Changeset 11977 in project


Ignore:
Timestamp:
09/22/08 09:46:59 (12 years ago)
Author:
Ivan Raikov
Message:

Bug fixes.

Location:
release/3/nemo/trunk
Files:
8 edited

Legend:

Unmodified
Added
Removed

  • release/3/nemo/trunk/SXML.scm

    r11944 r11977  
    4141(define (sxml:kidn name node)
    4242  ((select-first-kid (lambda (x)  (eq? (car x) name))) node))
     43
     44;; obtain  non-empty child named n of a node
     45(define (sxml:kidn* name node)
     46  ((select-first-kid (lambda (x) (and (eq? (car x) name) (not (null? (cdr x)))))) node))
    4347 
    4448;; obtain  the cdr of child named n

  • release/3/nemo/trunk/core.scm

    r11944 r11977  
    251251      (environment-extend! env (nemo-intern 'name)      (SYSNAME name))
    252252      (environment-extend! env (nemo-intern 'exports)   (EXPORTS (list)))
     253      (environment-extend! env (nemo-intern 'toplevel)  (COMPONENT 'toplevel (list)))
    253254      env))
    254255
    … …  
    311312                            (environment-extend! nemo-env sym (CONST name initial))))
    312313
    313               (('tscomp)  (let ((power         (or (lookup-def 'power alst) 1))
     314              (('tscomp)  (begin
     315                            (let ((power         (or (lookup-def 'power alst) 1))
    314316                                (transitions   (map (lambda (t)
    315                                                       (print "t = " t)
    316317                                                      `(-> ,(second t) ,(third t) ,(normalize-expr (fourth t ))))
    317318                                                    (or (alist-ref 'transitions alst) (list))))
    … …  
    327328                                               " requires an integer power (" power  " was given)"))
    328329                            (let ((en (TSCOMP name initial open transitions power)))
    329                               (environment-extend! nemo-env sym en))))
     330                              (environment-extend! nemo-env sym en)))))
    330331
    331332              (('asgn)    (let ((rhs (lookup-def 'rhs alst)))
    … …  
    401402                               (('if . es)   (fold (enumconsts lb) ax es))
    402403                               ((s . es)     (if (symbol? s)  (cons s (fold (enumconsts lb) ax es)) ax))
    403                                (s            (cond
    404                                               ((and (symbol? s) (not (member s lb)) (environment-includes? base-env s))
    405                                                (cons s ax) )
    406                                               ((and (symbol? s) (not (member s lb)))
    407                                                (nemo:error 'defun ": quantity " s " not defined"))
    408                                               (else ax))))))))
     404                               (s            (begin
     405                                              (print "lb = " lb)
     406                                              (print "s = " s)
     407                                              (print "(member s lb) = " (member s lb))
     408                                              (cond
     409                                               ((and (symbol? s) (not (member s lb)) (environment-includes? base-env s))
     410                                                (cons s ax) )
     411                                               ((and (symbol? s) (not (member s lb)))
     412                                                (nemo:error 'defun ": quantity " s " not defined"))
     413                                               (else ax)))))))))
    409414            (if (environment-has-binding? nemo-env sym)
    410415                (nemo:error 'defun! ": quantity " sym " already defined")
    … …  
    496501            (cases nemo:quantity x
    497502                   (COMPONENT (type lst) 
    498                               (let ((en1 (COMPONENT type (cons sym lst))))
     503                              (let ((en1 (COMPONENT type (append lst (list sym)))))
    499504                                (environment-set! nemo-env comp en1)))
    500505                   (else (nemo:error 'component-extend! ": invalid component " comp)))
    … …  
    525530                                  (else #f)))))
    526531           (environment-symbols nemo-env)))
     532
    527533
    528534
    … …  
    569575           (environment-symbols nemo-env)))
    570576
    571 
     577  (define (toplevel nemo-env)
     578    (cases nemo:quantity (environment-ref nemo-env (nemo-intern 'toplevel))
     579           (COMPONENT (type lst) `(,type ,lst))))
    572580                                       
    573581  (define (exam nemo-env)
    … …  
    789797      ((exports)             exports)
    790798      ((imports)             imports)
     799      ((toplevel)            toplevel)
    791800      ((components)          components)
    792801      ((component-symbols)   component-symbols)
    … …  
    812821(define (eval-nemo-system-decls nemo-core name sys declarations)
    813822  (define (eval-const x) (and x ((nemo-core 'eval-const) sys x)))
    814   (let loop ((ds declarations) (qs (list)))
    815     (if (null? ds) qs
     823  (let loop ((ds declarations) (qs (list)) (top #t))
     824    (if (null? ds)  (let ((qs (reverse qs)))
     825                      (if top (let* ((top-syms   ((nemo-core 'component-symbols ) sys (nemo-intern 'toplevel)))
     826                                     (top-syms1  (append qs top-syms)))
     827                                (environment-set! sys (nemo-intern 'toplevel) (COMPONENT 'toplevel top-syms1))))
     828                      qs)
    816829        (let ((decl (car ds)))
    817830          (let ((qs1  (match decl
    … …  
    888901                                                        "defun id (arg1 arg2 ...) expr"))))
    889902                           
    890                             ;; compiled cnemo primitives
     903                            ;; compiled primitives
    891904                            (('prim id value)
    892905                             (cond ((symbol? id)  (((nemo-core 'env-extend!) sys) id '(prim) value))
    … …  
    896909                           
    897910                            (('component ('type typ) ('name name) . lst) 
    898                              (let* ((cqs   (loop lst (list)))
     911                             (let* ((cqs   (loop lst (list) #f))
    899912                                    (comp  (COMPONENT typ cqs))
    900913                                    (sym   (string->symbol (->string name))))
    … …  
    904917                             
    905918                            (('component ('type typ)  . lst) 
    906                              (let* ((cqs   (loop lst (list)))
     919                             (let* ((cqs   (loop lst (list) #f))
    907920                                    (comp  (COMPONENT typ cqs))
    908921                                    (sym   (qname "comp")))
    … …  
    912925                           
    913926                            (('sysname name)  (if (symbol? name)
    914                                                   (environment-set! sys (nemo-intern 'name)      (SYSNAME name))
     927                                                  (environment-set! sys (nemo-intern 'name) (SYSNAME name))
    915928                                                  (nemo:error 'eval-nemo-system-decls
    916929                                                                 "system name must be a symbol")))
    … …  
    970983                           
    971984                           
    972                      (loop (cdr ds) qs1)))
     985                     (loop (cdr ds) qs1 top)))
    973986        ))
    974987  sys)

  • release/3/nemo/trunk/examples/AKP06/PotIhCa.scm

    r11944 r11977  
    11;;  -*- Hen -*-
    22
    3 
    4 (require-extension nemo-macros)
    5 (require-extension nemo-nmodl)
    6 (require-extension nemo-hh)
    7 
    8 (define PotIhCa
    9   (nemo-model PotIhCa
    10       ((input v  cai cao)
    11 
    12        (const Vrest   = -68)
    13        (const diam    = 20)
    14        (const celsius = 24)
    15 
    16        (const temp_adj = (pow 3 (/ (- celsius 22) 10)))
    17 
    18        (defun ghk (v celsius ci co)
    19          (let ((F 96485.0) (R 8.3145))
    20            (let ((zeta (/ (* 2e-3 F v) (* R (+ 273.19 celsius)))))
    21              (if (< (abs (- 1.0 (exp (neg zeta)))) 1e-6)
    22                  (* 1e-6  (* 2 F) (- ci (* co (exp (neg zeta)))) (+ 1.0 (/ zeta 2)))
    23                  (/ (* 1e-6 (* 2 zeta F) (- ci (* co (exp (neg zeta))))) (- 1.0 (exp (neg zeta))))))))
    24 
    25 
    26        (component (type ion-channel) ;; Kv1 current
    27 
    28          (component (type gate)
    29                  
    30             ;; rate functions
    31             (const cma  = 0.12889)
    32             (const cka  = -33.90877)
    33             (const cva  = 45)
    34 
    35             (defun Kv1_amf (v cma cva cka temp_adj) (* temp_adj cma (exp (neg (/ (+ v cva) cka)))))
    36 
    37             (const cmb   = 0.12889)
    38             (const ckb   = 12.42101)
    39             (const cvb   = 45)
    40             (defun Kv1_bmf (v cmb cvb ckb temp_adj) (* temp_adj cmb (exp (neg (/ (+ v cvb) ckb)))))
    41 
    42             (hh-ionic-conductance
    43              (Kv1  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    44               (initial-m (/ (Kv1_amf Vrest cma cva cka temp_adj)
    45                             (+ (Kv1_amf Vrest cma cva cka temp_adj)
    46                                (Kv1_bmf Vrest cmb cvb ckb temp_adj))))
    47               (m-power   4)
    48               (h-power   0)
    49               (m-alpha   (Kv1_amf v cma cva cka temp_adj) )
    50               (m-beta    (Kv1_bmf v cmb cvb ckb temp_adj) )))
    51              
    52             )
    53 
    54          (component (type pore)
    55             (const  gbar_Kv1  = 0.011)
    56             (output gbar_Kv1 ))
    57 
    58          (component (type permeating-substance) (name k)
    59            (const e_Kv1 = -85)
    60            (output e_Kv1 ))
    61 
    62          ) ;; end Kv1 current
    63 
    64 
    65        (component (type ion-channel) ;; Kv4 current
    66 
    67          (component (type gate)
    68                  
    69             ;; rate functions
    70 
    71             (const can   = 0.15743)
    72             (const ckan  = -32.19976)
    73             (const cvan  = 57)
    74 
    75             (defun Kv4_amf (v can cvan ckan temp_adj)  (* temp_adj can (exp (neg (/ (+ v cvan) ckan)))))
    76 
    77             (const  cbn   = 0.15743)
    78             (const  ckbn  = 37.51346)
    79             (const  cvbn  = 57)
     3(nemo-model PotIhCa
     4            ((input v  cai cao)
     5             
     6             (const Vrest   = -68)
     7             (const diam    = 20)
     8             (const celsius = 24)
     9             
     10             (const temp_adj = (pow 3 (/ (- celsius 22) 10)))
     11             
     12             (defun ghk (v celsius ci co)
     13               (let ((F 96485.0) (R 8.3145))
     14                 (let ((zeta (/ (* 2e-3 F v) (* R (+ 273.19 celsius)))))
     15                   (if (< (abs (- 1.0 (exp (neg zeta)))) 1e-6)
     16                       (* 1e-6  (* 2 F) (- ci (* co (exp (neg zeta)))) (+ 1.0 (/ zeta 2)))
     17                       (/ (* 1e-6 (* 2 zeta F) (- ci (* co (exp (neg zeta))))) (- 1.0 (exp (neg zeta))))))))
     18             
     19             
     20             (component (type ion-channel) ;; Kv1 current
     21                       
     22                        (component (type gate)
     23                                   
     24                                   ;; rate functions
     25                                   (const cma  = 0.12889)
     26                                   (const cka  = -33.90877)
     27                                   (const cva  = 45)
     28                                   
     29                                   (defun Kv1_amf (v cma cva cka temp_adj) (* temp_adj cma (exp (neg (/ (+ v cva) cka)))))
     30                                   
     31                                   (const cmb   = 0.12889)
     32                                   (const ckb   = 12.42101)
     33                                   (const cvb   = 45)
     34                                   (defun Kv1_bmf (v cmb cvb ckb temp_adj) (* temp_adj cmb (exp (neg (/ (+ v cvb) ckb)))))
     35                                   
     36                                   (hh-ionic-conductance
     37                                    (Kv1  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
     38                                     (initial-m (/ (Kv1_amf Vrest cma cva cka temp_adj)
     39                                                   (+ (Kv1_amf Vrest cma cva cka temp_adj)
     40                                                      (Kv1_bmf Vrest cmb cvb ckb temp_adj))))
     41                                     (m-power   4)
     42                                     (h-power   0)
     43                                     (m-alpha   (Kv1_amf v cma cva cka temp_adj) )
     44                                     (m-beta    (Kv1_bmf v cmb cvb ckb temp_adj) )))
     45                                   
     46                                   )
     47                       
     48                        (component (type pore)
     49                                   (const  gbar_Kv1  = 0.011)
     50                                   (output gbar_Kv1 ))
     51                       
     52                        (component (type permeating-substance) (name k)
     53                                   (const e_Kv1 = -85)
     54                                   (output e_Kv1 ))
     55                       
     56                        ) ;; end Kv1 current
     57             
     58             
     59             (component (type ion-channel) ;; Kv4 current
     60
     61                        (component (type gate)
     62                                   
     63                                   ;; rate functions
     64                                   
     65                                   (const can   = 0.15743)
     66                                   (const ckan  = -32.19976)
     67                                   (const cvan  = 57)
     68                                   
     69                                   (defun Kv4_amf (v can cvan ckan temp_adj) 
     70                                     (* temp_adj can (exp (neg (/ (+ v cvan) ckan)))))
     71                                   
     72                                   (const  cbn   = 0.15743)
     73                                   (const  ckbn  = 37.51346)
     74                                   (const  cvbn  = 57)
    8075
    8176            (defun Kv4_bmf (v cbn cvbn ckbn temp_adj)  (* temp_adj cbn (exp (neg (/ (+ v cvbn) ckbn)))))
    … …  
    9792             (Kv4  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
    9893              (initial-m (/ (Kv4_amf Vrest can cvan ckan temp_adj)
    99                             (+ (Kv4_amf Vrest v can cvan ckan temp_adj)
     94                            (+ (Kv4_amf Vrest can cvan ckan temp_adj)
    10095                               (Kv4_bmf Vrest cbn cvbn ckbn temp_adj))))
    10196              (initial-h (/ (Kv4_ahf Vrest cah cvh ckah temp_adj)
    … …  
    275270
    276271
    277        )
    278 
    279       (let ((PotIhCa-1 (nemo:hh-transformer PotIhCa)))
    280         (print "dependency graph: " ((nemo 'depgraph*) PotIhCa-1))
    281         (print "exports: " ((nemo 'exports) PotIhCa-1))
    282         (print "imports: " ((nemo 'imports) PotIhCa-1))
    283         (for-each (lambda (x)
    284                     (print "component " x ": " ((nemo 'component-exports) PotIhCa-1 (second x)))
    285                     (print "component " x " subcomponents: " ((nemo 'component-subcomps) PotIhCa-1 (second x))))
    286                   ((nemo 'components) PotIhCa-1))
    287         (nemo:nmodl-translator PotIhCa-1 'cnexp #t -150 150 1)
    288        
    289         ))
    290   )
     272       )) ;; end model

