Changeset 13050 in project


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Timestamp:
01/21/09 02:55:43 (11 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

Fixes to the matlab backend; better error messages in nmodl backend.

Location:
release/3/nemo/trunk
Files:
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  • release/3/nemo/trunk/examples/carelli05.nemo

    r13040 r13050  
    113113   (component (type ion-channel) (name KCa)
    114114
    115               (hh-ionic-conductance
    116                (KCa
    117                 (m-power 4)
    118                 (h-power 0)
    119                 (initial-m ((Ca / (3 + Ca)) * (1 / (1 + (exp ((Vrest + 28.3) / -12.6))))))
    120                 (m-inf  ((Ca / (3 + Ca)) * (1 / (1 + (exp ((v + 28.3) / -12.6))))))
    121                 (m-tau  (180.6 - (150.2 / (1 + (exp ((v + 46) / -22.7))))))))
     115              (component (type gate)
     116
     117                         (hh-ionic-conductance
     118                          (KCa
     119                           (m-power 4)
     120                           (h-power 0)
     121                           (initial-m ((Ca / (3 + Ca)) * (1 / (1 + (exp ((Vrest + 28.3) / -12.6))))))
     122                           (m-inf  ((Ca / (3 + Ca)) * (1 / (1 + (exp ((v + 28.3) / -12.6))))))
     123                           (m-tau  (180.6 - (150.2 / (1 + (exp ((v + 46) / -22.7))))))))
     124                         )
    122125     
    123126              (component (type pore)
     
    133136   (component (type ion-channel) (name Kd)
    134137                       
    135               (hh-ionic-conductance
    136                      (Kd
    137                       (m-power 4)
    138                       (h-power 0)
    139                       (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 12.3) / -11.8)))))
    140                       (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 12.3) / -11.8)))))
    141                       (m-tau  (14.4 - (12.8 / (exp ((v + 28.3) / -19.2)))))))
     138              (component (type gate)
     139
     140                         (hh-ionic-conductance
     141                          (Kd
     142                           (m-power 4)
     143                           (h-power 0)
     144                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 12.3) / -11.8)))))
     145                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 12.3) / -11.8)))))
     146                           (m-tau  (14.4 - (12.8 / (exp ((v + 28.3) / -19.2)))))))
     147                         )
    142148
    143149              (component (type pore)
     
    153159   (component (type ion-channel) (name A)
    154160                       
    155               (hh-ionic-conductance
    156                (A
    157                 (gbar 50)
    158                 (m-power 3)
    159                 (h-power 1)
    160                 (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 27.2) / -8.7)))))
    161                 (initial-h (1 / (1 + (exp ((Vrest + 56.9) / 4.9)))))
    162                 (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 27.2) / -8.7)))))
    163                 (h-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 56.9) / 4.9)))))
    164                 (m-tau  (23.2 - (20.8 / (1 + (exp ((v + 32.9) / -15.2))))))
    165                 (h-tau  (77.2 - (58.4 / (1 + (exp ((v + 38.9) / -26.5))))))))
     161              (component (type gate)
     162
     163                         (hh-ionic-conductance
     164                          (A
     165                           (gbar 50)
     166                           (m-power 3)
     167                           (h-power 1)
     168                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 27.2) / -8.7)))))
     169                           (initial-h (1 / (1 + (exp ((Vrest + 56.9) / 4.9)))))
     170                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 27.2) / -8.7)))))
     171                           (h-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 56.9) / 4.9)))))
     172                           (m-tau  (23.2 - (20.8 / (1 + (exp ((v + 32.9) / -15.2))))))
     173                           (h-tau  (77.2 - (58.4 / (1 + (exp ((v + 38.9) / -26.5))))))))
     174                         )
    166175
    167176              (component (type pore)
     
    175184
    176185   (component (type ion-channel) (name H)
    177                        
    178               (hh-ionic-conductance
    179                (H
    180                 (m-power 1)
    181                 (h-power 0)
    182                 (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 75) / 5.5)))))
    183                 (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 75) / 5.5)))))
    184                 (m-tau  (2.2 / ((exp ((v + 169.7) / -11.6)) + (exp ((v - 26.7) / 14.3)))))))
     186
     187              (component (type gate)
     188
     189                         (hh-ionic-conductance
     190                          (H
     191                           (m-power 1)
     192                           (h-power 0)
     193                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 75) / 5.5)))))
     194                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 75) / 5.5)))))
     195                           (m-tau  (2.2 / ((exp ((v + 169.7) / -11.6)) + (exp ((v - 26.7) / 14.3)))))))
     196                         )
    185197
    186198              (component (type pore)
  • release/3/nemo/trunk/nemo-matlab.scm

    r13040 r13050  
    204204                                                 (let ((fx (format-expr/MATLAB indent+ x))) fx)) rest)))))
    205205                   
    206                     (let ((op (case op ((neg) '-) (else op))))
     206                    (let ((op (case op ((neg) '-) ((ln) 'log) (else op))))
    207207                      (format-fncall/MATLAB indent op (map (lambda (x) (format-expr/MATLAB indent+ x)) rest))))))
    208208           (if rv
  • release/3/nemo/trunk/nemo-nmodl.scm

    r13012 r13050  
    834834                                        (nemo:error 'nemo:nmodl-translator ": ion channel definition " label
    835835                                                    (s+ "(" n ")")
    836                                                     "lacks permeating-substance or accumulating-substance "
    837                                                     "component"))))
     836                                                    "lacks gate component"))))
    838837
    839838                                      ((and acc pore gate)
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.