Changeset 27547 in project


Ignore:
Timestamp:
10/05/12 03:56:12 (7 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

nemo: CGC example reorganization

Location:
release/4/nemo/trunk/examples/CGC
Files:
73 added
4 deleted
2 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC/DeSouzaCGC.nemo

    r27532 r27547  
    147147                         ;; rate functions
    148148
    149                          (defun alpha_a (v)
     149                         (defun alpha_a (v Q10)
    150150                           (Q10 * Aalpha_a * sigm((v - V0alpha_a) Kalpha_a)))
    151151
    152                          (defun beta_a (v)
     152                         (defun beta_a (v Q10)
    153153                           (Q10 * (Abeta_a / exp((v - V0beta_a) / Kbeta_a))))
    154154
    155                          (defun alpha_b (v)
     155                         (defun alpha_b (v Q10)
    156156                           (Q10 * Aalpha_b * sigm((v - V0alpha_b) Kalpha_b)))
    157157
    158                          (defun beta_b (v)
     158                         (defun beta_b (v Q10)
    159159                           (Q10 * Abeta_b * sigm((v - V0beta_b) Kbeta_b)))
    160160
     
    162162
    163163                         (a_inf = (1 / (1 + exp ((v - V0_ainf) / K_ainf))))
    164                          (tau_a = (1 / (alpha_a (v) + beta_a (v)) ))
     164                         (tau_a = (1 / (alpha_a (v Q10) + beta_a (v Q10)) ))
    165165                         (b_inf = (1 / (1 + exp ((v - V0_binf) / K_binf))))
    166                          (tau_b = (1 / (alpha_b (v) + beta_b (v)) ))
     166                         (tau_b = (1 / (alpha_b (v Q10) + beta_b (v Q10)) ))
    167167
    168168                         (hh-ionic-gate
     
    280280
    281281                         ;; rate constants
    282                          (Q10 = (pow (3 ((celsius - 30) / 10))))
     282                         (Q10 = (pow (3 ((celsius - 20) / 10))))
    283283
    284284                         (const Aalpha_d = 0.13289)
     
    349349                         (const Kbeta_n  = -20)
    350350                         (const V0beta_n = -30)
    351                          (const V0_ninf  = -30)
     351                         (const V0_ninf  = -35)
    352352                         (const   B_ninf = 6)
    353353                         
     
    363363                         (hh-ionic-gate
    364364                          (KM  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    365                            (initial-m  (alpha_n (v Q10)) / (alpha_n (v Q10) + beta_n (v Q10)) )
     365                           (initial-m  (1 / (1 + exp((neg (v - V0_ninf)) / B_ninf))))
    366366                           (m-power    1)
    367367                           (h-power    0)
     
    509509                         (Ooff = (Q10 * AOoff))
    510510                         (a = (pow ((Oon / Con) (1.0 / 4.0))))
    511                          (b = (pow ((Ooff/Coff) (1.0 / 4.0))))
     511                         (b = (pow ((Ooff / Coff) (1.0 / 4.0))))
    512512
    513513                         ;; rate functions
     
    516516
    517517                         (defun beta (v Q10)
    518                            (Q10 * Abeta * exp(((neg v) / Vbeta))))
     518                           (Q10 * Abeta * exp (neg (v) / Vbeta)))
    519519
    520520                         (defun teta (v Q10)
    521                            (Q10 * Ateta * exp(((neg v) / Vteta))))
     521                           (Q10 * Ateta * exp (neg (v) / Vteta)))
    522522                               
    523523
     
    540540                            (<-> C1 I1 Con Coff)
    541541                            (<-> C2 I2 (Con * a) (Coff * b))
    542                             (<-> C3 I3 (Con * pow (a, 2)) (Coff * pow (b,2)))
    543                             (<-> C4 I4 (Con * pow (a, 3)) (Coff * pow (b, 3)))
    544                             (<-> C5 I5 (Con * pow (a, 4)) (Coff * pow (b, 4)))
    545 
    546                             (O <-> I6 Oon Ooff)
     542                            (<-> C3 I3 (Con * pow (a 2)) (Coff * pow (b 2)))
     543                            (<-> C4 I4 (Con * pow (a 3)) (Coff * pow (b 3)))
     544                            (<-> C5 I5 (Con * pow (a 4)) (Coff * pow (b 4)))
     545
     546                            (O <-> I6 Oon Ooff))
    547547                           
    548548                           (conserve (1 = (C1 + C2 + C3 + C4 + C5 + O + B + I1 + I2 + I3 + I4 + I5 + I6)))
     
