Changeset 28034 in project


Ignore:
Timestamp:
01/04/13 08:46:59 (7 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

nemo: removing vestigial membrane capacitance functionality and updated to Golgi example

Location:
release/4/nemo/trunk
Files:
3 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/nemo/trunk/examples/Golgi/Golgi.nemo

    r28024 r28034  
    1010   (input v celsius)
    1111
    12    (const V_t = -35)
    1312
    1413   (component (type defaults)
     14      (const V_t = -35)
    1515      (const celsius = 30)
    16      
    17       (output celsius)
     16      (output celsius V_t)
    1817      )
    1918
    20    (component (type membrane-capacitance)
    21          (const C_m  = 1.0)
    22          (output C_m  ))
     19
     20   (component (type membrane-tau)
     21         (const tau_m  = 1e-3)
     22         (output tau_m  ))
    2323
    2424
     
    102102                   (Q10 * Abeta_u * exp((v - V0beta_u) / Kbeta_u)))
    103103
    104                  
     104                 (s_inf = ((alpha_s (v Q10))/(alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10))))
     105                 (tau_s = (1 / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
     106
     107                 (u_inf = ((alpha_u (v Q10))/(alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
     108                 (tau_u = (1 / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
     109
    105110                 (hh-ionic-gate
    106111                  (CaHVA  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    107                    (initial-m  ((alpha_s (v Q10))/(alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
    108                    (initial-h  ((alpha_u (v Q10))/(alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
     112                   (initial-m  s_inf)
     113                   (initial-h  u_inf)
    109114                   (m-power    2)
    110115                   (h-power    1)
    111                    (m-inf      ((alpha_s (v Q10) / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) )))
    112                    (m-tau      ((1 / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) )))
    113                    (h-inf      ((alpha_u (v Q10) / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) )))
    114                    (h-tau      ((1 / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) )))
     116                   (m-inf      s_inf)
     117                   (m-tau      tau_s)
     118                   (h-inf      u_inf)
     119                   (h-tau      tau_s)
    115120                   ))
    116121                 
     
    532537                 (defun beta_c (v cai Q10)
    533538                   (Q10 * Abeta_c / (1 + (cai / (Bbeta_c * exp (v / Kbeta_c))) )))
    534 
     539             
     540                 (c_inf = ((alpha_c (v cai Q10)) / (alpha_c (v cai Q10) + beta_c (v cai Q10)) ))
     541                 (tau_c = (1 / (alpha_c (v cai Q10) + beta_c (v cai Q10)) ))
    535542
    536543                 (hh-ionic-gate
    537544                  (KCa  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    538                    (initial-m  ((alpha_c (v cai Q10)) / (alpha_c (v cai Q10) + beta_c (v cai Q10)) ))
     545                   (initial-m  c_inf)
    539546                   (m-power    1)
    540547                   (h-power    0)
    541                    (m-alpha    (alpha_c (v cai Q10)))
    542                    (m-beta     (beta_c (v cai Q10)))
     548                   (m-inf      c_inf)
     549                   (m-tau      tau_c)
    543550                   ))
    544551                 
     
    662669                           (Q10 * Abeta_n * exp((v - V0beta_n) / Kbeta_n) ))
    663670
     671                         (n_inf = ((alpha_n (v Q10)) / (alpha_n (v Q10) + beta_n (v Q10)) ))
     672                         (tau_n = (1 / (alpha_n (v Q10) + beta_n (v Q10)) ))
     673
    664674                         (hh-ionic-gate
    665675                          (KV  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    666                            (initial-m  ((alpha_n (v Q10)) / (alpha_n (v Q10) + beta_n (v Q10)) ))
     676                           (initial-m  n_inf)
    667677                           (m-power    4)
    668678                           (h-power    0)
    669                            (m-alpha    (alpha_n(v Q10)))
    670                            (m-beta     (beta_n(v Q10)))
     679                           (m-inf     (n_inf))
     680                           (m-tau     (tau_n))
    671681                           ))
    672682                         )
     
    830840                           (Q10 * Abeta_v / (1 + exp((v - V0beta_v) / Kbeta_v) )))
    831841
     842                         (u_inf = ((alpha_u (v Q10)) / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
     843                         (tau_u = (1 / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10))))
     844
     845                         (v_inf = ((alpha_v (v Q10)) / (alpha_v (v Q10) + beta_v (v Q10)) ))
     846                         (tau_v = (1 / (alpha_v (v Q10) + beta_v (v Q10)) ))
    832847                         
    833848                         (hh-ionic-gate
    834849                          (Na  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    835                            (initial-m  ((alpha_u (v Q10)) / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
    836                            (initial-h  ((alpha_v (v Q10)) / (alpha_v (v Q10) + beta_v (v Q10)) ))
     850                           (initial-m  (u_inf))
     851                           (initial-h  (v_inf))
    837852                           (m-power    3)
    838853                           (h-power    1)
    839                            (m-alpha    (alpha_u (v Q10)))
    840                            (m-beta     (beta_u (v Q10)))
    841                            (h-alpha    (alpha_v (v Q10)))
    842                            (h-beta     (beta_v (v Q10)))
     854                           (m-inf     (u_inf))
     855                           (m-tau     (tau_u))
     856                           (h-inf     (v_inf))
     857                           (h-tau     (tau_v))
    843858                           ))
    844859                         
     