  • release/3/nemo/trunk/examples/AKP06/PotIhCa.sxml

    r11898 r11977  
    1 (*TOP* (*PI* (xml (@ (version 1.0))))
    2        (ncml:model
    3          (@ (name PotIhCa) (xmlns:ncml ncml))
    4          (ncml:input (@ (id v)))
    5          (ncml:input (@ (id cai)))
    6          (ncml:input (@ (id cao)))
    7          (ncml:const (@ (id Vrest)) (ncml:expr -68))
    8          (ncml:const (@ (id diam)) (ncml:expr 20))
    9          (ncml:const (@ (id celsius)) (ncml:expr 24))
    10          (ncml:const (@ (id F)) (ncml:expr 96485.0))
    11          (ncml:const (@ (id R)) (ncml:expr 8.3145))
    12          (ncml:const
    13            (@ (id temp_adj))
    14            (ncml:expr (ncml:pow 3 (ncml:div (ncml:sub (ncml:id celsius) 22) 10))))
    15          (ncml:component
    16            (@ (type ion-channel))
    17            (ncml:component
    18              (@ (type pore))
    19              (ncml:const (@ (id gbar_Kv1)) (ncml:expr 0.011))
    20              (ncml:output (@ (id gbar_Kv1))))
    21            (ncml:component
    22              (@ (type "permeating-substance") (name k))
    23              (ncml:const (@ (id e_Kv1)) (ncml:expr -85))
    24              (ncml:output (@ (id e_Kv1))))
    25            (ncml:component
    26              (@ (type gate))
    27              (ncml:const (@ (id cma)) (ncml:expr 0.12889))
    28              (ncml:const (@ (id cka)) (ncml:expr -33.90877))
    29              (ncml:const (@ (id cva)) (ncml:expr 45))
    30              (ncml:defun
    31                (@ (id Kv1_amf))
    32                (ncml:arg v)
    33                (ncml:body
    34                  (ncml:mul
    35                    (ncml:id temp_adj)
    36                    (ncml:id cma)
    37                    (ncml:exp
    38                      (ncml:neg
    39                        (ncml:div
    40                          (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cva))
    41                          (ncml:id cka)))))))
    42              (ncml:const (@ (id cmb)) (ncml:expr 0.12889))
    43              (ncml:const (@ (id ckb)) (ncml:expr 12.42101))
    44              (ncml:const (@ (id cvb)) (ncml:expr 45))
    45              (ncml:defun
    46                (@ (id Kv1_bmf))
    47                (ncml:arg v)
    48                (ncml:body
    49                  (ncml:mul
    50                    (ncml:id temp_adj)
    51                    (ncml:id cmb)
    52                    (ncml:exp
    53                      (ncml:neg
    54                        (ncml:div
    55                          (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvb))
    56                          (ncml:id ckb)))))))
    57              (ncml:hh_ionic_conductance
    58                (@ (id Kv1))
    59                (ncml:initial_m
    60                  (ncml:div
    61                    (ncml:apply (ncml:id Kv1_amf) (ncml:id Vrest))
    62                    (ncml:sum
    63                      (ncml:apply (ncml:id Kv1_amf) (ncml:id Vrest))
    64                      (ncml:apply (ncml:id Kv1_bmf) (ncml:id Vrest)))))
    65                (ncml:m_power 4)
    66                (ncml:h_power 0)
    67                (ncml:m_alpha (ncml:apply (ncml:id Kv1_amf) (ncml:id v)))
    68                (ncml:m_beta (ncml:apply (ncml:id Kv1_bmf) (ncml:id v))))))))
     1(ncml:model
     2  (@ (name PotIhCa))
     3  (ncml:input (@ (id v)) (as v))
     4  (ncml:input (@ (id cai)) (as cai))
     5  (ncml:input (@ (id cao)) (as cao))
     6  (ncml:const (@ (id Vrest)) (ncml:expr -68.0))
     7  (ncml:const (@ (id diam)) (ncml:expr 20.0))
     8  (ncml:const (@ (id celsius)) (ncml:expr 24.0))
     9  (ncml:const (@ (id temp_adj)) (ncml:expr 1.24573093961552))
     10  (ncml:defun
     11    (@ (id ghk))
     12    (ncml:arg v)
     13    (ncml:arg celsius)
     14    (ncml:arg ci)
     15    (ncml:arg co)
     16    (ncml:body
     17      (ncml:let
     18        (ncml:bnds
     19          (ncml:bnd (@ (id F)) (ncml:expr 96485.0))
     20          (ncml:bnd (@ (id R)) (ncml:expr 8.3145)))
     21        (ncml:expr
     22          (ncml:let
     23            (ncml:bnds
     24              (ncml:bnd
     25                (@ (id zeta))
     26                (ncml:expr
     27                  (ncml:div
     28                    (ncml:mul (ncml:mul 0.002 (ncml:id F)) (ncml:id v))
     29                    (ncml:mul
     30                      (ncml:id R)
     31                      (ncml:sum 273.19 (ncml:id celsius)))))))
     32            (ncml:expr
     33              (ncml:apply
     34                (@ (id if))
     35                (ncml:lt
     36                  (ncml:abs
     37                    (ncml:sum
     38                      1.0
     39                      (ncml:neg (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta))))))
     40                  1e-06)
     41                (ncml:mul
     42                  (ncml:mul 1e-06 (ncml:mul 2.0 (ncml:id F)))
     43                  (ncml:mul
     44                    (ncml:sum
     45                      (ncml:id ci)
     46                      (ncml:neg
     47                        (ncml:mul
     48                          (ncml:id co)
     49                          (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta))))))
     50                    (ncml:sum 1.0 (ncml:div (ncml:id zeta) 2.0))))
     51                (ncml:div
     52                  (ncml:mul
     53                    (ncml:mul
     54                      1e-06
     55                      (ncml:mul (ncml:mul 2.0 (ncml:id zeta)) (ncml:id F)))
     56                    (ncml:sum
     57                      (ncml:id ci)
     58                      (ncml:neg
     59                        (ncml:mul
     60                          (ncml:id co)
     61                          (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta)))))))
     62                  (ncml:sum
     63                    1.0
     64                    (ncml:neg (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta)))))))))))))
     65  (ncml:component
     66    (@ (name comp2) (type ion-channel))
     67    (ncml:component
     68      (@ (name comp0) (type gate))
     69      (ncml:const (@ (id cma)) (ncml:expr 0.12889))
     70      (ncml:const (@ (id cka)) (ncml:expr -33.90877))
     71      (ncml:const (@ (id cva)) (ncml:expr 45.0))
     72      (ncml:defun
     73        (@ (id Kv1_amf))
     74        (ncml:arg v)
     75        (ncml:arg cma)
     76        (ncml:arg cva)
     77        (ncml:arg cka)
     78        (ncml:arg temp_adj)
     79        (ncml:body
     80          (ncml:mul
     81            (ncml:mul (ncml:id temp_adj) (ncml:id cma))
     82            (ncml:exp
     83              (ncml:neg
     84                (ncml:div
     85                  (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cva))
     86                  (ncml:id cka)))))))
     87      (ncml:const (@ (id cmb)) (ncml:expr 0.12889))
     88      (ncml:const (@ (id ckb)) (ncml:expr 12.42101))
     89      (ncml:const (@ (id cvb)) (ncml:expr 45.0))
     90      (ncml:defun
     91        (@ (id Kv1_bmf))
     92        (ncml:arg v)
     93        (ncml:arg cmb)
     94        (ncml:arg cvb)
     95        (ncml:arg ckb)
     96        (ncml:arg temp_adj)
     97        (ncml:body
     98          (ncml:mul
     99            (ncml:mul (ncml:id temp_adj) (ncml:id cmb))
     100            (ncml:exp
     101              (ncml:neg
     102                (ncml:div
     103                  (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvb))
     104                  (ncml:id ckb)))))))
     105      (ncml:state_complex
     106        (@ (id Kv1_m))
     107        (ncml:open Kv1_mO)
     108        (ncml:initial 0.0737822020422147)
     109        (ncml:transitions
     110          (ncml:transition
     111            (@ (src Kv1_mC) (dst Kv1_mO))
     112            (ncml:rate
     113              (ncml:apply
     114                (@ (id Kv1_amf))
     115                (ncml:id v)
     116                (ncml:id cma)
     117                (ncml:id cva)
     118                (ncml:id cka)
     119                (ncml:id temp_adj))))
     120          (ncml:transition
     121            (@ (src Kv1_mO) (dst Kv1_mC))
     122            (ncml:rate
     123              (ncml:apply
     124                (@ (id Kv1_bmf))
     125                (ncml:id v)
     126                (ncml:id cmb)
     127                (ncml:id cvb)
     128                (ncml:id ckb)
     129                (ncml:id temp_adj)))))
     130        (ncml:power 4.0))
     131      (ncml:output (@ (id Kv1_m))))
     132    (ncml:component
     133      (@ (name comp1) (type pore))
     134      (ncml:const (@ (id gbar_Kv1)) (ncml:expr 0.011))
     135      (ncml:output (@ (id gbar_Kv1))))
     136    (ncml:component
     137      (@ (name k) (type permeating-substance))
     138      (ncml:const (@ (id e_CaBK)) (ncml:expr -85.0))
     139      (ncml:output (@ (id e_CaBK)))))
     140  (ncml:component
     141    (@ (name comp5) (type ion-channel))
     142    (ncml:component
     143      (@ (name comp3) (type gate))
     144      (ncml:const (@ (id can)) (ncml:expr 0.15743))
     145      (ncml:const (@ (id ckan)) (ncml:expr -32.19976))
     146      (ncml:const (@ (id cvan)) (ncml:expr 57.0))
     147      (ncml:defun
     148        (@ (id Kv4_amf))
     149        (ncml:arg v)
     150        (ncml:arg can)
     151        (ncml:arg cvan)
     152        (ncml:arg ckan)
     153        (ncml:arg temp_adj)
     154        (ncml:body
     155          (ncml:mul
     156            (ncml:mul (ncml:id temp_adj) (ncml:id can))
     157            (ncml:exp
     158              (ncml:neg
     159                (ncml:div
     160                  (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvan))
     161                  (ncml:id ckan)))))))
     162      (ncml:const (@ (id cbn)) (ncml:expr 0.15743))
     163      (ncml:const (@ (id ckbn)) (ncml:expr 37.51346))
     164      (ncml:const (@ (id cvbn)) (ncml:expr 57.0))
     165      (ncml:defun
     166        (@ (id Kv4_bmf))
     167        (ncml:arg v)
     168        (ncml:arg cbn)
     169        (ncml:arg cvbn)
     170        (ncml:arg ckbn)
     171        (ncml:arg temp_adj)
     172        (ncml:body
     173          (ncml:mul
     174            (ncml:mul (ncml:id temp_adj) (ncml:id cbn))
     175            (ncml:exp
     176              (ncml:neg
     177                (ncml:div
     178                  (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvbn))
     179                  (ncml:id ckbn)))))))
     180      (ncml:const (@ (id cah)) (ncml:expr 0.01342))
     181      (ncml:const (@ (id ckah)) (ncml:expr -7.86476))
     182      (ncml:const (@ (id cvah)) (ncml:expr 60.0))
