source: project/release/3/nemo/trunk/nemo.scm @ 12554

Last change on this file since 12554 was 12554, checked in by Ivan Raikov, 13 years ago

Many fixes to the matlab code generator.

File size: 24.8 KB
Line 
1;;
2;; NEMO
3;;
4;; Copyright 2008 Ivan Raikov.
5;;
6;; This program is free software: you can redistribute it and/or
7;; modify it under the terms of the GNU General Public License as
8;; published by the Free Software Foundation, either version 3 of the
9;; License, or (at your option) any later version.
10;;
11;; This program is distributed in the hope that it will be useful, but
12;; WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
13;; MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the GNU
14;; General Public License for more details.
15;;
16;; A full copy of the GPL license can be found at
17;; <http://www.gnu.org/licenses/>.
18;;
19
20
21(require-extension srfi-1)
22(require-extension syntax-case)
23(require-extension matchable)
24(require-extension args)
25(require-extension nemo-macros)
26(require-extension nemo-hh)
27
28(define nemo-nmodl? (extension-information 'nemo-nmodl)) 
29(define nemo-matlab? (extension-information 'nemo-matlab)) 
30
31(if nemo-nmodl? (use nemo-nmodl))
32(if nemo-matlab? (use nemo-matlab))
33
34(define (lookup-def k lst . rest)
35  (let-optionals rest ((default #f))
36      (let ((kv (assoc k lst)))
37        (if (not kv) default
38            (match kv ((k v) v) (else (cdr kv)))))))
39
40(define ($ x)  (and x (string->symbol (->string x))))
41
42;;; Procedures for string concatenation and pretty-printing
43
44(define (s+ . lst)    (string-concatenate (map ->string lst)))
45(define (sw+ lst)     (string-intersperse (filter-map (lambda (x) (and x (->string x))) lst) " "))
46(define (s\ p . lst)  (string-intersperse (map ->string lst) p))
47(define (sl\ p lst)   (string-intersperse (map ->string lst) p))
48(define nl "\n")
49
50
51(define (warn port message . specialising-msgs)
52  (print-error-message message (current-output-port) "Warning")
53  (print (string-concatenate (map ->string specialising-msgs))))
54
55;;; Error procedure for the XML parser
56
57(define (parser-error port message . specialising-msgs)
58  (error (string-append message (string-concatenate (map ->string specialising-msgs)))))
59
60(define ssax:warn warn)
61
62(define opts
63  `(
64    ,(args:make-option (i)       (required: "FORMAT")   
65                       (s+ "specify input format (nemo, xml, sxml, s-exp)")
66                       (string->symbol arg))
67    ,(args:make-option (xml)       (optional: "FILE")   
68                       (s+ "write XML output to file (default: <model-name>.xml)"))
69    ,(args:make-option (sxml)       (optional: "FILE")   
70                       (s+ "write SXML output to file (default: <model-name>.sxml)"))
71    ,@(if nemo-matlab? 
72          (list (args:make-option (matlab)      (optional: "FILE")   
73                                  (s+ "write MATLAB output to file (default: <model-name>.m)")))
74          `())
75    ,@(if nemo-nmodl?
76          (list
77           (args:make-option (nmodl)      (optional: "FILE")   
78                             (s+ "write NMODL output to file (default: <model-name>.mod)"))
79           (args:make-option (nmodl-kinetic)       (optional: "STATES")
80                             (s+ "use NMODL kinetic equations for the given state complexes "
81                                 "(or for all state complexes)"))
82           (args:make-option (nmodl-method)       (required: "METHOD")
83                             (s+ "specify NMODL integration method")
84                             (string->symbol arg))
85           (args:make-option (nmodl-depend)       (required: "VARS")
86                             (s+ "specify DEPEND variables for NMODL interpolation tables")
87                             (map string->symbol (string-split arg ","))))
88          `())
89    ,(args:make-option (t)       #:none
90                       (s+ "use interpolation tables in generated code, if possible")
91                       #t)
92    ,(args:make-option (h help)  #:none               "Print help"
93                       (usage))
94
95    ))
96
97
98;; Use args:usage to generate a formatted list of options (from OPTS),
99;; suitable for embedding into help text.
