source: project/release/4/nemo/trunk/nemo-gate-complex.scm @ 27140

Last change on this file since 27140 was 27140, checked in by Ivan Raikov, 9 years ago

nemo: added ability to specify ion valence in decaying pool definitions (nmodl backend)

File size: 6.0 KB
Line 
1;;       
2;;
3;; Procedures for querying ion channel descriptions in NEMO models.
4;;
5;; Copyright 2008-2012 Ivan Raikov and the Okinawa Institute of Science and Technology
6;;
7;; This program is free software: you can redistribute it and/or
8;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
9;; published by the Free Software Foundation, either version 3 of the
10;; License, or (at your option) any later version.
11;;
12;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
13;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
14;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
15;; General Public License for more details.
16;;
17;; A full copy of the GPL license can be found at
18;; <http://www.gnu.org/licenses/>.
19;;
20
21(module nemo-gate-complex
22
23 (nemo:ion-pool-query
24  nemo:gate-complex-query)
25
26 (import scheme chicken srfi-1 srfi-13 srfi-69)
27
28 (require-extension matchable nemo-core nemo-utils)
29
30(define (cid x)  (second x))
31(define (cn x)   (first x))
32
33
34(define (ispool? x)
35  (match x (('decaying-pool name id) id) (('decaying 'pool name id) id) 
36         (else #f)))
37
38(define (nemo:ion-pool-query sys)
39   (match-let ((($ nemo:quantity 'DISPATCH  dis) (hash-table-ref sys (nemo-intern 'dispatch))))
40     (let recur ((comp-name (nemo-intern 'toplevel)) (ax (list)))
41       (let ((subcomps  ((dis 'component-subcomps)  sys comp-name)))
42         (let-values (((epool-comps other-comps)  (partition ispool? subcomps)))
43                     (let ((epools (map (lambda (x) 
44                                          (let ((exports ((dis 'component-exports) sys (third x))))
45                                            (if (null? exports)
46                                                (nemo:error 'nemo:epool-query 
47                                                            ": ion pool component " (third x)
48                                                            " must export a state"))
49                                            `(,@(cdr x) . ,(reverse exports))))
50                                           epool-comps)))
51                       (fold recur (append epools ax) (map third other-comps))))))))
52
53(define (nemo:gate-complex-query sys . rest)
54  (let-optionals rest ((ionic-current-name     (lambda (ion-name) (s+ 'i ion-name)))
55                       (rev-potential-name     (lambda (ion-name) (s+ 'e ion-name )))
56                       (in-concentration-name  (lambda (ion-name) (s+ ion-name 'i)))
57                       (out-concentration-name (lambda (ion-name) (s+ ion-name 'o))))
58
59  (match-let ((($ nemo:quantity 'DISPATCH  dis) (hash-table-ref sys (nemo-intern 'dispatch))))
60    (let ((imports  ((dis 'imports)  sys))
61          (exports  ((dis 'exports)  sys)))
62      (let* ((consts      ((dis 'consts)  sys))
63             (asgns       ((dis 'asgns)   sys))
64             (states      ((dis 'states)  sys))
65             (reactions   ((dis 'reactions) sys))
66             (rates       ((dis 'rates) sys))
67             (defuns      ((dis 'defuns)  sys))
68             (components  ((dis 'components) sys))
69             (gate-complexes     (filter-map (match-lambda 
70                                                 ((name 'gate-complex id) (list name id)) 
71                                                 ((name 'ionic-current id) (list name id)) 
72                                                 (else #f)) 
73                                             components))
74             (ion-pools   (nemo:ion-pool-query sys))
75
76             (perm-ions         (fold (lambda (gate-complex ax) 
77                                        (let* ((subcomps ((dis 'component-subcomps) sys (cid gate-complex)))
78                                               (perm      (lookup-def 'permeating-ion subcomps)))
79                                          (cond (perm 
80                                                 (case (cn perm)
81                                                   ((non-specific)   
82                                                    (let* ((erev (car ((dis 'component-exports) sys (cid perm))))
83                                                           (i 'i) (e 'e))
84                                                      (cons `(,(cn perm) ,i ,e ,erev) ax)))
85                                                   (else (let* ((erev ((lambda (x) (and (pair? x) (car x))) ((dis 'component-exports) sys (cid perm))))
