Changeset 31355 in project


Ignore:
Timestamp:
09/10/14 08:25:41 (5 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

nemo: fixed SK2 rate constant units

Location:
release/4/nemo/trunk/examples/Golgi
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/nemo/trunk/examples/Golgi/Golgi_DeSouza10.nemo

    r31322 r31355  
    873873
    874874                 ;; rates ca-dependent
    875                  (const dirc2 = 200 (unit /ms))
    876                  (const dirc3 = 160 (unit /ms))
    877                  (const dirc4 = 80  (unit /ms))
     875                 (const dirc2 = 200 (unit /mM-ms))
     876                 (const dirc3 = 160 (unit /mM-ms))
     877                 (const dirc4 = 80  (unit /mM-ms))
    878878
    879879                 (invc1_t = (invc1 * Q10)  (unit /ms))
  • release/4/nemo/trunk/examples/Golgi/Golgi_DeSouza10_fn.nemo

    r31321 r31355  
    11311131                     
    11321132                      ;; rates ca-dependent
    1133                       (const dirc2 = 200 (unit /ms))
    1134                       (const dirc3 = 160 (unit /ms))
    1135                       (const dirc4 = 80  (unit /ms))
     1133                      (const dirc2 = 200 (unit /mM-ms))
     1134                      (const dirc3 = 160 (unit /mM-ms))
     1135                      (const dirc4 = 80  (unit /mM-ms))
    11361136                 
    11371137                      (const  g  = 0.038 (unit S/cm2))
  • release/4/nemo/trunk/examples/Golgi/plot_neuron_nest_v.scm

    r28415 r31355  
    1414(define comment-pat (string->irregex "^#.*"))
    1515
    16 (define (activity-plot nest-file neuron-file stim-file)
     16(define (activity-plot nest-file neuron-file) ; stim-file
    1717
    1818  (let* (
    19          (stim-data
     19         #;(stim-data
    2020          (fold
    2121           (lambda (data-file data)
     
    5252         
    5353
    54          (stim-data1
     54         #;(stim-data1
    5555          (filter-map (lambda (lst) (and (pair? lst) (list (list-ref lst 0) (list-ref lst 1)))) stim-data))
    5656
     
    6565                 ((fd1 temp-path1) (file-mkstemp "/tmp/activity-plot.nest.XXXXXX"))
    6666                 ((fd2 temp-path2) (file-mkstemp "/tmp/activity-plot.neuron.XXXXXX"))
    67                  ((fd3 temp-path3) (file-mkstemp "/tmp/activity-plot.stim.XXXXXX"))
     67;                 ((fd3 temp-path3) (file-mkstemp "/tmp/activity-plot.stim.XXXXXX"))
    6868                 )
    6969     
    7070      (file-close fd1)
    7171      (file-close fd2)
    72       (file-close fd3)
     72;      (file-close fd3)
    7373     
    7474      (let ((dataport (open-output-file temp-path1)))
     
    8080        (close-output-port dataport))
    8181
    82       (let ((dataport (open-output-file temp-path3)))
     82      #;(let ((dataport (open-output-file temp-path3)))
    8383        (for-each (lambda (x) (fprintf dataport "~A,~A~%" (car x) (cadr x))) stim-data1)
    8484        (close-output-port dataport))
    8585     
    86       (plot:init 'svg (make-pathname "."  "nest_neuron_activity.svg"))
     86      (plot:init 'eps (make-pathname "."  "nest_neuron_run.eps"))
    8787     
    8888      (plot:arg "-pagesize"   "20,30")
     89      (plot:arg "-textsize"   "14")
    8990      (plot:arg "-maxrows"    "300000")
    9091      (plot:arg "-maxfields"  "900000")
     
    101102     
    102103      (plot:proc "areadef"
    103                  `(("title"     . "Golgi DeSouza 2010 voltage trace (NEST simulation, soma compartment)")
     104                 `(("title"     . "Golgi DeSouza 2010 voltage trace (NEST simulation, soma)")
    104105                   ("titledetails"     . "adjust=0,0.2")
    105106                   ("rectangle" . "1 10 8 14")
    106107                   ("areacolor" . "white")
    107                    ("xrange" . "0 6000")
     108                   ("xrange" . "0 3000")
    108109                   ("yrange" . "-80 60")
    109                    ("xaxis.label"     . "t [ms]")
     110                   ;("xaxis.label"     . "t [ms]")
    110111                   ("xaxis.axisline"  . "yes")
    111112                   ("xaxis.stubs"     . "inc")
    112113                   ("yaxis.label"     . "V [mV]")
     114                   ("yaxis.labeldistance"     . "0.6")
    113115                   ("yaxis.stubs"     . "inc")
    114116                 ))
     
    131133     
    132134      (plot:proc "areadef"
    133                  `(("title"     . "Golgi DeSouza 2010 voltage trace (NEURON simulation, soma compartment)")
     135                 `(("title"     . "Golgi DeSouza 2010 voltage trace (NEURON simulation, soma)")
    134136                   ("titledetails"     . "adjust=0,0.2")
    135137                   ("rectangle" . "1 5 8 9")
    136138                   ("areacolor" . "white")
    137                    ("xrange" . "0 6000")
     139                   ("xrange" . "0 3000")
    138140                   ("yrange" . "-80 60")
    139141                   ("xaxis.label"     . "t [ms]")
     142                   ("xaxis.labeldistance" . "0.6")
    140143                   ("xaxis.axisline"  . "yes")
    141144                   ("xaxis.stubs"     . "inc")
    142145                   ("yaxis.label"     . "V [mV]")
     146                   ("yaxis.labeldistance"     . "0.6")
    143147                   ("yaxis.stubs"     . "inc")
    144148                 ))
     
    150154                   ))
    151155                   
    152       (plot:proc "getdata"
     156#;      (plot:proc "getdata"
    153157                 `(
    154158;                   ("showdata"   . "yes")
     
    159163
    160164     
    161       (plot:proc "areadef"
     165#;      (plot:proc "areadef"
    162166                 `(("title"     . "Stimulus current")
    163167                   ("titledetails"     . "adjust=0,0.2")
    164168                   ("rectangle" . "1 3 8 4")
    165169                   ("areacolor" . "white")
    166                    ("xrange" . "0 6000")
     170                   ("xrange" . "0 3000")
    167171                   ("yrange" . "0 5")
    168172                   ("xaxis.label"     . "t [ms]")
     
    173177                 ))
    174178
    175       (plot:proc "lineplot"
     179#;      (plot:proc "lineplot"
    176180                 `(("xfield"    .  "t")
    177181                   ("yfield"    .  "i")
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.