100(define (usage)
101  (print "Usage: " (car (argv)) " [options...] <list of files to be processed> ")
102  (newline)
103  (print "The following options are recognized: ")
104  (newline)
105  (print (parameterize ((args:indent 5) (args:width 30)) (args:usage opts)))
106  (exit 1))
107
108
109;; Process arguments and collate options and arguments into OPTIONS
110;; alist, and operands (filenames) into OPERANDS. 
111(define args    (command-line-arguments))
112(set!-values (options operands)  (args:parse args opts))
113
114
115(define (ncml:sxpath query doc)
116  ((sxpath query '((ncml . "ncml"))) doc))
117
118(define (ncml:car-sxpath query doc)
119  (let ((lst ((sxpath query '((ncml . "ncml") )) doc)))
120    (car lst)))
121
122(define (ncml:if-car-sxpath query doc)
123  (let ((lst ((sxpath query '((ncml . "ncml") )) doc)))
124    (and (not (null? lst)) (car lst))))
125
126(define (ncml:if-sxpath query doc)
127  (let ((lst ((sxpath query '((ncml . "ncml") )) doc)))
128    (and (not (null? lst)) lst)))
129
130(define (ncml-binding->binding node)
131  (match node
132    (('ncml:bnd ('@ ('id id)) ('ncml:expr expr))
133     `(,($ id) ,(ncml-expr->expr expr)))
134    (else (error 'ncml-binding->binding "invalid binding " node))))
135 
136(define (ncml-expr->expr node)
137  (match node
138         ((? number?)    node)
139         ((? string?)    (sxml:number node))
140         (('ncml:id id)  (string->symbol (->string id)))
141         (('ncml:apply ('@ ('id id)) . args)  (cons ($ id) (map ncml-expr->expr args)))
142         (('ncml:let ('ncml:bnds . bnds) ('ncml:expr body))
143          `(let ,(map ncml-binding->binding bnds) ,(ncml-expr->expr body)))
144         (((and op (? symbol?)) . args)       
145          (cons (ncml-op->op op) (map ncml-expr->expr args)))
146         (else (error 'ncml-expr->expr "unknown expression " node))))
147 
148
149(define (ncml-op->op op)
150  (case op
151    ((ncml:sum)    '+)
152    ((ncml:sub)    '-)
153    ((ncml:mul)    '*)
154    ((ncml:div)    '/)
155    ((ncml:gt)     '>)
156    ((ncml:lt)     '<)
157    ((ncml:lte)    '<=)
158    ((ncml:gte)    '>=)
159    ((ncml:eq)     '=)
160    (else          (match (string-split (->string op) ":")
161                          ((pre op)  (string->symbol op))
162                          (else (error 'ncml-op->op "invalid operator" op))))))
163
164
165(define (nemo-constructor name declarations parse-expr)
166  (let* ((nemo   (make-nemo-core))
167         (sys    ((nemo 'system) name)))
168    (eval-nemo-system-decls nemo name sys declarations parse-expr)
169    (list sys nemo)))
170
171(define (sexp->model options doc parse-expr)
172  (match doc
173         (('nemo-model model-name model-decls)
174          (let* ((model+nemo  (nemo-constructor model-name model-decls parse-expr))
175                 (model (first model+nemo))
176                 (nemo  (second model+nemo)))
177            (let ((model-1 (nemo:hh-transformer model parse-expr))) 
178              (if (assoc 'depgraph options) (print "dependency graph: " ((nemo 'depgraph*) model-1)))
179              (if (assoc 'exports options) (print "exports: " ((nemo 'exports) model-1)))       
180              (if (assoc 'imports options) (print "imports: " ((nemo 'imports) model-1)))
181              (if (assoc 'components options)
182                  (for-each (lambda (x) 
183                              (print "component " x ": " ((nemo 'component-exports) model-1 (second x)))
184                              (print "component " x " subcomponents: " ((nemo 'component-subcomps) model-1 (second x))))
185                            ((nemo 'components) model-1)))
186              model-1)))
187         (else (error 'sexp->model "unknown model format"))))
188
189(define model->nmodl 
190  (if nemo-nmodl?
