Changeset 12238 in project


Ignore:
Timestamp:
10/22/08 07:10:23 (12 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

Bug fixes to the example model.

Location:
release/3/nemo/trunk
Files:
6 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed
  • release/3/nemo/trunk/examples/AKP06/Na.nemo

    r12230 r12238  
    116116                       
    117117                (component (type pore)
    118                            (const  gmax  = 0.016)
    119                            (output gmax ))
     118                           (const  gbar  = 0.016)
     119                           (output gbar ))
    120120               
    121121                (component (type permeating-substance) (name na)
  • release/3/nemo/trunk/examples/AKP06/Narsg.nemo

    r12229 r12238  
    116116                       
    117117                (component (type pore)
    118                            (const  gmax  = 0.016)
    119                            (output gmax ))
     118                           (const  gbar  = 0.016)
     119                           (output gbar ))
    120120               
    121121                (component (type permeating-substance) (name na)
  • release/3/nemo/trunk/examples/AKP06/PotIhCa.nemo

    r12230 r12238  
    262262              ) ;; end BK current
    263263
     264     
     265
    264266             ))
  • release/3/nemo/trunk/examples/AKP06/morphology_mechanisms.hoc

    r12203 r12238  
    2828soma.cao = 2   // (mM)
    2929     
    30 soma.gmax_Narsg = 0.016     // (mho/cm2)
    31 soma.gmax_Na = 0.014
     30soma.gbar_Narsg = 0.016     // (mho/cm2)
     31soma.gbar_Na = 0.014
    3232//soma.gbar_Kv1 = 0.011
    3333soma.gbar_Kv1_PotIhCa = 0.011
  • release/3/nemo/trunk/nemo-nmodl.scm

    r12232 r12238  
    719719  (define (cn x)   (first x))
    720720  (let-optionals rest ((method 'cnexp) (table? #f) (min-v -100) (max-v 100) (step 0.5) (depend #f)
    721                        (kinetic (list)))
     721                       (kinetic (list)) )
    722722  (match-let ((($ nemo:quantity 'DISPATCH  dis) (environment-ref sys (nemo-intern 'dispatch))))
    723723    (let ((imports  ((dis 'imports)  sys))
     
    731731             (asgns       ((dis 'asgns)   sys))
    732732             (states      ((dis 'states)  sys))
     733             (kinetic     (if (eq? kinetic 'all) states kinetic))
    733734             (stcomps     ((dis 'stcomps) sys))
    734735             (defuns      ((dis 'defuns)  sys))
     
    773774                                    `(,(nmodl-name ion) ,(nmodl-name (s+ 'i ion)) ,(nmodl-name (s+ ion 'i)))))
    774775                                epools)))
    775                (has-ode?    (or (not (null? (filter (lambda (x) (not (member (car x) kinetic))) states)))
    776                               (not (null? pool-ions))))
    777                (has-kinetic? (or (not (null? (filter (lambda (x) (member (car x) kinetic)) states))))))
     776               (has-kinetic? (or (not (null? (filter (lambda (x) (member (car x) kinetic)) states)))))
     777               (has-ode?     (or (not (null? (filter (lambda (x) (not (member (car x) kinetic))) states)))
     778                                 (not (null? pool-ions)))))
    778779
    779780           (for-each
     
    10541055               (if (not (null? init-eq-defs)) (pp indent+ (SOLVE initial_equilibrium)))
    10551056               (pp indent "}")
    1056                (if (not (null? init-eq-defs))
     1057               (if (not (null? init-eq-defs)) 
    10571058                   (begin
    10581059                     (pp indent ,nl (LINEAR initial_equilibrium "{"))
  • release/3/nemo/trunk/nemo.scm

    r12204 r12238  
    6060  `(
    6161    ,(args:make-option (i)       (required: "FORMAT")   
    62                        (s+ "specify input format (xml, nemo, sxml, s-exp)")
     62                       (s+ "specify input format (nemo, xml, sxml, s-exp)")
    6363                       (string->symbol arg))
    6464    ,(args:make-option (xml)       (optional: "FILE")   
     
    6868    ,(args:make-option (nmodl)      (optional: "FILE")   
    6969                       (s+ "write NMODL output to file (default: <model-name>.mod)"))
    70     ,(args:make-option (nmodl-kinetic)       (required: "STATES")
    71                        (s+ "use NMODL kinetic equations for the given states"))
     70    ,(args:make-option (nmodl-kinetic)       (optional: "STATES")
     71                       (s+ "use NMODL kinetic equations for the given states (or for all states)"))
    7272    ,(args:make-option (nmodl-method)       (required: "METHOD")
    7373                       (s+ "specify NMODL integration method (cnexp, derivimplicit)")
     
    177177  (nemo:nmodl-translator model (lookup-def 'method options) (lookup-def 'table options)
    178178                         -150 150 1 #f
    179                          (lookup-def 'kinetic options)))
     179                         (lookup-def 'kinetic options) ))
    180180
    181181
     
    579579                                           ((sxml)  'sxml)
    580580                                           ((xml)   'xml)
    581                                            (else    'xml)))))
     581                                           (else    'nemo)))))
    582582                (doc        (case in-format
    583583                              ((nemo sxml s-exp sexp)  (read-sexp operand))
     
    601601                                                    (s+  (pathname-strip-extension operand) ".mod"))))
    602602                             (assoc 'nmodl options)))
     603                                 
    603604                (nmodl-method
    604605                 (let ((method  ($ (lookup-def 'nmodl-method options) )))
     
    618619                                                (table   . ,(assoc 't options))
    619620                                                (kinetic
    620                                                  ,(map string->symbol
    621                                                        (string-split (or (alist-ref 'nmodl-kinetic options) "") ","))))
     621                                                 ,(let ((opt (assoc 'nmodl-kinetic options)))
     622                                                    (and opt
     623                                                         (if (string? (cdr opt))
     624                                                             (map string->symbol (string-split (cdr opt) ","))
     625                                                             'all)))))
    622626                                              model))))
    623627           ))
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.