     183      (ncml:defun
     184        (@ (id Kv4_ahf))
     185        (ncml:arg v)
     186        (ncml:arg cah)
     187        (ncml:arg cvah)
     188        (ncml:arg ckah)
     189        (ncml:arg temp_adj)
     190        (ncml:body
     191          (ncml:mul
     192            (ncml:id temp_adj)
     193            (ncml:div
     194              (ncml:id cah)
     195              (ncml:sum
     196                1.0
     197                (ncml:exp
     198                  (ncml:neg
     199                    (ncml:div
     200                      (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvah))
     201                      (ncml:id ckah)))))))))
     202      (ncml:const (@ (id cbh)) (ncml:expr 0.04477))
     203      (ncml:const (@ (id ckbh)) (ncml:expr 11.3615))
     204      (ncml:const (@ (id cvbh)) (ncml:expr 54.0))
     205      (ncml:defun
     206        (@ (id Kv4_bhf))
     207        (ncml:arg v)
     208        (ncml:arg cbh)
     209        (ncml:arg cvbh)
     210        (ncml:arg ckbh)
     211        (ncml:arg temp_adj)
     212        (ncml:body
     213          (ncml:mul
     214            (ncml:id temp_adj)
     215            (ncml:div
     216              (ncml:id cbh)
     217              (ncml:sum
     218                1.0
     219                (ncml:exp
     220                  (ncml:neg
     221                    (ncml:div
     222                      (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvbh))
     223                      (ncml:id ckbh)))))))))
     224      (ncml:state_complex
     225        (@ (id Kv4_m))
     226        (ncml:open Kv4_mO)
     227        (ncml:initial 0.34641264037007)
     228        (ncml:transitions
     229          (ncml:transition
     230            (@ (src Kv4_mC) (dst Kv4_mO))
     231            (ncml:rate
     232              (ncml:apply
     233                (@ (id Kv4_amf))
     234                (ncml:id v)
     235                (ncml:id can)
     236                (ncml:id cvan)
     237                (ncml:id ckan)
     238                (ncml:id temp_adj))))
     239          (ncml:transition
     240            (@ (src Kv4_mO) (dst Kv4_mC))
     241            (ncml:rate
     242              (ncml:apply
     243                (@ (id Kv4_bmf))
     244                (ncml:id v)
     245                (ncml:id cbn)
     246                (ncml:id cvbn)
     247                (ncml:id ckbn)
     248                (ncml:id temp_adj)))))
     249        (ncml:power 4.0))
     250      (ncml:state_complex
     251        (@ (id Kv4_h))
     252        (ncml:open Kv4_hO)
     253        (ncml:initial 0.567859615479398)
     254        (ncml:transitions
     255          (ncml:transition
     256            (@ (src Kv4_hC) (dst Kv4_hO))
     257            (ncml:rate
     258              (ncml:apply
     259                (@ (id Kv4_ahf))
     260                (ncml:id v)
     261                (ncml:id cah)
     262                (ncml:id cvh)
     263                (ncml:id ckah)
     264                (ncml:id temp_adj))))
     265          (ncml:transition
     266            (@ (src Kv4_hO) (dst Kv4_hC))
     267            (ncml:rate
     268              (ncml:apply
     269                (@ (id Kv4_bhf))
     270                (ncml:id v)
     271                (ncml:id cbh)
     272                (ncml:id cvbh)
     273                (ncml:id ckbh)
     274                (ncml:id temp_adj)))))
     275        (ncml:power 1.0))
     276      (ncml:output (@ (id Kv4_m)))
     277      (ncml:output (@ (id Kv4_h))))
     278    (ncml:component
     279      (@ (name comp4) (type pore))
     280      (ncml:const (@ (id gbar_Kv4)) (ncml:expr 0.0039))
     281      (ncml:output (@ (id gbar_Kv4))))
     282    (ncml:component
     283      (@ (name k) (type permeating-substance))
     284      (ncml:const (@ (id e_CaBK)) (ncml:expr -85.0))
     285      (ncml:output (@ (id e_CaBK)))))
     286  (ncml:component
     287    (@ (name comp8) (type ion-channel))
     288    (ncml:component
     289      (@ (name comp6) (type gate))
     290      (ncml:const (@ (id cvn)) (ncml:expr 90.1))
     291      (ncml:const (@ (id ckn)) (ncml:expr -9.9))
     292      (ncml:defun
     293        (@ (id Ih_inf))
     294        (ncml:arg v)
     295        (ncml:arg cvn)
     296        (ncml:arg ckn)
     297        (ncml:body
     298          (ncml:div
     299            1.0
     300            (ncml:sum
     301              1.0
     302              (ncml:exp
     303                (ncml:neg
     304                  (ncml:div
     305                    (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvn))
     306                    (ncml:id ckn))))))))
     307      (ncml:const (@ (id cct)) (ncml:expr 190.0))
     308      (ncml:const (@ (id cat)) (ncml:expr 720.0))
     309      (ncml:const (@ (id cvt)) (ncml:expr 81.5))
     310      (ncml:const (@ (id ckt)) (ncml:expr 11.9))
     311      (ncml:defun
     312        (@ (id Ih_tau))
     313        (ncml:arg v)
     314        (ncml:arg cct)
     315        (ncml:arg cat)
     316        (ncml:arg cvt)
     317        (ncml:arg ckt)
     318        (ncml:arg temp_adj)
     319        (ncml:body
     320          (ncml:div
     321            (ncml:sum
     322              (ncml:id cct)
     323              (ncml:mul
     324                (ncml:id cat)
     325                (ncml:exp
     326                  (ncml:neg
     327                    (ncml:pow
     328                      (ncml:div
     329                        (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvt))
     330                        (ncml:id ckt))
     331                      2.0)))))
     332            (ncml:id temp_adj))))
     333      (ncml:state_complex
     334        (@ (id Ih_m))
     335        (ncml:open Ih_mO)
     336        (ncml:initial 0.0968851713304939)
     337        (ncml:transitions
     338          (ncml:transition
     339            (@ (src Ih_mC) (dst Ih_mO))
     340            (ncml:rate
     341              (ncml:div
     342                (ncml:apply
     343                  (@ (id Ih_inf))
     344                  (ncml:id v)
     345                  (ncml:id cvn)
     346                  (ncml:id ckn))
     347                (ncml:apply
     348                  (@ (id Ih_tau))
     349                  (ncml:id v)
     350                  (ncml:id cct)
     351                  (ncml:id cat)
     352                  (ncml:id cvt)
     353                  (ncml:id ckt)
     354                  (ncml:id temp_adj)))))
     355          (ncml:transition
     356            (@ (src Ih_mO) (dst Ih_mC))
     357            (ncml:rate
     358              (ncml:div
     359                (ncml:sum
     360                  1.0
     361                  (ncml:neg
     362                    (ncml:apply
     363                      (@ (id Ih_inf))
     364                      (ncml:id v)
     365                      (ncml:id cvn)
     366                      (ncml:id ckn))))
     367                (ncml:apply
     368                  (@ (id Ih_tau))
     369                  (ncml:id v)
     370                  (ncml:id cct)
     371                  (ncml:id cat)
     372                  (ncml:id cvt)
     373                  (ncml:id ckt)
     374                  (ncml:id temp_adj))))))
     375        (ncml:power 1.0))
     376      (ncml:output (@ (id Ih_m))))
     377    (ncml:component
     378      (@ (name comp7) (type pore))
     379      (ncml:const (@ (id gbar_Ih)) (ncml:expr 0.2))
     380      (ncml:output (@ (id gbar_Ih))))
     381    (ncml:component
     382      (@ (name non-specific) (type permeating-substance))
     383      (ncml:const (@ (id e_Ih)) (ncml:expr -30.0))
     384      (ncml:output (@ (id e_Ih)))))
     385  (ncml:component
     386    (@ (name comp11) (type ion-channel))
     387    (ncml:component
     388      (@ (name comp9) (type gate))
     389      (ncml:const (@ (id cv)) (ncml:expr 19.0))
     390      (ncml:const (@ (id ck)) (ncml:expr 5.5))
     391      (ncml:defun
     392        (@ (id CaP_inf))
     393        (ncml:arg v)
     394        (ncml:arg cv)
     395        (ncml:arg ck)
     396        (ncml:body
     397          (ncml:div
     398            1.0
     399            (ncml:sum
     400              1.0
     401              (ncml:exp
     402                (ncml:neg
     403                  (ncml:div
     404                    (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cv))
     405                    (ncml:id ck))))))))
     406      (ncml:defun
     407        (@ (id CaP_tau))
     408        (ncml:arg v)
     409        (ncml:arg temp_adj)
     410        (ncml:body
     411          (ncml:div
     412            (ncml:apply
     413              (@ (id if))
     414              (ncml:gt (ncml:id v) -50.0)
     415              (ncml:mul
     416                1000.0
     417                (ncml:sum
     418                  0.000191
     419                  (ncml:mul
     420                    0.00376
     421                    (ncml:pow
     422                      (ncml:exp
     423                        (ncml:neg (ncml:div (ncml:sum (ncml:id v) 41.9) 27.8)))
     424                      2.0))))
     425              (ncml:mul
     426                1000.0
     427                (ncml:sum
     428                  0.00026367
     429                  (ncml:mul
     430                    0.1278
     431                    (ncml:exp (ncml:mul 0.10327 (ncml:id v)))))))
     432            (ncml:id temp_adj))))
     433      (ncml:state_complex
     434        (@ (id CaP_m))
     435        (ncml:open CaP_mO)
     436        (ncml:initial 0.000135136381706817)
     437        (ncml:transitions
     438          (ncml:transition
     439            (@ (src CaP_mC) (dst CaP_mO))
     440            (ncml:rate
     441              (ncml:div
     442                (ncml:apply
     443                  (@ (id CaP_inf))
     444                  (ncml:id v)
     445                  (ncml:id cv)
     446                  (ncml:id ck))
     447                (ncml:apply (@ (id CaP_tau)) (ncml:id v) (ncml:id temp_adj)))))
     448          (ncml:transition
     449            (@ (src CaP_mO) (dst CaP_mC))
     450            (ncml:rate
     451              (ncml:div
     452                (ncml:sum
     453                  1.0
     454                  (ncml:neg
     455                    (ncml:apply
     456                      (@ (id CaP_inf))
     457                      (ncml:id v)
     458                      (ncml:id cv)
     459                      (ncml:id ck))))
     460                (ncml:apply
     461                  (@ (id CaP_tau))
     462                  (ncml:id v)
