source: project/release/4/npccl/trunk/examples/GL.npccl @ 30618

Last change on this file since 30618 was 30618, checked in by Ivan Raikov, 7 years ago

npccl: added copyright notice to example model

File size: 6.0 KB
Line 
1;;
2;; A model of the projections between Golgi and granule cells in
3;; cerebellar granular layer.
4;;
5;; Copyright 2012-2014 Ivan Raikov and the Okinawa Institute of Science and Technology
6;;
7;; This program is free software: you can redistribute it and/or
8;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
9;; published by the Free Software Foundation, either version 3 of the
10;; License, or (at your option) any later version.
11;;
12;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
13;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
14;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
15;; General Public License for more details.
16;;
17;; A full copy of the GPL license can be found at
18;; <http://www.gnu.org/licenses/>.
19;;
20
21(npccl-model GL
22
23      (
24
25       (const PFlength   = 1500)
26
27       (const PCLdepth   = 200)
28
29       (const nAxons     = 10)
30       (const Axminx     = -100)
31       (const Axmaxx     = 100)
32       (const Axminy     = -100)
33       (const Axmaxy     = 100)
34       (const Axminz     = -10)
35       (const Axmaxz     = -30)
36
37       (const nApical         = 2)
38       (const nBasolateral    = 2)
39
40       (const Anseg      = 3 )
41       (const Bnseg      = 5 )
42       (const Ansegpts   = 5 )
43       (const Bnsegpts   = 5 )
44
45       (const Adendh     = 160.0 )
46       (const Bdendh     = 66.0 )
47       (const Aradius    = 10.0 )
48       (const Bradius    = 6.0 )
49       (const AthetaMean = 10.0 )
50       (const BthetaMean = 10.0 )
51       (const AthetaSdev = 1.0 )
52       (const BthetaSdev = 1.0 )
53
54       (const PFtoGoCzone = 5.0)
55       (const AAtoGoCzone = 5.0)
56
57       (component (type local-cell-forest) (name GC)
58
59
60         (component (type layout) (name GranuleTcoordinates)
61
62                    (s = (PointsFromFile ("GCTcoordinates.sorted.dat")))
63                 
64                    (output s)
65            )
66
67         (component (type section) (name AscendingAxons)
68                   
69                    (defun f (origin)
70                      (let ((dX 0)
71                            (dY 0)
72                            (dZ (neg (PCLdepth))))
73                        LineSegment (origin dX dY dZ)
74                        ))
75
76                    (const n = 1)
77
78                    (p (u) = (generator f) (npts 4))
79                   
80                    (output u n)
81
82                    )
83         
84         
85         (component (type section) (name ParallelFibers)
86
87                    (defun f (origin)
88                      (let ((dX (PFlength / 2))
89                            (dY 0)
90                            (dZ 0))
91                        LineSegment (origin dX dY dZ)))
92
93                    (defun g (origin)
94                      (let ((dX (PFlength / 2))
95                            (dY 0)
96                            (dZ 0))
97                        LineSegment (origin ~ (neg (dX)) ~ dY ~ dZ)))
98                   
99                    (const n = 1)
100
101                    ;; process u grows in the positive X direction
102                    ;; process v grows in the negative X direction
103                    (p (u) = (generator f) (npts 200))
104                    (p (v) = (generator g) (npts 200))
105                   
106                    (output u n v n)
107
108                    )
109         
110         
111
112         )
113         
114
115       (component (type cell-forest) (name GoC)
116
117         (component (type layout) (name GolgiCoordinates)
118
119                    (s = (PointsFromFile ("GoCcoordinates.sorted.dat")))
120                 
121                    (output s)
122            )
123         
124         (component (type section) (name BasolateralDendrites)
125
126
127                    (defun f (origin init)
128                      (let (
129                            (thetaDeg (randomNormal (BthetaMean BthetaSdev init)))
130                            (theta    ((PI / 180.) * thetaDeg))
131
132                            (dX (Bradius * cos (theta)))
133                            (dY (Bradius * sin (theta)))
134                            (dZ Bdendh)
135                            )
136                   
137                        LineSegment (origin dX dY dZ)))
138
139                    (const n = nBasolateral)
140
141                    (segp (u) = (generator f) (initial (randomInit (13)))
142                                (nsegs Bnseg) (nsegpts Bnsegpts))
143                   
144                    (output u n)
145
146                    )
147
148         (component (type section) (name ApicalDendrites)
149
150                    (defun f (origin init)
151                      (let (
152                            (thetaDeg (randomNormal (AthetaMean AthetaSdev init)))
153                            (theta    ((PI / 180.) * thetaDeg))
154
155                            (dX (Aradius * cos (theta)))
156                            (dY (Aradius * sin (theta)))
157                            (dZ Adendh)
158                            )
159                   
160                        LineSegment (origin dX dY dZ)))
161                   
162                    (const n = nApical)
163
164                    (segp (u) = (generator f) (initial (randomInit (17)))
165                                (nsegs Anseg) (nsegpts Ansegpts))
166                   
167                    (output u n)
168
169                    )
170
171         (component (type section) (name Axons)
172                   
173                    (const n = nAxons)
174
175                    (defun f (origin init)
176                      (let ((dX (randomUniform (Axminx Axmaxx init)))
177                            (dY (randomUniform (Axminy Axmaxy init)))
178                            (dZ (randomUniform (Axminz Axmaxz init))))
179                        LineSegment (origin dX dY dZ)))
180
181                    (p (u) = (generator f) (initial (randomInit (23))))
182                   
183                    (output u n)
184
185                    )
186
187         )
188
189       (component (type projection)
190
191            (input (GC from cell-forests)
192                   (GoC from cell-forests))
193
194            (const r = PFtoGoCzone)
195
196            (set source = (section GC ParallelFibers))
197            (set target = (section GoC ApicalDendrites))
198
199            (PFtoGoC = (SegmentProjection (r source target)))
200
201            (output PFtoGoC)
202            )
203
204       
205       ))
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.