Changeset 31039 in project


Ignore:
Timestamp:
06/17/14 02:10:40 (5 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

9ML-toolkit: tuning the alpha-synapse variant of the Brunel model example

Location:
release/4/9ML-toolkit/trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/9ML-toolkit/trunk/examples/Brunel00/AlphaPSR.xml

    r31032 r31039  
    4141           
    4242            <StateAssignment variable="A" >
    43               <MathInline> A </MathInline>
     43              <MathInline> A * exp (- h / tau_syn) + ((B * h * exp (- h / tau_syn)) / tau_syn) </MathInline>
    4444            </StateAssignment>
    4545
    4646            <StateAssignment variable="B" >
    47               <MathInline> B + Ispike </MathInline>
     47              <MathInline> B * exp (- h / tau_syn) + Ispike * h </MathInline>
    4848            </StateAssignment>
    4949
    5050            <StateAssignment variable="Isyn" >
    5151              <MathInline> A </MathInline>
     52            </StateAssignment>
     53
     54            <StateAssignment variable="t" >
     55              <MathInline> t + h </MathInline>
    5256            </StateAssignment>
    5357           
  • release/4/9ML-toolkit/trunk/examples/Brunel00/Brunel_network_alpha.xml

    r31032 r31039  
    3333    <label>Ci</label>
    3434    <value><MathInline>epsilon * Ni</MathInline></value>
    35   </Property>
     35 </Property>
    3636
    3737  <Property><!-- Total number of external synapses -->
     
    5959  <Property>
    6060    <label>g</label> <!-- Relative strength of inhibitory synapses -->
    61     <value>4.5</value>
     61    <value>3.0</value>
    6262  </Property>
    6363
    6464  <Property> <!-- nu_ext / nu_thr -->
    6565    <label>eta</label>
    66     <value>0.9</value>
     66    <value>2.0</value>
    6767  </Property>
    6868
     
    114114    <unit>Hz</unit>
    115115  </Property>
     116
     117  <Property>
     118    <label>timestep</label>
     119    <value>1.0</value>
     120  </Property>
    116121 
    117122  <Component name="E">
     
    130135      <Field>
    131136        <label>theta</label>
    132         <value><MathInline>theta + random_normal ()</MathInline></value>
     137        <value><MathInline>theta + randomNormal ()</MathInline></value>
    133138      </Field>
    134139
     
    145150      <Property>
    146151        <label>R</label>
    147         <value>1.0</value>
     152        <value>20.0</value>
    148153      </Property>
    149154     
     
    165170      <Initial>
    166171        <label>spikeOutput</label>
    167         <value>false</value>
     172        <value>-1.0</value>
    168173      </Initial>
    169174     
    170175      <Initial>
    171176        <label>refractoryEnd</label>
    172         <value>false</value>
     177        <value>-1.0</value>
    173178      </Initial>
    174179
     
    192197      <Field>
    193198        <label>theta</label>
    194         <value><MathInline>theta + random_normal ()</MathInline></value>
     199        <value><MathInline>theta + randomNormal ()</MathInline></value>
    195200      </Field>
    196201
     
    207212      <Property>
    208213        <label>R</label>
    209         <value>1.0</value>
     214        <value>20.0</value>
    210215      </Property>
    211216
     
    227232      <Initial>
    228233        <label>spikeOutput</label>
    229         <value>false</value>
     234        <value>-1.0</value>
    230235      </Initial>
    231236     
    232237      <Initial>
    233238        <label>refractoryEnd</label>
    234         <value>false</value>
     239        <value>-1.0</value>
    235240      </Initial>
    236241     
     
    283288      <Initial>
    284289        <label>spike</label>
    285         <value>false</value>
     290        <value>-1.0</value>
    286291      </Initial>
    287292
     
    330335      <Initial>
    331336        <label>spike</label>
    332         <value>false</value>
     337        <value>-1.0</value>
    333338      </Initial>
    334339
     
    420425  </Component>
    421426
    422   <Group name="BrunelCaseDalpha">
     427  <Group name="BrunelCaseAalpha">
    423428
    424429    <Population name="Exc"> <!-- Excitatory population definition --> 
  • release/4/9ML-toolkit/trunk/templates/Network.sml.tmpl

    r31032 r31039  
    136136  val {{psr.name}}_f = Model_{{psr.name}}.{{psr.value.ivpFn}}
    137137
    138   fun {{psr.name}}_response (W,T) (i,input as { {{ join (",", psr.value.states) }} }) =
     138  fun {{psr.name}}_response W (i,input as { {{ join (",", psr.value.states) }} }) =
    139139    let
    140140        val initial   = {{psr.name}}_initial
    141141        val Ispike_i  = RTensor.sub(W,[i,0])
    142         val spike_i   = Real.!= (Ispike_i, 0.0)
    143         val tspike_i  = RTensor.sub(T,[i,0])
     142        val spike_i   = if Real.!= (Ispike_i, 0.0) then 1.0 else ~1.0
    144143        (*val _ = putStrLn TextIO.stdOut ("# {{psr.name}}: t = " ^ (showReal t) ^ " Ispike_i = " ^ (showReal Ispike_i)*)
    145144        val nstate  = {{psr.name}}_f {{ psr.value.updateStateML }}
     
    211210        let
    212211            {% if group.psrtypes %}
    213             val (T,W) = case I of SOME I' => I'
    214                                 | NONE => (RTensor.new ([N,1],0.0),
    215                                            List.tabulate ({{length (dict (group.psrtypes))}},
    216                                                           fn (i) => (RTensor.new ([N,1],0.0))))
     212            val W = case I of SOME W' => W'
     213                            | NONE => (List.tabulate ({{length (dict (group.psrtypes))}},
     214                                                      fn (i) => (RTensor.new ([N,1],0.0))))
    217215            {% for psr in dict (group.psrtypes) %}
    218216            val W' = List.nth (W,{{loop.index0}})
    219217            val {{psr.name}}_state_vector' =
    220                 Vector.mapi ({{psr.name}}_response (W',T)) {{psr.name}}_state_vector
     218                Vector.mapi ({{psr.name}}_response W') {{psr.name}}_state_vector
    221219            {% endfor %}{% else %}
    222220            val W = case I of SOME W' => W'
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.