the Okinawa Institute of Science and Technology
6;;
7;; This program is free software: you can redistribute it and/or
8;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
9;; published by the Free Software Foundation, either version 3 of the
10;; License, or (at your option) any later version.
11;;
12;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
13;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
14;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
15;; General Public License for more details.
16;;
17;; A full copy of the GPL license can be found at
18;; <http://www.gnu.org/licenses/>.
19;;
20
21(npccl-model GL
22
23      (
24
25       (const PFlength   = 1500)
26
27       (const PCLdepth   = 200)
28
29       (const nAxons     = 10)
30       (const Axminx     = -100)
31       (const Axmaxx     = 100)
32       (const Axminy     = -100)
33       (const Axmaxy     = 100)
34       (const Axminz     = -10)
35       (const Axmaxz     = -30)
36
37       (const nApical         = 2)
38       (const nBasolateral    = 2)
39
40       (const Anseg      = 3 )
41       (const Bnseg      = 5 )
42       (const Ansegpts   = 5 )
43       (const Bnsegpts   = 5 )
44
45       (const Adendh     = 160.0 )
46       (const Bdendh     = 66.0 )
47       (const Aradius    = 10.0 )
48       (const Bradius    = 6.0 )
49       (const AthetaMean = 10.0 )
50       (const BthetaMean = 10.0 )
51       (const AthetaSdev = 1.0 )
52       (const BthetaSdev = 1.0 )
53
54       (const PFtoGoCzone = 5.0)
55       (const AAtoGoCzone = 5.0)
56
57       (const nGC  = 400)
58       (const nGoC = 1)
59
60       (const xExtent = PFlength)
61       (const yExtent = 1000)
62
63       (component (type local-cell-forest) (name GC)
64
65
66         (component (type layout) (name GranuleTcoordinates)
67
68                    (b = (Bounds (yExtent 0. 0. xExtent)))
69                    (s = (UniformRandomPointProcess (nGC ~ (randomInit (19)) ~ (randomInit (21)) ~ b)))
70                 
71                    (output s b)
72            )
73
74         (component (type section) (name AscendingAxons)
75                   
76                    (defun f (origin)
77                      (let ((dX 0)
78                            (dY 0)
79                            (dZ (neg (PCLdepth))))
80                        LineSegment (origin dX dY dZ)
81                        ))
82
83                    (const n = 1)
84
85                    (p (u) = (generator f) (npts 4))
86                   
87                    (output u n)
88
89                    )
90         
91         
92         (component (type section) (name ParallelFibers)
93
94                    (defun f (origin)
95                      (let ((dX (PFlength / 2))
96                            (dY 0)
97                            (dZ 0))
98                        LineSegment (origin dX dY dZ)))
99
100                    (defun g (origin)
101                      (let ((dX (PFlength / 2))
102                            (dY 0)
103                            (dZ 0))
104                        LineSegment (origin ~ (neg (dX)) ~ dY ~ dZ)))
105                   
106                    (const n = 1)
107
108                    ;; process u grows in the positive X direction
109                    ;; process v grows in the negative X direction
110                    (p (u) = (generator f) (npts 200))
111                    (p (v) = (generator g) (npts 200))
112                   
113                    (output u n v n)
114
115                    )
116         
117         
118
119         )
120         
121
122       (component (type cell-forest) (name GoC)
123
124         (component (type layout) (name GolgiCoordinates)
125
126                    (b = (Bounds (yExtent 0. 0. xExtent)))
127
128                    (s = (UniformRandomPointProcess (nGoC ~ (randomInit (23)) ~ (randomInit (29)) ~ b)))
129                 
130                    (output s b)
131            )
132         
133         (component (type section) (name BasolateralDendrites)
134
135
136                    (defun f (origin init)
137                      (let (
138                            (thetaDeg (randomNormal (BthetaMean BthetaSdev init)))
139                            (theta    ((PI / 180.) * thetaDeg))
140
141                            (dX (Bradius * cos (theta)))
142                            (dY (Bradius * sin (theta)))
143                            (dZ Bdendh)
144                            )
145                   
146                        LineSegment (origin dX dY dZ)))
147
148                    (const n = nBasolateral)
149
150                    (segp (u) = (generator f) (initial (randomInit (13)))
151                                (nsegs Bnseg) (nsegpts Bnsegpts))
152                   
153                    (output u n)
154
155                    )
156
157         (component (type section) (name ApicalDendrites)
158
159                    (defun f (origin init)
160                      (let (
161                            (thetaDeg (randomNormal (AthetaMean AthetaSdev init)))
162                            (theta    ((PI / 180.) * thetaDeg))
163
164                            (dX (Aradius * cos (theta)))
165                            (dY (Aradius * sin (theta)))
166                            (dZ Adendh)
167                            )
168                   
169                        LineSegment (origin dX dY dZ)))
170                   
171                    (const n = nApical)
172
173                    (segp (u) = (generator f) (initial (randomInit (17)))
174                                (nsegs Anseg) (nsegpts Ansegpts))
175                   
176                    (output u n)
177
178                    )
179
180         (component (type section) (name Axons)
181                   
182                    (const n = nAxons)
183
184                    (defun f (origin init)
185                      (let ((dX (randomUniform (Axminx Axmaxx init)))
186                            (dY (randomUniform (Axminy Axmaxy init)))
187                            (dZ (randomUniform (Axminz Axmaxz init))))
188                        LineSegment (origin dX dY dZ)))
189
190                    (p (u) = (generator f) (initial (randomInit (23))))
191                   
192                    (output u n)
193
194                    )
195
196         )
197
198       (component (type projection)
199
200            (input (GC from cell-forests)
201                   (GoC from cell-forests))
202
203            (const r = PFtoGoCzone)
204
205            (set source = (section GC ParallelFibers))
206            (set target = (section GoC ApicalDendrites))
207
208            (PFtoGoC = (SegmentProjection (r source target)))
209
210            (output PFtoGoC)
211            )
212
213       
214       ))
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.