191      (lambda (options model)
192        (nemo:nmodl-translator model (lookup-def 'method options) (lookup-def 'table options) 
193                               -150 150 1 (lookup-def 'depend options)
194                               (lookup-def 'kinetic options) ))
195      (lambda (options model) 
196        (void))))
197
198(define model->matlab 
199  (if nemo-matlab?
200      (lambda (options model)
201        (nemo:matlab-translator model (lookup-def 'method options) (lookup-def 'table options) 
202                                -150 150 1 ))
203      (lambda (options model) 
204        (void))))
205
206
207(define (transition->ncml-transition x)
208  (match x
209         (('-> src dst rate) 
210          `((ncml:transition (@ (src ,src) (dst ,dst))  (ncml:rate ,(expr->ncml-expr rate)))))
211         ((src '-> dst rate) 
212          `((ncml:transition (@ (src ,src) (dst ,dst))  (ncml:rate ,(expr->ncml-expr rate)))))
213         (('<-> src dst rate1 rate2) 
214          `((ncml:transition (@ (src ,src) (dst ,dst))  (ncml:rate ,(expr->ncml-expr rate1)))
215            (ncml:transition (@ (src ,dst) (dst ,src))  (ncml:rate ,(expr->ncml-expr rate2)))))
216         ((src '<-> dst rate1 rate2) 
217          `((ncml:transition (@ (src ,src) (dst ,dst))  (ncml:rate ,(expr->ncml-expr rate1)))
218            (ncml:transition (@ (src ,dst) (dst ,src))  (ncml:rate ,(expr->ncml-expr rate2)))))
219         (else (error 'transition->ncml-transition "invalid transition " x))))
220
221(define builtin-fns
222  `(+ - * / pow neg abs atan asin acos sin cos exp ln
223      sqrt tan cosh sinh tanh hypot gamma lgamma log10 log2 log1p ldexp cube
224      > < <= >= = and or round ceiling floor max min))
225
226(define (binding->ncml-binding bnd)
227  (match bnd
228         ((id expr)  `(ncml:bnd (@ (id ,id)) (ncml:expr ,(expr->ncml-expr expr))))
229         (else (error 'binding->ncml-binding "invalid binding " bnd))))
230 
231(define (expr->ncml-expr x)
232  (match x
233         ((? number?)    x)
234         ((? symbol?)    `(ncml:id ,x))
235         (('let bnds expr)
236          `(ncml:let (ncml:bnds . ,(map binding->ncml-binding bnds)) 
237                     (ncml:expr ,(expr->ncml-expr expr))))
238         (((and op (? symbol?)) . args)       
239          (let ((ncml-expr (if (member op builtin-fns)
240                               (cons (op->ncml-op op) (map expr->ncml-expr args))
241                               `(ncml:apply (@ (id ,op)) ,@(map expr->ncml-expr args)))))
242            ncml-expr))
243         (else (error 'expr->ncml-expr "unknown expression " x))))
244
245 
246
247(define (op->ncml-op op)
248  (case op
249    ((+)  'ncml:sum)
250    ((-)  'ncml:sub)
251    ((*)  'ncml:mul)
252    ((/)  'ncml:div)
253    ((>)  'ncml:gt)
254    ((<)  'ncml:lt)
255    ((<=) 'ncml:lte)
256    ((>=) 'ncml:gte)
257    ((=)  'ncml:eq)
258    (else  (string->symbol (string-append "ncml:" (->string op))))))
259
260
261(define (make-component->ncml dis model)
262  (lambda (x) 
263    (let ((en (environment-ref model x)))
264      (cond ((procedure? en)
265             (let ((fd (procedure-data en)))
266               `(ncml:defun (@ (id ,x)) 
267                            ,@(map (lambda (v) `(ncml:arg ,v)) (lookup-def 'vars fd))