     463                  (ncml:id temp_adj))))))
     464        (ncml:power 1.0))
     465      (ncml:output (@ (id CaP_m))))
     466    (ncml:component
     467      (@ (name comp10) (type pore))
     468      (ncml:const (@ (id gmax_CaP)) (ncml:expr 0.01667))
     469      (ncml:asgn
     470        (@ (id gbar_CaP))
     471        (ncml:expr
     472          (ncml:mul
     473            (ncml:id gmax_CaP)
     474            (ncml:apply
     475              (@ (id ghk))
     476              (ncml:id v)
     477              (ncml:id celsius)
     478              (ncml:id cai)
     479              (ncml:id cao)))))
     480      (ncml:output (@ (id gbar_CaP))))
     481    (ncml:component (@ (name ca) (type accumulating-substance))))
     482  (ncml:component
     483    (@ (name comp14) (type ion-channel))
     484    (ncml:component
     485      (@ (name comp12) (type gate))
     486      (ncml:const (@ (id zhalf)) (ncml:expr 0.001))
     487      (ncml:defun
     488        (@ (id CaBK_zinf))
     489        (ncml:arg ca)
     490        (ncml:arg zhalf)
     491        (ncml:body
     492          (ncml:div
     493            1.0
     494            (ncml:sum 1.0 (ncml:div (ncml:id zhalf) (ncml:id ca))))))
     495      (ncml:const (@ (id CaBK_ztau)) (ncml:expr 0.802741561760231))
     496      (ncml:const (@ (id cvm)) (ncml:expr 28.9))
     497      (ncml:const (@ (id ckm)) (ncml:expr 6.2))
     498      (ncml:defun
     499        (@ (id CaBK_minf))
     500        (ncml:arg v)
     501        (ncml:arg cvm)
     502        (ncml:arg ckm)
     503        (ncml:arg temp_adj)
     504        (ncml:body
     505          (ncml:div
     506            (ncml:div
     507              1.0
     508              (ncml:sum
     509                1.0
     510                (ncml:exp
     511                  (ncml:neg
     512                    (ncml:div
     513                      (ncml:sum (ncml:sum (ncml:id v) 5.0) (ncml:id cvm))
     514                      (ncml:id ckm))))))
     515            (ncml:id temp_adj))))
     516      (ncml:const (@ (id ctm)) (ncml:expr 0.000505))
     517      (ncml:const (@ (id cvtm1)) (ncml:expr 86.4))
     518      (ncml:const (@ (id cktm1)) (ncml:expr -10.1))
     519      (ncml:const (@ (id cvtm2)) (ncml:expr -33.3))
     520      (ncml:const (@ (id cktm2)) (ncml:expr 10.0))
     521      (ncml:defun
     522        (@ (id CaBK_mtau))
     523        (ncml:arg v)
     524        (ncml:arg ctm)
     525        (ncml:arg cvtm1)
     526        (ncml:arg cktm1)
     527        (ncml:arg cvtm2)
     528        (ncml:arg cktm2)
     529        (ncml:arg temp_adj)
     530        (ncml:body
     531          (ncml:div
     532            (ncml:sum
     533              (ncml:id ctm)
     534              (ncml:div
     535                1.0
     536                (ncml:sum
     537                  (ncml:exp
     538                    (ncml:neg
     539                      (ncml:div
     540                        (ncml:sum (ncml:sum (ncml:id v) 5.0) (ncml:id cvtm1))
     541                        (ncml:id cktm1))))
     542                  (ncml:exp
     543                    (ncml:neg
     544                      (ncml:div
     545                        (ncml:sum (ncml:sum (ncml:id v) 5.0) (ncml:id cvtm2))
     546                        (ncml:id cktm2)))))))
     547            (ncml:id temp_adj))))
     548      (ncml:const (@ (id ch)) (ncml:expr 0.085))
     549      (ncml:const (@ (id cvh)) (ncml:expr 32.0))
     550      (ncml:const (@ (id ckh)) (ncml:expr -5.8))
     551      (ncml:defun
     552        (@ (id CaBK_hinf))
     553        (ncml:arg v)
     554        (ncml:arg ch)
     555        (ncml:arg cvh)
     556        (ncml:arg ckh)
     557        (ncml:arg temp_adj)
     558        (ncml:body
     559          (ncml:div
     560            (ncml:sum
     561              (ncml:id ch)
     562              (ncml:div
     563                (ncml:sum 1.0 (ncml:neg (ncml:id ch)))
     564                (ncml:sum
     565                  1.0
     566                  (ncml:exp
     567                    (ncml:neg
     568                      (ncml:div
     569                        (ncml:sum (ncml:sum (ncml:id v) 5.0) (ncml:id cvh))
     570                        (ncml:id ckh)))))))
     571            (ncml:id temp_adj))))
     572      (ncml:const (@ (id cth)) (ncml:expr 0.0019))
     573      (ncml:const (@ (id cvth1)) (ncml:expr 48.5))
     574      (ncml:const (@ (id ckth1)) (ncml:expr -5.2))
     575      (ncml:const (@ (id cvth2)) (ncml:expr -54.2))
     576      (ncml:const (@ (id ckth2)) (ncml:expr 12.9))
     577      (ncml:defun
     578        (@ (id CaBK_htau))
     579        (ncml:arg v)
     580        (ncml:arg cth)
     581        (ncml:arg ckth1)
     582        (ncml:arg ckth2)
     583        (ncml:arg cvth1)
     584        (ncml:arg cvth2)
     585        (ncml:arg temp_adj)
     586        (ncml:body
     587          (ncml:div
     588            (ncml:sum
     589              (ncml:id cth)
     590              (ncml:div
     591                1.0
     592                (ncml:sum
     593                  (ncml:exp
     594                    (ncml:div
     595                      (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvth1))
     596                      (ncml:id ckth1)))
     597                  (ncml:exp
     598                    (ncml:div
     599                      (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvth2))
     600                      (ncml:id ckth2))))))
     601            (ncml:id temp_adj))))
     602      (ncml:state_complex
     603        (@ (id CaBK_z))
     604        (ncml:open zO)
     605        (ncml:initial 0.0909090909090909)
     606        (ncml:transitions
     607          (ncml:transition
     608            (@ (src zC) (dst zO))
     609            (ncml:rate
     610              (ncml:div
     611                (ncml:apply (@ (id CaBK_zinf)) (ncml:id cai) (ncml:id zhalf))
     612                (ncml:id CaBK_ztau))))
     613          (ncml:transition
     614            (@ (src zO) (dst zC))
     615            (ncml:rate
     616              (ncml:div
     617                (ncml:sum
     618                  1.0
     619                  (ncml:neg
     620                    (ncml:apply
     621                      (@ (id CaBK_zinf))
     622                      (ncml:id cai)
     623                      (ncml:id zhalf))))
     624                (ncml:id CaBK_ztau)))))
     625        (ncml:power 2.0))
     626      (ncml:state_complex
     627        (@ (id CaBK_m))
     628        (ncml:open CaBK_mO)
     629        (ncml:initial 0.00326726870663768)
     630        (ncml:transitions
     631          (ncml:transition
     632            (@ (src CaBK_mC) (dst CaBK_mO))
     633            (ncml:rate
     634              (ncml:div
     635                (ncml:apply
     636                  (@ (id CaBK_minf))
     637                  (ncml:id v)
     638                  (ncml:id cvm)
     639                  (ncml:id ckm)
     640                  (ncml:id temp_adj))
     641                (ncml:apply
     642                  (@ (id CaBK_mtau))
     643                  (ncml:id v)
     644                  (ncml:id ctm)
     645                  (ncml:id cvtm1)
     646                  (ncml:id cktm1)
     647                  (ncml:id cvtm2)
     648                  (ncml:id cktm2)
     649                  (ncml:id temp_adj)))))
     650          (ncml:transition
     651            (@ (src CaBK_mO) (dst CaBK_mC))
     652            (ncml:rate
     653              (ncml:div
     654                (ncml:sum
     655                  1.0
     656                  (ncml:neg
     657                    (ncml:apply
     658                      (@ (id CaBK_minf))
     659                      (ncml:id v)
     660                      (ncml:id cvm)
     661                      (ncml:id ckm)
     662                      (ncml:id temp_adj))))
     663                (ncml:apply
     664                  (@ (id CaBK_mtau))
     665                  (ncml:id v)
     666                  (ncml:id ctm)
     667                  (ncml:id cvtm1)
     668                  (ncml:id cktm1)
     669                  (ncml:id cvtm2)
     670                  (ncml:id cktm2)
     671                  (ncml:id temp_adj))))))
     672        (ncml:power 3.0))
     673      (ncml:state_complex
     674        (@ (id CaBK_h))
     675        (ncml:open CaBK_hO)
     676        (ncml:initial 0.799252570696669)
     677        (ncml:transitions
     678          (ncml:transition
     679            (@ (src CaBK_hC) (dst CaBK_hO))
     680            (ncml:rate
     681              (ncml:div
     682                (ncml:apply
     683                  (@ (id CaBK_hinf))
     684                  (ncml:id v)
     685                  (ncml:id ch)
     686                  (ncml:id cvh)
     687                  (ncml:id ckh)
     688                  (ncml:id temp_adj))
     689                (ncml:apply
     690                  (@ (id CaBK_htau))
     691                  (ncml:id v)
     692                  (ncml:id cth)
     693                  (ncml:id cvth1)
     694                  (ncml:id ckth1)
     695                  (ncml:id cvth2)
     696                  (ncml:id cvth2)
     697                  (ncml:id temp_adj)))))
     698          (ncml:transition
     699            (@ (src CaBK_hO) (dst CaBK_hC))
     700            (ncml:rate
     701              (ncml:div
     702                (ncml:sum
     703                  1.0
     704                  (ncml:neg
     705                    (ncml:apply
     706                      (@ (id CaBK_hinf))
     707                      (ncml:id v)
     708                      (ncml:id ch)
     709                      (ncml:id cvh)
     710                      (ncml:id ckh)
     711                      (ncml:id temp_adj))))
     712                (ncml:apply
     713                  (@ (id CaBK_htau))
     714                  (ncml:id v)
     715                  (ncml:id cth)
     716                  (ncml:id cvth1)
     717                  (ncml:id ckth1)
     718                  (ncml:id cvth2)
     719                  (ncml:id cvth2)
     720                  (ncml:id temp_adj))))))
     721        (ncml:power 1.0))
     722      (ncml:output (@ (id CaBK_z)))
     723      (ncml:output (@ (id CaBK_m)))
     724      (ncml:output (@ (id CaBK_h))))
     725    (ncml:component
     726      (@ (name comp13) (type pore))
     727      (ncml:const (@ (id gbar_CaBK)) (ncml:expr 0.014))
     728      (ncml:output (@ (id gbar_CaBK))))
     729    (ncml:component
     730      (@ (name k) (type permeating-substance))
     731      (ncml:const (@ (id e_CaBK)) (ncml:expr -85.0))
     732      (ncml:output (@ (id e_CaBK))))))

