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01/04/13 08:46:59 (8 years ago)
Author:
Ivan Raikov
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nemo: removing vestigial membrane capacitance functionality and updated to Golgi example

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  • release/4/nemo/trunk/examples/Golgi/Golgi.nemo

    r28024 r28034  
    1010   (input v celsius)
    1111
    12    (const V_t = -35)
    1312
    1413   (component (type defaults)
     14      (const V_t = -35)
    1515      (const celsius = 30)
    16      
    17       (output celsius)
     16      (output celsius V_t)
    1817      )
    1918
    20    (component (type membrane-capacitance)
    21          (const C_m  = 1.0)
    22          (output C_m  ))
     19
     20   (component (type membrane-tau)
     21         (const tau_m  = 1e-3)
     22         (output tau_m  ))
    2323
    2424
     
    102102                   (Q10 * Abeta_u * exp((v - V0beta_u) / Kbeta_u)))
    103103
    104                  
     104                 (s_inf = ((alpha_s (v Q10))/(alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10))))
     105                 (tau_s = (1 / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
     106
     107                 (u_inf = ((alpha_u (v Q10))/(alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
     108                 (tau_u = (1 / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
     109
    105110                 (hh-ionic-gate
    106111                  (CaHVA  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    107                    (initial-m  ((alpha_s (v Q10))/(alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
    108                    (initial-h  ((alpha_u (v Q10))/(alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
     112                   (initial-m  s_inf)
     113                   (initial-h  u_inf)
    109114                   (m-power    2)
    110115                   (h-power    1)
    111                    (m-inf      ((alpha_s (v Q10) / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) )))
    112                    (m-tau      ((1 / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) )))
    113                    (h-inf      ((alpha_u (v Q10) / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) )))
    114                    (h-tau      ((1 / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) )))
     116                   (m-inf      s_inf)
     117                   (m-tau      tau_s)
     118                   (h-inf      u_inf)
     119                   (h-tau      tau_s)
    115120                   ))
    116121                 
     
    532537                 (defun beta_c (v cai Q10)
    533538                   (Q10 * Abeta_c / (1 + (cai / (Bbeta_c * exp (v / Kbeta_c))) )))
    534 
     539             
     540                 (c_inf = ((alpha_c (v cai Q10)) / (alpha_c (v cai Q10) + beta_c (v cai Q10)) ))
     541                 (tau_c = (1 / (alpha_c (v cai Q10) + beta_c (v cai Q10)) ))
    535542
    536543                 (hh-ionic-gate
    537544                  (KCa  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    538                    (initial-m  ((alpha_c (v cai Q10)) / (alpha_c (v cai Q10) + beta_c (v cai Q10)) ))
     545                   (initial-m  c_inf)
    539546                   (m-power    1)
    540547                   (h-power    0)
    541                    (m-alpha    (alpha_c (v cai Q10)))
    542                    (m-beta     (beta_c (v cai Q10)))
     548                   (m-inf      c_inf)
     549                   (m-tau      tau_c)
    543550                   ))
    544551                 
     
    662669                           (Q10 * Abeta_n * exp((v - V0beta_n) / Kbeta_n) ))
    663670
     671                         (n_inf = ((alpha_n (v Q10)) / (alpha_n (v Q10) + beta_n (v Q10)) ))
     672                         (tau_n = (1 / (alpha_n (v Q10) + beta_n (v Q10)) ))
     673
    664674                         (hh-ionic-gate
    665675                          (KV  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    666                            (initial-m  ((alpha_n (v Q10)) / (alpha_n (v Q10) + beta_n (v Q10)) ))
     676                           (initial-m  n_inf)
    667677                           (m-power    4)
    668678                           (h-power    0)
    669                            (m-alpha    (alpha_n(v Q10)))
    670                            (m-beta     (beta_n(v Q10)))
     679                           (m-inf     (n_inf))
     680                           (m-tau     (tau_n))
    671681                           ))
    672682                         )
     
    830840                           (Q10 * Abeta_v / (1 + exp((v - V0beta_v) / Kbeta_v) )))
    831841
     842                         (u_inf = ((alpha_u (v Q10)) / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
     843                         (tau_u = (1 / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10))))
     844
     845                         (v_inf = ((alpha_v (v Q10)) / (alpha_v (v Q10) + beta_v (v Q10)) ))
     846                         (tau_v = (1 / (alpha_v (v Q10) + beta_v (v Q10)) ))
    832847                         
    833848                         (hh-ionic-gate
    834849                          (Na  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    835                            (initial-m  ((alpha_u (v Q10)) / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
    836                            (initial-h  ((alpha_v (v Q10)) / (alpha_v (v Q10) + beta_v (v Q10)) ))
     850                           (initial-m  (u_inf))
     851                           (initial-h  (v_inf))
    837852                           (m-power    3)
    838853                           (h-power    1)
    839                            (m-alpha    (alpha_u (v Q10)))
    840                            (m-beta     (beta_u (v Q10)))
    841                            (h-alpha    (alpha_v (v Q10)))
    842                            (h-beta     (beta_v (v Q10)))
     854                           (m-inf     (u_inf))
     855                           (m-tau     (tau_u))
     856                           (h-inf     (v_inf))
     857                           (h-tau     (tau_v))
    843858                           ))
    844859                         
     
    972987                           (Q10 * Abeta_f * exp( ( v - V0beta_f ) / Kbeta_f )  ))
    973988
     989                         (s_inf = ((alpha_s (v Q10)) / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
     990                         (tau_s = (1 / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
     991                         (f_inf = ((alpha_f (v Q10)) / (alpha_f (v Q10) + beta_f (v Q10)) ))
     992                         (tau_f = (1 / (alpha_f (v Q10) + beta_f (v Q10)) ))
     993
    974994                         (hh-ionic-gate
    975995                          (NaR  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    976                            (initial-m  ((alpha_s (v Q10)) / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
    977                            (initial-h  ((alpha_f (v Q10)) / (alpha_f (v Q10) + beta_f (v Q10)) ))
     996                           (initial-m  (s_inf))
     997                           (initial-h  (f_inf))
    978998                           (m-power    1)
    979999                           (h-power    1)
    980                            (m-alpha    (alpha_s (v Q10)))
    981                            (m-beta     (beta_s (v Q10)))
    982                            (h-alpha    (alpha_f (v Q10)))
    983                            (h-beta     (beta_f (v Q10)))
     1000                           (m-inf     (s_inf))
     1001                           (m-tau     (tau_s))
     1002                           (h-inf     (f_inf))
     1003                           (h-tau     (tau_f))
    9841004
    9851005                           ))
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.