268                            (ncml:body ,(expr->ncml-expr (lookup-def 'body fd))))))
269            (else
270             (match en
271                   
272                    (($ nemo:quantity 'EXTERNAL   local-name name namespace)
273                     (if namespace
274                         `(ncml:input (@ (id ,name)) (as ,local-name) (from ,namespace))
275                         `(ncml:input (@ (id ,name)) (as ,local-name))))
276                    (($ nemo:quantity 'CONST  name value) 
277                     `(ncml:const (@ (id ,name)) (ncml:expr ,value)))
278                   
279                    (($ nemo:quantity 'ASGN name value rhs)
280                     (let ((expr (expr->ncml-expr rhs)))
281                       `(ncml:asgn (@ (id ,name)) (ncml:expr ,expr))))
282                   
283                    (($ nemo:quantity 'TSCOMP name initial open trs p) 
284                     (let ((sxml-trs (append-map transition->ncml-transition trs)))
285                       `(ncml:state_complex (@ (id ,name))
286                                            (ncml:open ,open) (ncml:initial ,(expr->ncml-expr initial))
287                                            (ncml:transitions ,@sxml-trs)
288                                            (ncml:power ,(expr->ncml-expr p)))))
289                   
290                    (($ nemo:quantity 'COMPONENT name type lst) 
291                     (let ((component->ncml (make-component->ncml dis model))
292                           (component-exports ((dis 'component-exports) model x)))
293                       (case type
294                         ((toplevel) `(,@(map component->ncml lst)
295                                       ,@(map (lambda (x) `(ncml:output (@ (id ,x)))) component-exports)))
296                         (else `(ncml:component (@ (name ,name) (type ,type))
297                                                ,@(filter-map component->ncml lst)
298                                                ,@(map (lambda (x) `(ncml:output (@ (id ,x)))) component-exports)
299                                                )))))
300                     
301                     (else #f)))))))
302   
303
304(define (model->ncml options model)
305  (match-let ((($ nemo:quantity 'DISPATCH  dis)     (environment-ref model (nemo-intern 'dispatch))))
306     (let ((sysname     ((dis 'sysname) model))
307           (component->ncml (make-component->ncml dis model)))
308       `(ncml:model (@ (name ,sysname)) ,@(component->ncml (nemo-intern 'toplevel))))))
309           
310
311(include "expr-parser.scm")
312
313(require-extension stx-engine)
314(require-extension sxpath-plus)
315(require-extension sxml-transforms)
316(require-extension sxml-tools)
317
318(include "SXML.scm")
319(include "SSAX.scm")
320(include "SXML-to-XML.scm")
321
322
323(define null-template 
324  `(*default* ,(lambda (node bindings root env) 
325                 (begin
326                   (warn "Unrecognized input element:" node)
327                   '()))))
328
329(define-syntax  sxml:make-null-ss
330   (syntax-rules  ()
331      ((stx rule ...)
332       (list
333        ; default handler
334        null-template
335        ; handler for textual nodes
336        (list '*text*  (lambda (text) text)) 
337        rule ...))))
