Changeset 28034 in project for release/4/nemo/trunk/nemo-nest.scm


Ignore:
Timestamp:
01/04/13 08:46:59 (8 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

nemo: removing vestigial membrane capacitance functionality and updated to Golgi example

File:
1 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/nemo/trunk/nemo-nest.scm

    r28033 r28034  
    496496(define (output-dy sysname method imports const-defs state-index-map
    497497                   external-eq-defs rate-eq-defs reaction-eq-defs asgn-eq-defs
    498                    pool-ions mcap i-eqs v-eq indent indent+)
     498                   pool-ions i-eqs v-eq indent indent+)
    499499
    500500
     
    15581558         sysname method state-index-map steady-state-index-map
    15591559         const-defs asgn-eq-defs init-eq-defs rate-eq-defs
    1560          reaction-eq-defs i-eqs pool-ions perm-ions
    1561          synapse-info
     1560         reaction-eq-defs defaults i-eqs pool-ions perm-ions
     1561         synapse-info 
    15621562         indent indent+)
    15631563 
     
    17061706      }
    17071707EOF
    1708   (if (lookup-def 'V_t const-defs) threshold "")
     1708  (if (lookup-def 'V_t defaults) threshold "")
    17091709  )))
    17101710       
     
    22632263             (imports-sans-v (filter (lambda (x) (not (equal? 'v (first x)))) imports))
    22642264
    2265              (v-eq    (cond ((and mcap mres marea (lookup-def 'v imports))
    2266                              (list 'v (rhsexpr/C++ `(+ "(node.B_.I_stim_)" 
    2267                                                        (/ (* (neg ,(sum i-names)) ,marea) (* 2. ,mres ,mcap))))))
    2268                             ((and marea (lookup-def 'v imports))
    2269                              (list 'v (rhsexpr/C++ `(+ "(node.B_.I_stim_)" 
    2270                                                        (* (neg ,(sum i-names)) ,marea)))))
    2271                             (else (list 'v 0.0))))
    2272 
    2273              (v-eq    (and (member 'v globals) (not (null? i-names))
     2265             (v-eq    (and (not (null? i-names))
    22742266                           (let ((istim "(node.B_.I_stim_)" ))
    22752267                             (cond ((and mrc marea)
    22762268                                    (list 'v (rhsexpr/C++ `(/ (+ ,istim (* (neg ,(sum i-names)) ,marea)) ,mrc))))
    22772269                                   (marea
    2278                                     (list 'v (rhsexpr/C++ `(+ istim (* (neg ,(sum i-names)) ,marea)))))
     2270                                    (list 'v (rhsexpr/C++ `(+ ,istim (* (neg ,(sum i-names)) ,marea)))))
    22792271                                   (mrc
    2280                                     (list 'v (rhsexpr/C++ `(/ (+ istim (neg ,(sum i-names))) ,mrc))))
     2272                                    (list 'v (rhsexpr/C++ `(/ (+ ,istim (neg ,(sum i-names))) ,mrc))))
    22812273                                   (else
    2282                                     (list 'v (rhsexpr/C++ `(+istim (neg ,(sum i-names))))))
     2274                                    (list 'v (rhsexpr/C++ `(+ ,istim (neg ,(sum i-names))))))
    22832275                                   ))))
    22842276
     
    23632355              (output-dy sysname method imports-sans-v const-defs state-index-map
    23642356                         external-eq-defs rate-eq-defs reaction-eq-defs asgn-eq-defs
    2365                          pool-ions mcap i-eqs v-eq
     2357                         pool-ions i-eqs v-eq
    23662358                         indent indent+)
    23672359              ))
     
    24232415               sysname method state-index-map steady-state-index-map
    24242416               const-defs asgn-eq-defs init-eq-defs rate-eq-defs
    2425                reaction-eq-defs i-eqs pool-ions perm-ions
     2417               reaction-eq-defs defaults i-eqs pool-ions perm-ions
    24262418               synapse-info indent indent+)
    24272419              (pp indent ,nl)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.