  • release/3/nemo/trunk/examples/AKP06/PotIhCa.xml

    r11899 r11977  
    22
    33<ncml:model xmlns="ncml" name="PotIhCa" xmlns:ncml="ncml">
    4   <ncml:input id="v"></ncml:input>
    5   <ncml:input id="cai"></ncml:input>
    6   <ncml:input id="cao"></ncml:input>
     4  <ncml:input id="v">
     5    <as>v</as></ncml:input>
     6  <ncml:input id="cai">
     7    <as>cai</as></ncml:input>
     8  <ncml:input id="cao">
     9    <as>cao</as></ncml:input>
    710  <ncml:const id="Vrest">
    8     <ncml:expr>-68</ncml:expr></ncml:const>
     11    <ncml:expr>-68.0</ncml:expr></ncml:const>
    912  <ncml:const id="diam">
    10     <ncml:expr>20</ncml:expr></ncml:const>
     13    <ncml:expr>20.0</ncml:expr></ncml:const>
    1114  <ncml:const id="celsius">
    12     <ncml:expr>24</ncml:expr></ncml:const>
    13   <ncml:const id="F">
    14     <ncml:expr>96485.0</ncml:expr></ncml:const>
    15   <ncml:const id="R">
    16     <ncml:expr>8.3145</ncml:expr></ncml:const>
     15    <ncml:expr>24.0</ncml:expr></ncml:const>
    1716  <ncml:const id="temp_adj">
    18     <ncml:expr>
    19       <ncml:pow>3
    20         <ncml:div>
    21           <ncml:sub>
    22             <ncml:id>celsius</ncml:id>22</ncml:sub>10</ncml:div></ncml:pow></ncml:expr></ncml:const>
    23   <ncml:component type="ion-channel">
    24     <ncml:component type="pore">
    25       <ncml:const id="gbar_Kv1">
    26         <ncml:expr>0.011</ncml:expr></ncml:const>
    27       <ncml:output id="gbar_Kv1"></ncml:output></ncml:component>
    28     <ncml:component type="permeating-substance" name="k">
    29       <ncml:const id="e_Kv1">
    30         <ncml:expr>-85</ncml:expr></ncml:const>
    31       <ncml:output id="e_Kv1"></ncml:output></ncml:component>
    32     <ncml:component type="gate">
     17    <ncml:expr>1.24573093961552</ncml:expr></ncml:const>
     18  <ncml:defun id="ghk">
     19    <ncml:arg>v</ncml:arg>
     20    <ncml:arg>celsius</ncml:arg>
     21    <ncml:arg>ci</ncml:arg>
     22    <ncml:arg>co</ncml:arg>
     23    <ncml:body>
     24      <ncml:let>
     25        <ncml:bnds>
     26          <ncml:bnd id="F">
     27            <ncml:expr>96485.0</ncml:expr></ncml:bnd>
     28          <ncml:bnd id="R">
     29            <ncml:expr>8.3145</ncml:expr></ncml:bnd></ncml:bnds>
     30        <ncml:expr>
     31          <ncml:let>
     32            <ncml:bnds>
     33              <ncml:bnd id="zeta">
     34                <ncml:expr>
     35                  <ncml:div>
     36                    <ncml:mul>
     37                      <ncml:mul>0.002
     38                        <ncml:id>F</ncml:id></ncml:mul>
     39                      <ncml:id>v</ncml:id></ncml:mul>
     40                    <ncml:mul>
     41                      <ncml:id>R</ncml:id>
     42                      <ncml:sum>273.19
     43                        <ncml:id>celsius</ncml:id></ncml:sum></ncml:mul></ncml:div></ncml:expr></ncml:bnd></ncml:bnds>
     44            <ncml:expr>
     45              <ncml:apply id="if">
     46                <ncml:lt>
     47                  <ncml:abs>
     48                    <ncml:sum>1.0
     49                      <ncml:neg>
     50                        <ncml:exp>
     51                          <ncml:neg>
     52                            <ncml:id>zeta</ncml:id></ncml:neg></ncml:exp></ncml:neg></ncml:sum></ncml:abs>1e-06</ncml:lt>
     53                <ncml:mul>
     54                  <ncml:mul>1e-06
     55                    <ncml:mul>2.0
     56                      <ncml:id>F</ncml:id></ncml:mul></ncml:mul>
     57                  <ncml:mul>
     58                    <ncml:sum>
     59                      <ncml:id>ci</ncml:id>
     60                      <ncml:neg>
     61                        <ncml:mul>
     62                          <ncml:id>co</ncml:id>
     63                          <ncml:exp>
     64                            <ncml:neg>
     65                              <ncml:id>zeta</ncml:id></ncml:neg></ncml:exp></ncml:mul></ncml:neg></ncml:sum>
     66                    <ncml:sum>1.0
     67                      <ncml:div>
     68                        <ncml:id>zeta</ncml:id>2.0</ncml:div></ncml:sum></ncml:mul></ncml:mul>
     69                <ncml:div>
     70                  <ncml:mul>
     71                    <ncml:mul>1e-06
     72                      <ncml:mul>
     73                        <ncml:mul>2.0
     74                          <ncml:id>zeta</ncml:id></ncml:mul>
     75                        <ncml:id>F</ncml:id></ncml:mul></ncml:mul>
     76                    <ncml:sum>
     77                      <ncml:id>ci</ncml:id>
     78                      <ncml:neg>
     79                        <ncml:mul>
     80                          <ncml:id>co</ncml:id>
     81                          <ncml:exp>
     82                            <ncml:neg>
     83                              <ncml:id>zeta</ncml:id></ncml:neg></ncml:exp></ncml:mul></ncml:neg></ncml:sum></ncml:mul>
     84                  <ncml:sum>1.0
     85                    <ncml:neg>
     86                      <ncml:exp>
     87                        <ncml:neg>
     88                          <ncml:id>zeta</ncml:id></ncml:neg></ncml:exp></ncml:neg></ncml:sum></ncml:div></ncml:apply></ncml:expr></ncml:let></ncml:expr></ncml:let></ncml:body></ncml:defun>
     89  <ncml:component name="comp2" type="ion-channel">
     90    <ncml:component name="comp0" type="gate">
     91      <ncml:state_complex id="Kv1_m">
     92        <ncml:open>Kv1_mO</ncml:open>
     93        <ncml:initial>0.0737822020422147</ncml:initial>
     94        <ncml:transitions>
     95          <ncml:transition src="Kv1_mC" dst="Kv1_mO">
     96            <ncml:rate>
     97              <ncml:apply id="Kv1_amf">
     98                <ncml:id>v</ncml:id>
     99                <ncml:id>cma</ncml:id>
     100                <ncml:id>cva</ncml:id>
     101                <ncml:id>cka</ncml:id>
     102                <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:rate></ncml:transition>
     103          <ncml:transition src="Kv1_mO" dst="Kv1_mC">
     104            <ncml:rate>
     105              <ncml:apply id="Kv1_bmf">
     106                <ncml:id>v</ncml:id>
     107                <ncml:id>cmb</ncml:id>
     108                <ncml:id>cvb</ncml:id>
     109                <ncml:id>ckb</ncml:id>
     110                <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:rate></ncml:transition></ncml:transitions>
     111        <ncml:power>4.0</ncml:power></ncml:state_complex>
    33112      <ncml:const id="cma">
    34113        <ncml:expr>0.12889</ncml:expr></ncml:const>
    … …  
    36115        <ncml:expr>-33.90877</ncml:expr></ncml:const>
    37116      <ncml:const id="cva">
    38         <ncml:expr>45</ncml:expr></ncml:const>
     117        <ncml:expr>45.0</ncml:expr></ncml:const>
    39118      <ncml:defun id="Kv1_amf">
    40119        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     120        <ncml:arg>cma</ncml:arg>
     121        <ncml:arg>cva</ncml:arg>
     122        <ncml:arg>cka</ncml:arg>
     123        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
    41124        <ncml:body>
    42125          <ncml:mul>
    43             <ncml:id>temp_adj</ncml:id>
    44             <ncml:id>cma</ncml:id>
     126            <ncml:mul>
     127              <ncml:id>temp_adj</ncml:id>
     128              <ncml:id>cma</ncml:id></ncml:mul>
    45129            <ncml:exp>
    46130              <ncml:neg>
    … …  
    55139        <ncml:expr>12.42101</ncml:expr></ncml:const>
    56140      <ncml:const id="cvb">
    57         <ncml:expr>45</ncml:expr></ncml:const>
     141        <ncml:expr>45.0</ncml:expr></ncml:const>
    58142      <ncml:defun id="Kv1_bmf">
    59143        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     144        <ncml:arg>cmb</ncml:arg>
     145        <ncml:arg>cvb</ncml:arg>
     146        <ncml:arg>ckb</ncml:arg>
     147        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
    60148        <ncml:body>
    61149          <ncml:mul>
    62             <ncml:id>temp_adj</ncml:id>
    63             <ncml:id>cmb</ncml:id>
     150            <ncml:mul>
     151              <ncml:id>temp_adj</ncml:id>
     152              <ncml:id>cmb</ncml:id></ncml:mul>
    64153            <ncml:exp>
    65154              <ncml:neg>
    … …  
    69158                    <ncml:id>cvb</ncml:id></ncml:sum>
    70159                  <ncml:id>ckb</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp></ncml:mul></ncml:body></ncml:defun>
    71       <ncml:hh_ionic_conductance id="Kv1">
    72         <ncml:initial_m>
     160      <ncml:output id="Kv1_m"></ncml:output></ncml:component>
     161    <ncml:component name="comp1" type="pore">
     162      <ncml:const id="gbar_Kv1">
     163        <ncml:expr>0.011</ncml:expr></ncml:const>
     164      <ncml:output id="gbar_Kv1"></ncml:output></ncml:component>
     165    <ncml:component name="k" type="permeating-substance">
     166      <ncml:const id="e_CaBK">
     167        <ncml:expr>-85.0</ncml:expr></ncml:const>
     168      <ncml:output id="e_CaBK"></ncml:output></ncml:component></ncml:component>
     169  <ncml:component name="comp5" type="ion-channel">
     170    <ncml:component name="comp3" type="gate">
     171      <ncml:state_complex id="Kv4_h">
     172        <ncml:open>Kv4_hO</ncml:open>
     173        <ncml:initial>0.567859615479398</ncml:initial>
     174        <ncml:transitions>
     175          <ncml:transition src="Kv4_hC" dst="Kv4_hO">
     176            <ncml:rate>
     177              <ncml:apply id="Kv4_ahf">
     178                <ncml:id>v</ncml:id>
     179                <ncml:id>cah</ncml:id>
     180                <ncml:id>cvh</ncml:id>
     181                <ncml:id>ckah</ncml:id>
     182                <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:rate></ncml:transition>
     183          <ncml:transition src="Kv4_hO" dst="Kv4_hC">
     184            <ncml:rate>
     185              <ncml:apply id="Kv4_bhf">
     186                <ncml:id>v</ncml:id>
     187                <ncml:id>cbh</ncml:id>
     188                <ncml:id>cvbh</ncml:id>
     189                <ncml:id>ckbh</ncml:id>
     190                <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:rate></ncml:transition></ncml:transitions>
     191        <ncml:power>1.0</ncml:power></ncml:state_complex>
     192      <ncml:state_complex id="Kv4_m">
     193        <ncml:open>Kv4_mO</ncml:open>
     194        <ncml:initial>
    73195          <ncml:div>
    74             <ncml:apply>
    75               <ncml:id>Kv1_amf</ncml:id>
    76               <ncml:id>Vrest</ncml:id></ncml:apply>
     196            <ncml:apply id="Kv4_amf">
     197              <ncml:id>Vrest</ncml:id>
     198              <ncml:id>can</ncml:id>
     199              <ncml:id>cvan</ncml:id>
     200              <ncml:id>ckan</ncml:id>
     201              <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply>
    77202            <ncml:sum>
    78               <ncml:apply>
    79                 <ncml:id>Kv1_amf</ncml:id>
    80                 <ncml:id>Vrest</ncml:id></ncml:apply>
    81               <ncml:apply>
    82                 <ncml:id>Kv1_bmf</ncml:id>
    83                 <ncml:id>Vrest</ncml:id></ncml:apply></ncml:sum></ncml:div></ncml:initial_m>
    84         <ncml:m_power>4</ncml:m_power>
    85         <ncml:h_power>0</ncml:h_power>
    86         <ncml:m_alpha>
    87           <ncml:apply>
    88             <ncml:id>Kv1_amf</ncml:id>
    89             <ncml:id>v</ncml:id></ncml:apply></ncml:m_alpha>
    90         <ncml:m_beta>
    91           <ncml:apply>
    92             <ncml:id>Kv1_bmf</ncml:id>
    93             <ncml:id>v</ncml:id></ncml:apply></ncml:m_beta></ncml:hh_ionic_conductance></ncml:component>
    94 </ncml:component></ncml:model>
     203              <ncml:apply id="Kv4_amf">
     204                <ncml:id>Vrest</ncml:id>
     205                <ncml:id>v</ncml:id>
     206                <ncml:id>can</ncml:id>
     207                <ncml:id>cvan</ncml:id>
     208                <ncml:id>ckan</ncml:id>
     209                <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply>
     210              <ncml:apply id="Kv4_bmf">
     211                <ncml:id>Vrest</ncml:id>
     212                <ncml:id>cbn</ncml:id>
     213                <ncml:id>cvbn</ncml:id>
     214                <ncml:id>ckbn</ncml:id>
     215                <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:sum></ncml:div></ncml:initial>
     216        <ncml:transitions>
     217          <ncml:transition src="Kv4_mC" dst="Kv4_mO">
     218            <ncml:rate>
     219              <ncml:apply id="Kv4_amf">
     220                <ncml:id>v</ncml:id>
     221                <ncml:id>can</ncml:id>
     222                <ncml:id>cvan</ncml:id>
     223                <ncml:id>ckan</ncml:id>
     224                <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:rate></ncml:transition>
     225          <ncml:transition src="Kv4_mO" dst="Kv4_mC">
     226            <ncml:rate>
     227              <ncml:apply id="Kv4_bmf">
     228                <ncml:id>v</ncml:id>
     229                <ncml:id>cbn</ncml:id>
     230                <ncml:id>cvbn</ncml:id>
     231                <ncml:id>ckbn</ncml:id>
     232                <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:rate></ncml:transition></ncml:transitions>
     233        <ncml:power>4.0</ncml:power></ncml:state_complex>
     234      <ncml:const id="can">
     235        <ncml:expr>0.15743</ncml:expr></ncml:const>
     236      <ncml:const id="ckan">
     237        <ncml:expr>-32.19976</ncml:expr></ncml:const>
     238      <ncml:const id="cvan">
     239        <ncml:expr>57.0</ncml:expr></ncml:const>