338
339(define (ensure-xmlns doc)
340  (sxml:add-attr doc '(xmlns ncml)))
341
342
343;; based on SRV:send-reply by Oleg Kiselyov
344(define (print-fragments b)
345  (let loop ((fragments b) (result #f))
346    (cond
347      ((null? fragments) result)
348      ((not (car fragments)) (loop (cdr fragments) result))
349      ((null? (car fragments)) (loop (cdr fragments) result))
350      ((eq? #t (car fragments)) (loop (cdr fragments) #t))
351      ((pair? (car fragments))
352        (loop (cdr fragments) (loop (car fragments) result)))
353      ((procedure? (car fragments))
354        ((car fragments))
355        (loop (cdr fragments) #t))
356      (else
357       (display (car fragments))
358       (loop (cdr fragments) #t)))))
359
360
361(define (ncml->decls ncml:model)
362  (letrec
363      ((input-template 
364        (sxml:match 'ncml:input
365                    (lambda (node bindings root env) 
366                      (let ((id    (sxml:attr node 'id))
367                            (from  (sxml:kidn* 'ncml:from node))
368                            (as    (sxml:kidn* 'ncml:as node)))
369                        (if (not id) (error 'input-template "input declaration requires id attribute"))
370                        (cond ((and from as)  `(input (,($ id) as ,($ (second as) ) from ,($ (second from)) )))
371                              (from           `(input (,($ id) from ,($ (second from)))))
372                              (as             `(input (,($ id) as ,($ (second as)))))
373                              (else           `(input ,($ id))))))))
374       
375       (output-template 
376        (sxml:match 'ncml:output
377                    (lambda (node bindings root env) 
378                      (let ((id   (sxml:attr node 'id)))
379                        (if (not id) (error 'output-template "output declaration requires id attribute"))
380                        `(output ,($ id))))))
381       
382       (const-template 
383        (sxml:match 'ncml:const
384                    (lambda (node bindings root env) 
385                      (let* ((id   (sxml:attr node 'id))
386                             (expr ((lambda (x) 
387                                      (if (not x) 
388                                          (error 'const-template "const declaration " id " requires expr element")
389                                          (ncml-expr->expr (second x))))
390                                   (sxml:kidn* 'ncml:expr node))))
391                        (if (not id) (error 'const-template "const declaration requires id attribute"))
392                        `(const ,($ id) = ,expr)))))
393       
394       (state-complex-transition-template 
395        (sxml:match 'ncml:transition
396                    (lambda (node bindings root env) 
397                      (let ((src  (sxml:attr node 'src))
398                            (dst  (sxml:attr node 'dst))
399                            (rate  ((lambda (x) 
400                                      (if (not x) 
401                                          (error 'state-complex-transition-template 
402                                                 "state complex transition requires rate element")
403                                          (ncml-expr->expr (second x))))
404                                    (sxml:kidn* 'ncml:rate node))))
405                        (if (not src) (error 'state-complex-transition-template
406                                             "state complex transition requires src attribute"))
407                        (if (not dst) (error 'state-complex-transition-template
408                                             "state complex transition requires dst attribute"))
409                       
410                        `(-> ,($ src) ,($ dst) ,rate)))))
411       
412       (asgn-template 
413        (sxml:match 'ncml:asgn
414                    (lambda (node bindings root env) 
415                      (let ((id   (sxml:attr node 'id))
416                            (expr ((lambda (x) 
417                                     (if (not x) 
418                                          (error 'asgn-template "algebraic assignment requires expr element")
419                                          (ncml-expr->expr (second x))))
420                                   (sxml:kidn* 'ncml:expr node))))
421                        (if (not id) (error 'asgn-template "algebraic assignment requires id attribute"))
422                        `(,($ id) = ,expr)))))
423       
424       
425       (state-complex-template 
426        (sxml:match 'ncml:state_complex
427                    (lambda (node bindings root env) 
428                      (let ((id   (string->symbol (->string (sxml:attr node 'id))))
429                            (initial ((lambda (x) 
430                                        (if (not x) 
431                                            (error 'state-complex-template 
432                                                   "state complex declaration requires initial element")
433                                            (ncml-expr->expr (second x))))
434                                      (sxml:kidn* 'ncml:initial node)))
435                            (open ((lambda (x) 
436                                     (if (not x) 