86                                                                (i    (ionic-current-name (cn perm)))
87                                                                (e    (rev-potential-name (cn perm))))
88                                                           (cons `(,(cn perm) ,i ,e ,erev) ax)))))
89                                                (else ax))))
90                                      (list) gate-complexes))
91             
92             (perm-ions         (fold (lambda (gate-complex ax) 
93                                        (let* ((subcomps ((dis 'component-subcomps) sys (cid gate-complex)))
94                                               (bingate   (lookup-def 'binary-gate subcomps)))
95                                          (cond
96                                                (bingate 
97                                                 (cons `(non-specific i e #f) ax))
98                                                (else ax))))
99                                      perm-ions gate-complexes))
100             
101             (acc-ions           (fold (lambda (gate-complex ax) 
102                                         (let* ((subcomps ((dis 'component-subcomps) sys (cid gate-complex)))
103                                                (acc   (lookup-def 'accumulating-substance subcomps))
104                                                (i     (and acc (ionic-current-name (cn acc))))
105                                                (in    (and acc (in-concentration-name (cn acc))))
106                                                (out   (and acc (out-concentration-name (cn acc)))))
107                                           (if acc  (cons `(,(cn acc) ,i ,in ,out) ax) ax)))
108                                       (list) gate-complexes))
109
110             (pool-ions          (map (lambda (ep)
111                                        (let* ((ion     (first ep))
112                                               (state   (third ep))
113                                               (valence (and (> (length ep) 3) (fourth ep)))
114                                               (i       (ionic-current-name ion))
115                                               (in      (in-concentration-name ion)))
116                                          `(,state ,i ,in ,ion ,valence)))
117                                      ion-pools))
118
119             (i-gates           (fold (lambda (gate-complex ax) 
120                                        (let* ((subcomps     ((dis 'component-subcomps) sys (cid gate-complex)))
121                                               (i-gate-comp  (lookup-def 'binary-gate subcomps)))
122                                          (if i-gate-comp
123                                              (let* ((i-gate-exps  ((dis 'component-exports) sys (cid i-gate-comp)))
124                                                     (asgn-names   asgns)
125                                                     (i-gate-var   (find (lambda (x) (member x asgn-names)) 
126                                                                         i-gate-exps)))
127                                                (if (not i-gate-var)
128                                                    (nemo:error 'nemo:gate-complex-query 
129                                                                ": binary gate in gate complex " (cn gate-complex)
130                                                                " must export an assignment"))
131                                                (cons (list i-gate-var (cn i-gate-comp) ) ax))
132                                              ax)))
133                                      (list) gate-complexes)))
134
135           (for-each
136            (lambda (a)
137              (let ((acc-ion   (car a)))
138                (if (assoc acc-ion perm-ions)
139                    (nemo:error 'nemo:gate-complex-query 
140                                ": ion species " acc-ion " cannot be declared as both accumulating and permeating"))))
141            acc-ions)
142
143           (for-each
144            (lambda (p)
145              (let ((pool-ion  (car p)))
146                (if (assoc pool-ion perm-ions)
147                    (nemo:error 'nemo:gate-complex-query 
148                                ": ion species " pool-ion " cannot be declared as both pool and permeating"))))
149            pool-ions)
150       
151        `((gate-complexes ,gate-complexes)
152          (perm-ions    ,perm-ions)
153          (acc-ions     ,acc-ions)
154          (pool-ions    ,pool-ions)
155          (i-gates      ,i-gates)
156          ))))))
157         
158)
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.