    972987                           (Q10 * Abeta_f * exp( ( v - V0beta_f ) / Kbeta_f )  ))
    973988
     989                         (s_inf = ((alpha_s (v Q10)) / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
     990                         (tau_s = (1 / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
     991                         (f_inf = ((alpha_f (v Q10)) / (alpha_f (v Q10) + beta_f (v Q10)) ))
     992                         (tau_f = (1 / (alpha_f (v Q10) + beta_f (v Q10)) ))
     993
    974994                         (hh-ionic-gate
    975995                          (NaR  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    976                            (initial-m  ((alpha_s (v Q10)) / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
    977                            (initial-h  ((alpha_f (v Q10)) / (alpha_f (v Q10) + beta_f (v Q10)) ))
     996                           (initial-m  (s_inf))
     997                           (initial-h  (f_inf))
    978998                           (m-power    1)
    979999                           (h-power    1)
    980                            (m-alpha    (alpha_s (v Q10)))
    981                            (m-beta     (beta_s (v Q10)))
    982                            (h-alpha    (alpha_f (v Q10)))
    983                            (h-beta     (beta_f (v Q10)))
     1000                           (m-inf     (s_inf))
     1001                           (m-tau     (tau_s))
     1002                           (h-inf     (f_inf))
     1003                           (h-tau     (tau_f))
    9841004
    9851005                           ))
  • release/4/nemo/trunk/nemo-matlab.scm

    r28033 r28034  
    464464(define (output-dy sysname method globals state-index-map
    465465                   rate-eq-defs reaction-eq-defs asgn-eq-defs external-eq-defs
    466                    pool-ions mcap i-eqs v-eq indent indent+)
     466                   pool-ions i-eqs v-eq indent indent+)
    467467
    468468  (pp indent ,nl (function ,(case method ((cvode) "[dy flag]") (else "dy"))
     
    10141014                   (output-dy sysname method globals state-index-map
    10151015                              rate-eq-defs reaction-eq-defs asgn-eq-defs external-eq-defs
    1016                               pool-ions mcap i-eqs v-eq
     1016                              pool-ions i-eqs v-eq
    10171017                              indent indent+)))
    10181018               (if (not output) (close-output-port output1)))
  • release/4/nemo/trunk/nemo-nest.scm

    r28033 r28034  
    496496(define (output-dy sysname method imports const-defs state-index-map
    497497                   external-eq-defs rate-eq-defs reaction-eq-defs asgn-eq-defs
    498                    pool-ions mcap i-eqs v-eq indent indent+)
     498                   pool-ions i-eqs v-eq indent indent+)
    499499
    500500
     
    15581558         sysname method state-index-map steady-state-index-map
    15591559         const-defs asgn-eq-defs init-eq-defs rate-eq-defs
    1560          reaction-eq-defs i-eqs pool-ions perm-ions
    1561          synapse-info
     1560         reaction-eq-defs defaults i-eqs pool-ions perm-ions
     1561         synapse-info 
    15621562         indent indent+)
    15631563 
     
    17061706      }
    17071707EOF
    1708   (if (lookup-def 'V_t const-defs) threshold "")
     1708  (if (lookup-def 'V_t defaults) threshold "")
    17091709  )))
    17101710       
     
    22632263             (imports-sans-v (filter (lambda (x) (not (equal? 'v (first x)))) imports))
    22642264
    2265              (v-eq    (cond ((and mcap mres marea (lookup-def 'v imports))
    2266                              (list 'v (rhsexpr/C++ `(+ "(node.B_.I_stim_)" 
    2267                                                        (/ (* (neg ,(sum i-names)) ,marea) (* 2. ,mres ,mcap))))))
    2268                             ((and marea (lookup-def 'v imports))
    2269                              (list 'v (rhsexpr/C++ `(+ "(node.B_.I_stim_)" 
    2270                                                        (* (neg ,(sum i-names)) ,marea)))))
    2271                             (else (list 'v 0.0))))
    2272 
    2273              (v-eq    (and (member 'v globals) (not (null? i-names))
     2265             (v-eq    (and (not (null? i-names))
    22742266                           (let ((istim "(node.B_.I_stim_)" ))
    22752267                             (cond ((and mrc marea)
    22762268                                    (list 'v (rhsexpr/C++ `(/ (+ ,istim (* (neg ,(sum i-names)) ,marea)) ,mrc))))
    22772269                                   (marea
    2278                                     (list 'v (rhsexpr/C++ `(+ istim (* (neg ,(sum i-names)) ,marea)))))
     2270                                    (list 'v (rhsexpr/C++ `(+ ,istim (* (neg ,(sum i-names)) ,marea)))))
    22792271                                   (mrc
    2280                                     (list 'v (rhsexpr/C++ `(/ (+ istim (neg ,(sum i-names))) ,mrc))))
     2272                                    (list 'v (rhsexpr/C++ `(/ (+ ,istim (neg ,(sum i-names))) ,mrc))))
    22812273                                   (else
    2282                                     (list 'v (rhsexpr/C++ `(+istim (neg ,(sum i-names))))))
     2274                                    (list 'v (rhsexpr/C++ `(+ ,istim (neg ,(sum i-names))))))
    22832275                                   ))))
    22842276
     
    23632355              (output-dy sysname method imports-sans-v const-defs state-index-map
    23642356                         external-eq-defs rate-eq-defs reaction-eq-defs asgn-eq-defs
    2365                          pool-ions mcap i-eqs v-eq
     2357                         pool-ions i-eqs v-eq
    23662358                         indent indent+)
    23672359              ))
     
    24232415               sysname method state-index-map steady-state-index-map
    24242416               const-defs asgn-eq-defs init-eq-defs rate-eq-defs
    2425                reaction-eq-defs i-eqs pool-ions perm-ions
     2417               reaction-eq-defs defaults i-eqs pool-ions perm-ions
    24262418               synapse-info indent indent+)
    24272419              (pp indent ,nl)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.