437                                         (error 'state-complex-template
438                                                "state complex declaration requires open element")
439                                         ($ (second x))))
440                                   (sxml:kidn* 'ncml:open node)))
441                            (power ((lambda (x) 
442                                      (if (not x) 
443                                          (error 'state-complex-template
444                                                 "state complex declaration requires open element")
445                                          (sxml:number (second x))))
446                                    (sxml:kidn* 'ncml:power node)))
447                            (transitions ((lambda (x) 
448                                            (if (not x) 
449                                                (error 'state-complex-template
450                                                       "state complex declaration requires transitions element")
451                                                (let ((tmpl (sxml:make-null-ss state-complex-transition-template)))
452                                                  (stx:apply-templates (cdr x) tmpl root env))))
453                                          (sxml:kidn* 'ncml:transitions node))))
454                                         
455                        (if (not id) (error 'state-complex-template "state complex transition requires id attribute"))
456                        `(state-complex (,id (initial ,initial) (open ,open) (power ,power)
457                                             (transitions ,@transitions)))))))
458
459
460       (defun-template 
461        (sxml:match 'ncml:defun
462                    (lambda (node bindings root env) 
463                      (let ((id    (sxml:attr node 'id))
464                            (args  ((lambda (x) 
465                                      (if (null? x) 
466                                          (error 'defun-template 
467                                                 "function definition requires at least one arg element")
468                                          (map (compose $ second) x)))
469                                    (sxml:kidsn 'ncml:arg node)))
470                            (body ((lambda (x) 
471                                     (if (not x) 
472                                         (error 'defun-template
473                                                "function definition requires body element")
474                                         (ncml-expr->expr (second x))))
475                                   (sxml:kidn* 'ncml:body node))))
476                        (if (not id) (error 'defun-template "function definition requires id attribute"))
477                        `(defun ,($ id) ,args ,body)))))
478
479       (component-template
480        (sxml:match 'ncml:component
481                    (lambda (node bindings root env)
482                      (let ((name (sxml:attr node 'name))
483                            (type (sxml:attr node 'type)))
484                        (if (not type) (error 'component-template "component definition requires type attribute"))
485                        (if name
486                            `(component (type ,($ type)) (name ,($ name)) ,@(ncml->decls (sxml:kids node)))
487                            `(component (type ,($ type)) ,@(ncml->decls (sxml:kids node))))))))
488
489       (hh-template 
490        (sxml:match 'ncml:hh_ionic_conductance 
491                    (lambda (node bindings root env)
492                      (let* ((or-expr   (lambda (x) (and x (ncml-expr->expr (second x)))))
493                             (id         (sxml:attr node 'id))
494                             (initial_m  (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:initial_m node)))
495                             (initial_h  (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:initial_h node)))
496                             (m_power    (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:m_power node)))
497                             (h_power    (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:h_power node)))
498                             (m_alpha    (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:m_alpha node)))
499                             (m_beta     (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:m_beta node)))
500                             (h_alpha    (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:h_alpha node)))
501                             (h_beta     (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:h_beta node)))
502                             (m_tau      (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:m_tau node)))
503                             (m_inf      (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:m_inf node)))
504                             (h_tau      (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:h_tau node)))
505                             (h_inf      (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:h_inf node))))
506                        (if (not id)
507                            (error 'hh-template "hh ionic conductance definition requires id attribute"))