     240      <ncml:defun id="Kv4_amf">
     241        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     242        <ncml:arg>can</ncml:arg>
     243        <ncml:arg>cvan</ncml:arg>
     244        <ncml:arg>ckan</ncml:arg>
     245        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
     246        <ncml:body>
     247          <ncml:mul>
     248            <ncml:mul>
     249              <ncml:id>temp_adj</ncml:id>
     250              <ncml:id>can</ncml:id></ncml:mul>
     251            <ncml:exp>
     252              <ncml:neg>
     253                <ncml:div>
     254                  <ncml:sum>
     255                    <ncml:id>v</ncml:id>
     256                    <ncml:id>cvan</ncml:id></ncml:sum>
     257                  <ncml:id>ckan</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp></ncml:mul></ncml:body></ncml:defun>
     258      <ncml:const id="cbn">
     259        <ncml:expr>0.15743</ncml:expr></ncml:const>
     260      <ncml:const id="ckbn">
     261        <ncml:expr>37.51346</ncml:expr></ncml:const>
     262      <ncml:const id="cvbn">
     263        <ncml:expr>57.0</ncml:expr></ncml:const>
     264      <ncml:defun id="Kv4_bmf">
     265        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     266        <ncml:arg>cbn</ncml:arg>
     267        <ncml:arg>cvbn</ncml:arg>
     268        <ncml:arg>ckbn</ncml:arg>
     269        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
     270        <ncml:body>
     271          <ncml:mul>
     272            <ncml:mul>
     273              <ncml:id>temp_adj</ncml:id>
     274              <ncml:id>cbn</ncml:id></ncml:mul>
     275            <ncml:exp>
     276              <ncml:neg>
     277                <ncml:div>
     278                  <ncml:sum>
     279                    <ncml:id>v</ncml:id>
     280                    <ncml:id>cvbn</ncml:id></ncml:sum>
     281                  <ncml:id>ckbn</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp></ncml:mul></ncml:body></ncml:defun>
     282      <ncml:const id="cah">
     283        <ncml:expr>0.01342</ncml:expr></ncml:const>
     284      <ncml:const id="ckah">
     285        <ncml:expr>-7.86476</ncml:expr></ncml:const>
     286      <ncml:const id="cvah">
     287        <ncml:expr>60.0</ncml:expr></ncml:const>
     288      <ncml:defun id="Kv4_ahf">
     289        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     290        <ncml:arg>cah</ncml:arg>
     291        <ncml:arg>cvah</ncml:arg>
     292        <ncml:arg>ckah</ncml:arg>
     293        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
     294        <ncml:body>
     295          <ncml:mul>
     296            <ncml:id>temp_adj</ncml:id>
     297            <ncml:div>
     298              <ncml:id>cah</ncml:id>
     299              <ncml:sum>1.0
     300                <ncml:exp>
     301                  <ncml:neg>
     302                    <ncml:div>
     303                      <ncml:sum>
     304                        <ncml:id>v</ncml:id>
     305                        <ncml:id>cvah</ncml:id></ncml:sum>
     306                      <ncml:id>ckah</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp></ncml:sum></ncml:div></ncml:mul></ncml:body></ncml:defun>
     307      <ncml:const id="cbh">
     308        <ncml:expr>0.04477</ncml:expr></ncml:const>
     309      <ncml:const id="ckbh">
     310        <ncml:expr>11.3615</ncml:expr></ncml:const>
     311      <ncml:const id="cvbh">
     312        <ncml:expr>54.0</ncml:expr></ncml:const>
     313      <ncml:defun id="Kv4_bhf">
     314        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     315        <ncml:arg>cbh</ncml:arg>
     316        <ncml:arg>cvbh</ncml:arg>
     317        <ncml:arg>ckbh</ncml:arg>
     318        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
     319        <ncml:body>
     320          <ncml:mul>
     321            <ncml:id>temp_adj</ncml:id>
     322            <ncml:div>
     323              <ncml:id>cbh</ncml:id>
     324              <ncml:sum>1.0
     325                <ncml:exp>
     326                  <ncml:neg>
     327                    <ncml:div>
     328                      <ncml:sum>
     329                        <ncml:id>v</ncml:id>
     330                        <ncml:id>cvbh</ncml:id></ncml:sum>
     331                      <ncml:id>ckbh</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp></ncml:sum></ncml:div></ncml:mul></ncml:body></ncml:defun>
     332      <ncml:output id="Kv4_h"></ncml:output>
     333      <ncml:output id="Kv4_m"></ncml:output></ncml:component>
     334    <ncml:component name="comp4" type="pore">
     335      <ncml:const id="gbar_Kv4">
     336        <ncml:expr>0.0039</ncml:expr></ncml:const>
     337      <ncml:output id="gbar_Kv4"></ncml:output></ncml:component>
     338    <ncml:component name="k" type="permeating-substance">
     339      <ncml:const id="e_CaBK">
     340        <ncml:expr>-85.0</ncml:expr></ncml:const>
     341      <ncml:output id="e_CaBK"></ncml:output></ncml:component></ncml:component>
     342  <ncml:component name="comp8" type="ion-channel">
     343    <ncml:component name="comp6" type="gate">
     344      <ncml:state_complex id="Ih_m">
     345        <ncml:open>Ih_mO</ncml:open>
     346        <ncml:initial>0.0968851713304939</ncml:initial>
     347        <ncml:transitions>
     348          <ncml:transition src="Ih_mC" dst="Ih_mO">
     349            <ncml:rate>
     350              <ncml:div>
     351                <ncml:apply id="Ih_inf">
     352                  <ncml:id>v</ncml:id>
     353                  <ncml:id>cvn</ncml:id>
     354                  <ncml:id>ckn</ncml:id></ncml:apply>
     355                <ncml:apply id="Ih_tau">
     356                  <ncml:id>v</ncml:id>
     357                  <ncml:id>cct</ncml:id>
     358                  <ncml:id>cat</ncml:id>
     359                  <ncml:id>cvt</ncml:id>
     360                  <ncml:id>ckt</ncml:id>
     361                  <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:div></ncml:rate></ncml:transition>
     362          <ncml:transition src="Ih_mO" dst="Ih_mC">
     363            <ncml:rate>
     364              <ncml:div>
     365                <ncml:sum>1.0
     366                  <ncml:neg>
     367                    <ncml:apply id="Ih_inf">
     368                      <ncml:id>v</ncml:id>
     369                      <ncml:id>cvn</ncml:id>
     370                      <ncml:id>ckn</ncml:id></ncml:apply></ncml:neg></ncml:sum>
     371                <ncml:apply id="Ih_tau">
     372                  <ncml:id>v</ncml:id>
     373                  <ncml:id>cct</ncml:id>
     374                  <ncml:id>cat</ncml:id>
     375                  <ncml:id>cvt</ncml:id>
     376                  <ncml:id>ckt</ncml:id>
     377                  <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:div></ncml:rate></ncml:transition></ncml:transitions>
     378        <ncml:power>1.0</ncml:power></ncml:state_complex>
     379      <ncml:const id="cvn">
     380        <ncml:expr>90.1</ncml:expr></ncml:const>
     381      <ncml:const id="ckn">
     382        <ncml:expr>-9.9</ncml:expr></ncml:const>
     383      <ncml:defun id="Ih_inf">
     384        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     385        <ncml:arg>cvn</ncml:arg>
     386        <ncml:arg>ckn</ncml:arg>
     387        <ncml:body>
     388          <ncml:div>1.0
     389            <ncml:sum>1.0
     390              <ncml:exp>
     391                <ncml:neg>
     392                  <ncml:div>
     393                    <ncml:sum>
     394                      <ncml:id>v</ncml:id>
     395                      <ncml:id>cvn</ncml:id></ncml:sum>
     396                    <ncml:id>ckn</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp></ncml:sum></ncml:div></ncml:body></ncml:defun>
     397      <ncml:const id="cct">
     398        <ncml:expr>190.0</ncml:expr></ncml:const>
     399      <ncml:const id="cat">
     400        <ncml:expr>720.0</ncml:expr></ncml:const>
     401      <ncml:const id="cvt">
     402        <ncml:expr>81.5</ncml:expr></ncml:const>
     403      <ncml:const id="ckt">
     404        <ncml:expr>11.9</ncml:expr></ncml:const>
     405      <ncml:defun id="Ih_tau">
     406        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     407        <ncml:arg>cct</ncml:arg>
     408        <ncml:arg>cat</ncml:arg>
     409        <ncml:arg>cvt</ncml:arg>
     410        <ncml:arg>ckt</ncml:arg>
     411        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
     412        <ncml:body>
     413          <ncml:div>
     414            <ncml:sum>
     415              <ncml:id>cct</ncml:id>
     416              <ncml:mul>
     417                <ncml:id>cat</ncml:id>
     418                <ncml:exp>
     419                  <ncml:neg>
     420                    <ncml:pow>
     421                      <ncml:div>
     422                        <ncml:sum>
     423                          <ncml:id>v</ncml:id>
     424                          <ncml:id>cvt</ncml:id></ncml:sum>
     425                        <ncml:id>ckt</ncml:id></ncml:div>2.0</ncml:pow></ncml:neg></ncml:exp></ncml:mul></ncml:sum>
     426            <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:div></ncml:body></ncml:defun>
     427      <ncml:output id="Ih_m"></ncml:output></ncml:component>
     428    <ncml:component name="comp7" type="pore">
     429      <ncml:const id="gbar_Ih">
     430        <ncml:expr>0.2</ncml:expr></ncml:const>
     431      <ncml:output id="gbar_Ih"></ncml:output></ncml:component>
     432    <ncml:component name="non-specific" type="permeating-substance">
     433      <ncml:const id="e_Ih">
     434        <ncml:expr>-30.0</ncml:expr></ncml:const>
     435      <ncml:output id="e_Ih"></ncml:output></ncml:component></ncml:component>
     436  <ncml:component name="comp11" type="ion-channel">
     437    <ncml:component name="comp9" type="gate">
     438      <ncml:state_complex id="CaP_m">
     439        <ncml:open>CaP_mO</ncml:open>
     440        <ncml:initial>0.000135136381706817</ncml:initial>
     441        <ncml:transitions>
     442          <ncml:transition src="CaP_mC" dst="CaP_mO">
     443            <ncml:rate>
     444              <ncml:div>
     445                <ncml:apply id="CaP_inf">
     446                  <ncml:id>v</ncml:id>
     447                  <ncml:id>cv</ncml:id>
     448                  <ncml:id>ck</ncml:id></ncml:apply>
     449                <ncml:apply id="CaP_tau">
     450                  <ncml:id>v</ncml:id>
     451                  <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:div></ncml:rate></ncml:transition>
     452          <ncml:transition src="CaP_mO" dst="CaP_mC">
     453            <ncml:rate>
     454              <ncml:div>
     455                <ncml:sum>1.0
     456                  <ncml:neg>
     457                    <ncml:apply id="CaP_inf">
     458                      <ncml:id>v</ncml:id>
     459                      <ncml:id>cv</ncml:id>
     460                      <ncml:id>ck</ncml:id></ncml:apply></ncml:neg></ncml:sum>
     461                <ncml:apply id="CaP_tau">
     462                  <ncml:id>v</ncml:id>
     463                  <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:div></ncml:rate></ncml:transition></ncml:transitions>
     464        <ncml:power>1.0</ncml:power></ncml:state_complex>
     465      <ncml:const id="cv">
     466        <ncml:expr>19.0</ncml:expr></ncml:const>
     467      <ncml:const id="ck">
     468        <ncml:expr>5.5</ncml:expr></ncml:const>
     469      <ncml:defun id="CaP_inf">
     470        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     471        <ncml:arg>cv</ncml:arg>
     472        <ncml:arg>ck</ncml:arg>
     473        <ncml:body>
     474          <ncml:div>1.0
     475            <ncml:sum>1.0
     476              <ncml:exp>
     477                <ncml:neg>
     478                  <ncml:div>
     479                    <ncml:sum>
     480                      <ncml:id>v</ncml:id>
     481                      <ncml:id>cv</ncml:id></ncml:sum>
     482                    <ncml:id>ck</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp></ncml:sum></ncml:div></ncml:body></ncml:defun>
     483      <ncml:defun id="CaP_tau">
     484        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     485        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
     486        <ncml:body>
     487          <ncml:div>
     488            <ncml:apply id="if">
     489              <ncml:gt>
     490                <ncml:id>v</ncml:id>-50.0</ncml:gt>
     491              <ncml:mul>1000.0
     492                <ncml:sum>0.000191
     493                  <ncml:mul>0.00376
     494                    <ncml:pow>
     495                      <ncml:exp>
     496                        <ncml:neg>
     497                          <ncml:div>
     498                            <ncml:sum>
     499                              <ncml:id>v</ncml:id>41.9</ncml:sum>27.8</ncml:div></ncml:neg></ncml:exp>2.0</ncml:pow></ncml:mul></ncml:sum></ncml:mul>
     500              <ncml:mul>1000.0
     501                <ncml:sum>0.00026367
     502                  <ncml:mul>0.1278
     503                    <ncml:exp>
     504                      <ncml:mul>0.10327
     505                        <ncml:id>v</ncml:id></ncml:mul></ncml:exp></ncml:mul></ncml:sum></ncml:mul></ncml:apply>
     506            <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:div></ncml:body></ncml:defun>
     507      <ncml:output id="CaP_m"></ncml:output></ncml:component>
     508    <ncml:component name="comp10" type="pore">
     509      <ncml:const id="gmax_CaP">
     510        <ncml:expr>0.01667</ncml:expr></ncml:const>