    564564             
    565565              ) ;; end Na current
    566 
    567566
    568567   (component (type voltage-clamp) (name Na)
  • release/4/nemo/trunk/examples/CGC/plot_original_neuron_vclamp.m

    r27445 r27547  
    22graphics_toolkit("gnuplot");
    33
    4 CaHVA0       = load ("parts/original_vclamp/CaHVA.dat");
    5 CaHVA1       = load ("parts/neuron_vclamp/CaHVA.dat");
     4CaHVA0       = load ("vclamp/original/CaHVA.dat");
     5CaHVA1       = load ("vclamp/nemo_nmodl_generated/CaHVA.dat");
    66
    7 KA0       = load ("parts/original_vclamp/KA.dat");
    8 KA1       = load ("parts/neuron_vclamp/KA.dat");
     7KA0       = load ("vclamp/original/KA.dat");
     8KA1       = load ("vclamp/nemo_nmodl_generated/KA.dat");
    99
    10 Kir0      = load ("parts/original_vclamp/Kir.dat");
    11 Kir1      = load ("parts/neuron_vclamp/Kir.dat");
     10KCa0       = load ("vclamp/original/KCa.dat");
     11KCa1       = load ("vclamp/nemo_nmodl_generated/KCa.dat");
    1212
    13 KM0      = load ("parts/original_vclamp/KM.dat");
    14 KM1      = load ("parts/neuron_vclamp/KM.dat");
     13Kir0      = load ("vclamp/original/Kir.dat");
     14Kir1      = load ("vclamp/nemo_nmodl_generated/Kir.dat");
    1515
    16 KV0      = load ("parts/original_vclamp/KV.dat");
    17 KV1      = load ("parts/neuron_vclamp/KV.dat");
     16KM0      = load ("vclamp/original/KM.dat");
     17KM1      = load ("vclamp/nemo_nmodl_generated/KM.dat");
    1818
    19 Na0      = load ("parts/original_vclamp/Na.dat");
    20 Na1      = load ("parts/neuron_vclamp/Na.dat");
     19KV0      = load ("vclamp/original/KV.dat");
     20KV1      = load ("vclamp/nemo_nmodl_generated/KV.dat");
    2121
    22 NaR0      = load ("parts/original_vclamp/NaR.dat");
    23 NaR1      = load ("parts/neuron_vclamp/NaR.dat");
    24 
    25 pNa0      = load ("parts/original_vclamp/pNa.dat");
    26 pNa1      = load ("parts/neuron_vclamp/pNa.dat");
     22Na0      = load ("vclamp/original/Na.dat");
     23Na1      = load ("vclamp/nemo_nmodl_generated/Na.dat");
    2724
    2825
     
    3633
    3734subplot(3,3,3);
     35plot(KCa0(:,1),KCa0(:,2),KCa1(:,1),KCa1(:,2),'linewidth',2);
     36title ("KCa current");
     37
     38subplot(3,3,4);
    3839plot(Kir0(:,1),Kir0(:,2),Kir1(:,1),Kir1(:,2),'linewidth',2);
    3940title ("Kir current");
    4041
    41 subplot(3,3,4);
     42subplot(3,3,5);
    4243plot(KM0(:,1),KM0(:,2),KM1(:,1),KM1(:,2),'linewidth',2);
    4344title ("KM current");
    4445
    45 subplot(3,3,5);
     46subplot(3,3,6);
    4647plot(KV0(:,1),KV0(:,2),KV1(:,1),KV1(:,2),'linewidth',2);
    4748title ("KV current");
    4849
    49 subplot(3,3,6);
     50subplot(3,3,7);
    5051plot(Na0(:,1),Na0(:,2),Na1(:,1),Na1(:,2),'linewidth',2);
    5152title ("Na current");
    5253
    53 subplot(3,3,7);
    54 plot(NaR0(:,1),NaR0(:,2),NaR1(:,1),NaR1(:,2),'linewidth',2);
    55 title ("NaR current");
    56 
    57 subplot(3,3,8);
    58 plot(pNa0(:,1),pNa0(:,2),pNa1(:,1),pNa1(:,2),'linewidth',2);
    59 title ("pNa current");
    60 
    6154print  ("NEURON_Original_Vclamp.eps", "-depsc");
    6255
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.