508                        `(hh-ionic-conductance 
509                          (,($ id)
510                           ,@(if initial_m `((initial-m ,initial_m)) `())
511                           ,@(if initial_h `((initial-h ,initial_h)) `())
512                           ,@(if m_power `((m-power ,m_power)) '())
513                           ,@(if h_power `((h-power ,h_power)) '())
514                           ,@(if m_alpha `((m-alpha ,m_alpha)) '())
515                           ,@(if h_alpha `((h-alpha ,h_alpha)) '())
516                           ,@(if m_beta  `((m-beta ,m_beta)) '())
517                           ,@(if h_beta  `((h-beta ,h_beta)) '())
518                           ,@(if m_inf   `((m-inf ,m_inf)) '())
519                           ,@(if h_inf   `((h-inf ,h_inf)) '())
520                           ,@(if m_tau   `((m-tau ,m_tau)) '())
521                           ,@(if h_tau   `((h-tau ,h_tau)) '())
522                           ))))))
523
524       (decaying-pool-template 
525        (sxml:match 'ncml:decaying_pool 
526                    (lambda (node bindings root env)
527                      (let* ((or-expr   (lambda (x) (and x (ncml-expr->expr (second x)))))
528                             (id         (sxml:attr node 'id))
529                             (initial    (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:initial node)))
530                             (beta       (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:beta node)))
531                             (depth      (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:depth node)))
532                             (temp-adj   (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:temp_adj node))))
533                        (if (not id)
534                            (error 'decaying-pool-template "decaying pool definition requires id attribute"))
535                        (if (not initial) 
536                            (error 'decaying-pool-template "decaying pool definition requires initial value"))
537                        (if (not beta) 
538                            (error 'decaying-pool-template "decaying pool definition requires beta parameter"))
539                        (if (not depth) 
540                            (error 'decaying-pool-template "decaying pool definition requires depth parameter"))
541                           
542                        `(decaying-pool 
543                          (,($ id)
544                           ,@(if temp_adj `((temp_adj ,temp_adj)) `())
545                           (beta ,beta)
546                           (depth ,depth)
547                           (initial ,initial)))))))
548        )
549
550    (stx:apply-templates ncml:model (sxml:make-null-ss input-template
551                                                       output-template
552                                                       const-template
553                                                       asgn-template
554                                                       state-complex-template
555                                                       defun-template
556                                                       component-template
557                                                       hh-template
558                                                       decaying-pool-template) 
559                         ncml:model (list))))
560
561
562
563(define (ncml->model options doc)
564  (let* ((ncml:model   ((lambda (x) 
565                          (if (null? x) (error 'ncml->model "ncml:model element not found in input document") (car x)))
566                        (ncml:sxpath '(ncml:model) `(*TOP* . ,doc))))
567         (model-name   (sxml:attr ncml:model 'name))
568         (model-decls  (ncml->decls (sxml:kids ncml:model))))
569    (let* ((model+nemo  (nemo-constructor model-name model-decls identity))
570           (model (first model+nemo))
571           (nemo  (second model+nemo)))
572      (let ((model-1 (nemo:hh-transformer model))) 
573        (if (assoc 'depgraph options) (print "dependency graph: " ((nemo 'depgraph*) model-1)))
574        (if (assoc 'exports options) (print "exports: " ((nemo 'exports) model-1)))     
575        (if (assoc 'imports options) (print "imports: " ((nemo 'imports) model-1)))
576        (if (assoc 'components options)
577            (for-each (lambda (x) 
578                        (print "component " x ": " ((nemo 'component-exports) model-1 (second x)))
579                        (print "component " x " subcomponents: " ((nemo 'component-subcomps) model-1 (second x))))
580                      ((nemo 'components) model-1)))
581        model-1))))
582
583
584 
585(define (main options operands)
586  (if (null? operands)
587      (usage)
588      (for-each
589       (lambda (operand)
590         (let* ((read-xml   (lambda (name) (call-with-input-file name
591                                            (lambda (port) (ssax:xml->sxml port '((ncml . "ncml")))) )))
592                (read-sexp  (lambda (name) (call-with-input-file name read)))
593                (in-format  (cond ((lookup-def 'i options) =>
594                                   (lambda (x) 
595                                     (case ($ x)
596                                       ((nemo)        'nemo)
