source: project/release/4/nemo/trunk/examples/Golgi/parts/Golgi_SK2.nemo @ 27148

Last change on this file since 27148 was 27148, checked in by Ivan Raikov, 9 years ago

nemo: added an example Golgi cell model

File size: 3.1 KB
Line 
1;;
2;; Reference:
3;;             Sergio M. Solinas, Lia Forti, Elisabetta Cesana,
4;;             Jonathan Mapelli, Erik De Schutter and Egidio D`Angelo (2008)
5;;             Computational reconstruction of pacemaking and intrinsic
6;;             electroresponsiveness in cerebellar golgi cells
7;;             Frontiers in Cellular Neuroscience 2:2
8;; Author:Sergio Solinas, Lia Forti, Egidio DAngelo
9;; Data from: Santoro et al. J Neurosci. 2000
10;;
11
12(nemo-model Golgi_SK2
13
14  (
15   (input v celsius
16    (cai from ion-pools)
17    (ica from ion-currents))
18
19
20   (component (type ionic-current) (name SK2 )
21             
22              (component (type gate)
23
24                         (Q10 = (pow (3 ((celsius - 23) / 10))))
25
26                         (const diff = 3) ;; Diffusion factor
27
28                         ;; rates ca-independent
29                         (const invc1 = 80e-3)
30                         (const invc2 = 80e-3)
31                         (const invc3 = 200e-3)
32
33                         (const invo1 = 1)
34                         (const invo2 = 100e-3)
35                         (const diro1 = 160e-3)
36                         (const diro2 = 1.2)
37
38                         ;; rates ca-dependent
39                         (const dirc2 = 200)
40                         (const dirc3 = 160)
41                         (const dirc4 = 80)
42
43                         (invc1_t = (invc1 * Q10  ))
44                         (invc2_t = (invc2 * Q10 ))
45                         (invc3_t = (invc3 * Q10 ))
46                         (invo1_t = (invo1 * Q10 ))
47                         (invo2_t = (invo2 * Q10 ))
48                         (diro1_t = (diro1 * Q10 ))
49                         (diro2_t = (diro2 * Q10 ))
50                         (dirc2_t = (dirc2 * Q10 ))
51                         (dirc3_t = (dirc3 * Q10 ))
52                         (dirc4_t = (dirc4 * Q10 ))
53
54
55                         (dirc2_t_ca = (dirc2_t * (cai / diff) ))
56                         (dirc3_t_ca = (dirc3_t * (cai / diff) ))
57                         (dirc4_t_ca = (dirc4_t * (cai / diff) ))
58
59
60                         (reaction
61                          (SK2_z
62                           (transitions
63                            (<-> c1 c2 dirc2_t_ca invc1_t)
64                            (<-> c2 c3 dirc3_t_ca invc2_t)
65                            (<-> c3 c4 dirc4_t_ca invc3_t)
66                            (<-> c3 o1 diro1_t invo1_t)
67                            (<-> c4 o2 diro2_t invo2_t)
68                            )
69                           (conserve  (1 = (c1 + c2 + c3 + c4 + o2 + o1)))
70                           (open o1 o2)
71                           (power 1)))
72
73                         (output SK2_z)
74                         
75                         )
76
77              (component (type pore)
78                         (const  gbar  = 0.038)
79                         (output gbar ))
80
81             
82              (component (type permeating-ion) (name k)
83                         (const e = -84.69)
84                         (output e ))
85
86              (component (type modulating-ion) (name ca) )
87             
88              ) ;; end SK2 current
89
90              (component (type voltage-clamp) (name SK2)
91           
92                         (const vchold   = -71)
93                         (const vcbase   = -69)
94                         (const vcinc    = 10)
95                         (const vcsteps  = 8)
96                         (const vchdur   = 30)
97                         (const vcbdur   = 100)
98           
99                         (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
100                         )
101
102))
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.