     511      <ncml:asgn id="gbar_CaP">
     512        <expr>
     513          <ncml:mul>
     514            <ncml:id>gmax_CaP</ncml:id>
     515            <ncml:apply id="ghk">
     516              <ncml:id>v</ncml:id>
     517              <ncml:id>celsius</ncml:id>
     518              <ncml:id>cai</ncml:id>
     519              <ncml:id>cao</ncml:id></ncml:apply></ncml:mul></expr></ncml:asgn>
     520      <ncml:output id="gbar_CaP"></ncml:output></ncml:component>
     521    <ncml:component name="ca" type="accumulating-substance"></ncml:component></ncml:component>
     522  <ncml:component name="comp14" type="ion-channel">
     523    <ncml:component name="comp12" type="gate">
     524      <ncml:state_complex id="CaBK_h">
     525        <ncml:open>CaBK_hO</ncml:open>
     526        <ncml:initial>0.799252570696669</ncml:initial>
     527        <ncml:transitions>
     528          <ncml:transition src="CaBK_hC" dst="CaBK_hO">
     529            <ncml:rate>
     530              <ncml:div>
     531                <ncml:apply id="CaBK_hinf">
     532                  <ncml:id>v</ncml:id>
     533                  <ncml:id>ch</ncml:id>
     534                  <ncml:id>cvh</ncml:id>
     535                  <ncml:id>ckh</ncml:id>
     536                  <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply>
     537                <ncml:apply id="CaBK_htau">
     538                  <ncml:id>v</ncml:id>
     539                  <ncml:id>cth</ncml:id>
     540                  <ncml:id>cvth1</ncml:id>
     541                  <ncml:id>ckth1</ncml:id>
     542                  <ncml:id>cvth2</ncml:id>
     543                  <ncml:id>cvth2</ncml:id>
     544                  <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:div></ncml:rate></ncml:transition>
     545          <ncml:transition src="CaBK_hO" dst="CaBK_hC">
     546            <ncml:rate>
     547              <ncml:div>
     548                <ncml:sum>1.0
     549                  <ncml:neg>
     550                    <ncml:apply id="CaBK_hinf">
     551                      <ncml:id>v</ncml:id>
     552                      <ncml:id>ch</ncml:id>
     553                      <ncml:id>cvh</ncml:id>
     554                      <ncml:id>ckh</ncml:id>
     555                      <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:neg></ncml:sum>
     556                <ncml:apply id="CaBK_htau">
     557                  <ncml:id>v</ncml:id>
     558                  <ncml:id>cth</ncml:id>
     559                  <ncml:id>cvth1</ncml:id>
     560                  <ncml:id>ckth1</ncml:id>
     561                  <ncml:id>cvth2</ncml:id>
     562                  <ncml:id>cvth2</ncml:id>
     563                  <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:div></ncml:rate></ncml:transition></ncml:transitions>
     564        <ncml:power>1.0</ncml:power></ncml:state_complex>
     565      <ncml:state_complex id="CaBK_m">
     566        <ncml:open>CaBK_mO</ncml:open>
     567        <ncml:initial>0.00326726870663768</ncml:initial>
     568        <ncml:transitions>
     569          <ncml:transition src="CaBK_mC" dst="CaBK_mO">
     570            <ncml:rate>
     571              <ncml:div>
     572                <ncml:apply id="CaBK_minf">
     573                  <ncml:id>v</ncml:id>
     574                  <ncml:id>cvm</ncml:id>
     575                  <ncml:id>ckm</ncml:id>
     576                  <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply>
     577                <ncml:apply id="CaBK_mtau">
     578                  <ncml:id>v</ncml:id>
     579                  <ncml:id>ctm</ncml:id>
     580                  <ncml:id>cvtm1</ncml:id>
     581                  <ncml:id>cktm1</ncml:id>
     582                  <ncml:id>cvtm2</ncml:id>
     583                  <ncml:id>cktm2</ncml:id>
     584                  <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:div></ncml:rate></ncml:transition>
     585          <ncml:transition src="CaBK_mO" dst="CaBK_mC">
     586            <ncml:rate>
     587              <ncml:div>
     588                <ncml:sum>1.0
     589                  <ncml:neg>
     590                    <ncml:apply id="CaBK_minf">
     591                      <ncml:id>v</ncml:id>
     592                      <ncml:id>cvm</ncml:id>
     593                      <ncml:id>ckm</ncml:id>
     594                      <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:neg></ncml:sum>
     595                <ncml:apply id="CaBK_mtau">
     596                  <ncml:id>v</ncml:id>
     597                  <ncml:id>ctm</ncml:id>
     598                  <ncml:id>cvtm1</ncml:id>
     599                  <ncml:id>cktm1</ncml:id>
     600                  <ncml:id>cvtm2</ncml:id>
     601                  <ncml:id>cktm2</ncml:id>
     602                  <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:apply></ncml:div></ncml:rate></ncml:transition></ncml:transitions>
     603        <ncml:power>3.0</ncml:power></ncml:state_complex>
     604      <ncml:const id="zhalf">
     605        <ncml:expr>0.001</ncml:expr></ncml:const>
     606      <ncml:defun id="CaBK_zinf">
     607        <ncml:arg>ca</ncml:arg>
     608        <ncml:arg>zhalf</ncml:arg>
     609        <ncml:body>
     610          <ncml:div>1.0
     611            <ncml:sum>1.0
     612              <ncml:div>
     613                <ncml:id>zhalf</ncml:id>
     614                <ncml:id>ca</ncml:id></ncml:div></ncml:sum></ncml:div></ncml:body></ncml:defun>
     615      <ncml:const id="CaBK_ztau">
     616        <ncml:expr>0.802741561760231</ncml:expr></ncml:const>
     617      <ncml:const id="cvm">
     618        <ncml:expr>28.9</ncml:expr></ncml:const>
     619      <ncml:const id="ckm">
     620        <ncml:expr>6.2</ncml:expr></ncml:const>
     621      <ncml:defun id="CaBK_minf">
     622        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     623        <ncml:arg>cvm</ncml:arg>
     624        <ncml:arg>ckm</ncml:arg>
     625        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
     626        <ncml:body>
     627          <ncml:div>
     628            <ncml:div>1.0
     629              <ncml:sum>1.0
     630                <ncml:exp>
     631                  <ncml:neg>
     632                    <ncml:div>
     633                      <ncml:sum>
     634                        <ncml:sum>
     635                          <ncml:id>v</ncml:id>5.0</ncml:sum>
     636                        <ncml:id>cvm</ncml:id></ncml:sum>
     637                      <ncml:id>ckm</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp></ncml:sum></ncml:div>
     638            <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:div></ncml:body></ncml:defun>
     639      <ncml:const id="ctm">
     640        <ncml:expr>0.000505</ncml:expr></ncml:const>
     641      <ncml:const id="cvtm1">
     642        <ncml:expr>86.4</ncml:expr></ncml:const>
     643      <ncml:const id="cktm1">
     644        <ncml:expr>-10.1</ncml:expr></ncml:const>
     645      <ncml:const id="cvtm2">
     646        <ncml:expr>-33.3</ncml:expr></ncml:const>
     647      <ncml:const id="cktm2">
     648        <ncml:expr>10.0</ncml:expr></ncml:const>
     649      <ncml:defun id="CaBK_mtau">
     650        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     651        <ncml:arg>ctm</ncml:arg>
     652        <ncml:arg>cvtm1</ncml:arg>
     653        <ncml:arg>cktm1</ncml:arg>
     654        <ncml:arg>cvtm2</ncml:arg>
     655        <ncml:arg>cktm2</ncml:arg>
     656        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
     657        <ncml:body>
     658          <ncml:div>
     659            <ncml:sum>
     660              <ncml:id>ctm</ncml:id>
     661              <ncml:div>1.0
     662                <ncml:sum>
     663                  <ncml:exp>
     664                    <ncml:neg>
     665                      <ncml:div>
     666                        <ncml:sum>
     667                          <ncml:sum>
     668                            <ncml:id>v</ncml:id>5.0</ncml:sum>
     669                          <ncml:id>cvtm1</ncml:id></ncml:sum>
     670                        <ncml:id>cktm1</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp>
     671                  <ncml:exp>
     672                    <ncml:neg>
     673                      <ncml:div>
     674                        <ncml:sum>
     675                          <ncml:sum>
     676                            <ncml:id>v</ncml:id>5.0</ncml:sum>
     677                          <ncml:id>cvtm2</ncml:id></ncml:sum>
     678                        <ncml:id>cktm2</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp></ncml:sum></ncml:div></ncml:sum>
     679            <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:div></ncml:body></ncml:defun>
     680      <ncml:const id="ch">
     681        <ncml:expr>0.085</ncml:expr></ncml:const>
     682      <ncml:const id="cvh">
     683        <ncml:expr>32.0</ncml:expr></ncml:const>
     684      <ncml:const id="ckh">
     685        <ncml:expr>-5.8</ncml:expr></ncml:const>
     686      <ncml:defun id="CaBK_hinf">
     687        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     688        <ncml:arg>ch</ncml:arg>
     689        <ncml:arg>cvh</ncml:arg>
     690        <ncml:arg>ckh</ncml:arg>
     691        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
     692        <ncml:body>
     693          <ncml:div>
     694            <ncml:sum>
     695              <ncml:id>ch</ncml:id>
     696              <ncml:div>
     697                <ncml:sum>1.0
     698                  <ncml:neg>
     699                    <ncml:id>ch</ncml:id></ncml:neg></ncml:sum>
     700                <ncml:sum>1.0
     701                  <ncml:exp>
     702                    <ncml:neg>
     703                      <ncml:div>
     704                        <ncml:sum>
     705                          <ncml:sum>
     706                            <ncml:id>v</ncml:id>5.0</ncml:sum>
     707                          <ncml:id>cvh</ncml:id></ncml:sum>
     708                        <ncml:id>ckh</ncml:id></ncml:div></ncml:neg></ncml:exp></ncml:sum></ncml:div></ncml:sum>
     709            <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:div></ncml:body></ncml:defun>
     710      <ncml:const id="cth">
     711        <ncml:expr>0.0019</ncml:expr></ncml:const>
     712      <ncml:const id="cvth1">
     713        <ncml:expr>48.5</ncml:expr></ncml:const>
     714      <ncml:const id="ckth1">
     715        <ncml:expr>-5.2</ncml:expr></ncml:const>
     716      <ncml:const id="cvth2">
     717        <ncml:expr>-54.2</ncml:expr></ncml:const>
     718      <ncml:const id="ckth2">
     719        <ncml:expr>12.9</ncml:expr></ncml:const>
     720      <ncml:defun id="CaBK_htau">
     721        <ncml:arg>v</ncml:arg>
     722        <ncml:arg>cth</ncml:arg>
     723        <ncml:arg>ckth1</ncml:arg>
     724        <ncml:arg>ckth2</ncml:arg>
     725        <ncml:arg>cvth1</ncml:arg>
     726        <ncml:arg>cvth2</ncml:arg>
     727        <ncml:arg>temp_adj</ncml:arg>
     728        <ncml:body>
     729          <ncml:div>
     730            <ncml:sum>
     731              <ncml:id>cth</ncml:id>
     732              <ncml:div>1.0
     733                <ncml:sum>
     734                  <ncml:exp>
     735                    <ncml:div>
     736                      <ncml:sum>
     737                        <ncml:id>v</ncml:id>
     738                        <ncml:id>cvth1</ncml:id></ncml:sum>
     739                      <ncml:id>ckth1</ncml:id></ncml:div></ncml:exp>
     740                  <ncml:exp>
     741                    <ncml:div>
     742                      <ncml:sum>
     743                        <ncml:id>v</ncml:id>
     744                        <ncml:id>cvth2</ncml:id></ncml:sum>
     745                      <ncml:id>ckth2</ncml:id></ncml:div></ncml:exp></ncml:sum></ncml:div></ncml:sum>
     746            <ncml:id>temp_adj</ncml:id></ncml:div></ncml:body></ncml:defun>
     747      <ncml:state_complex id="CaBK_z">
     748        <ncml:open>zO</ncml:open>
     749        <ncml:initial>0.0909090909090909</ncml:initial>
     750        <ncml:transitions>
     751          <ncml:transition src="zC" dst="zO">
     752            <ncml:rate>
     753              <ncml:div>
     754                <ncml:apply id="CaBK_zinf">
     755                  <ncml:id>cai</ncml:id>
     756                  <ncml:id>zhalf</ncml:id></ncml:apply>
     757                <ncml:id>CaBK_ztau</ncml:id></ncml:div></ncml:rate></ncml:transition>
     758          <ncml:transition src="zO" dst="zC">
     759            <ncml:rate>
     760              <ncml:div>
     761                <ncml:sum>1.0
     762                  <ncml:neg>
     763                    <ncml:apply id="CaBK_zinf">
     764                      <ncml:id>cai</ncml:id>
     765                      <ncml:id>zhalf</ncml:id></ncml:apply></ncml:neg></ncml:sum>
     766                <ncml:id>CaBK_ztau</ncml:id></ncml:div></ncml:rate></ncml:transition></ncml:transitions>
     767        <ncml:power>2.0</ncml:power></ncml:state_complex>
     768      <ncml:output id="CaBK_h"></ncml:output>
     769      <ncml:output id="CaBK_m"></ncml:output>
     770      <ncml:output id="CaBK_z"></ncml:output></ncml:component>
     771    <ncml:component name="comp13" type="pore">
     772      <ncml:const id="gbar_CaBK">
     773        <ncml:expr>0.014</ncml:expr></ncml:const>
     774      <ncml:output id="gbar_CaBK"></ncml:output></ncml:component>
     775    <ncml:component name="k" type="permeating-substance">
     776      <ncml:const id="e_CaBK">
     777        <ncml:expr>-85.0</ncml:expr></ncml:const>
     778      <ncml:output id="e_CaBK"></ncml:output></ncml:component></ncml:component></ncml:model>