597                                       ((s-exp sexp)  'sexp)
598                                       ((sxml)  'sxml)
599                                       ((xml)   'xml)
600                                       (else    (error 'nemo "unknown input format" x)))))
601                                  (else  (case ((lambda (x) (or (not x) ($ x)))
602                                                (pathname-extension operand))
603                                           ((s-exp sexp)  'sexp)
604                                           ((sxml)  'sxml)
605                                           ((xml)   'xml)
606                                           (else    'nemo)))))
607                (doc        (case in-format
608                              ((nemo sxml s-exp sexp)  (read-sexp operand))
609                              ((xml)   (read-xml operand))
610                              (else    (error 'nemo "unknown input format" in-format))))
611                (model       (case in-format
612                               ((sxml xml)          (ncml->model options doc))
613                               ((s-exp sexp)        (sexp->model options doc identity))
614                               ((nemo)              (sexp->model options doc nemo:parse-sym-expr))
615                               (else    (error 'nemo "unknown input format" in-format))))
616                (sxml-fname  ((lambda (x) (and x (if (and (cdr x) (string? (cdr x)))
617                                                     (s+ (pathname-strip-extension (cdr x)) ".sxml")
618                                                     (s+  (pathname-strip-extension operand) ".sxml"))))
619                              (assoc 'sxml options)))
620                (xml-fname  ((lambda (x)  (and x (if (and (cdr x) (string? (cdr x)))
621                                                     (s+ (pathname-strip-extension (cdr x)) ".xml")
622                                                     (s+  (pathname-strip-extension operand) ".xml"))))
623                              (assoc 'xml options)))
624                (mod-fname  ((lambda (x) (and x (if (and (cdr x) (string? (cdr x)))
625                                                    (s+ (pathname-strip-extension (cdr x)) ".mod")
626                                                    (s+  (pathname-strip-extension operand) ".mod"))))
627                             (assoc 'nmodl options)))
628                (mat-fname  ((lambda (x) (and x (if (and (cdr x) (string? (cdr x)))
629                                                    (s+ (pathname-strip-extension (cdr x)) ".m")
630                                                    (s+  (pathname-strip-extension operand) ".m"))))
631                             (assoc 'matlab options)))
632                (nmodl-depend  (lookup-def 'nmodl-depend options))
633                                 
634                (nmodl-method
635                 (let ((method  ($ (lookup-def 'nmodl-method options) )))
636                   (case method
637
638                     ((adams runge euler adeuler heun adrunge gear
639                             newton simplex simeq seidel sparse derivimplicit cnexp clsoda
640                             after_cvode cvode_t cvode_t_v expeuler #f) method)
641                     (else (error "unknown nmodl-method " method))))))
642           (if sxml-fname (with-output-to-file sxml-fname (lambda () (pretty-print (model->ncml options model)))))
643           (if xml-fname  (let* ((doc  (model->ncml options model))
644                                 (doc1 (ensure-xmlns
645                                       (cond ((eq? (car doc) '*TOP*) (assoc 'ncml:model (cdr doc)))
646                                             (else doc)))))
647                            (with-output-to-file xml-fname (lambda () (print-fragments (generate-XML `(begin ,doc1)))))))
648           (if mod-fname
649               (with-output-to-file
650                   mod-fname  (lambda () 
651                                (model->nmodl `((depend  . ,nmodl-depend)
652                                                (method  . ,nmodl-method)
653                                                (table   . ,(assoc 't options))
654                                                (kinetic 
655                                                 ,(let ((opt (assoc 'nmodl-kinetic options)))
656                                                    (and opt
657                                                         (if (string? (cdr opt))
658                                                             (map string->symbol (string-split (cdr opt) ","))
659                                                             'all)))))
660                                              model))))
661           (if mat-fname
662               (with-output-to-file
663                   mat-fname  (lambda () 
664                                (model->matlab `(;(method  . ,matlab-method)
665                                                 (table   . ,(assoc 't options))
666                                                 )
667                                               model))))
668           ))
669       operands)))
670
671(main options operands)
672
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.