  • release/3/nemo/trunk/extensions/nemo-hh.scm

    r11895 r11977  
    9595                   (m-inf      (lookup-field 'm-inf alst))
    9696                   (m-tau      (lookup-field 'm-tau alst))
    97                    (m-alpha    (or (lookup-field 'm-alpha alst)
    98                                    `(/ ,m-inf ,m-tau)))
    99                    (m-beta     (or (lookup-field 'm-beta alst)
    100                                    `(/ (- 1 ,m-inf) ,m-tau)))
     97                   (m-alpha    (or (lookup-field 'm-alpha alst)  `(/ ,m-inf ,m-tau)))
     98                   (m-beta     (or (lookup-field 'm-beta alst)   `(/ (- 1 ,m-inf) ,m-tau)))
    10199                   (open       (p$ ion 'mO))
    102100                   (closed     (p$ ion 'mC))
    103                    (mst        `((power ,m-power)
    104                                  (open  ,open)
     101                   (mst        `((power ,m-power)  (open  ,open)
    105102                                 (transitions (-> ,closed ,open ,m-alpha)
    106103                                              (-> ,open ,closed ,m-beta)))))
    … …  
    139136            (add-external!      ((dis 'add-external!) new-sys))
    140137            (component-extend!  ((dis 'component-extend!) new-sys))
    141             (components         ((dis 'components) new-sys))
    142138            (indent  0)
    143139            (indent+ (+ 2 indent )))
    144        (for-each
    145         (lambda (comp)
    146           (let ((comp-name (second comp)))
     140       (let recur ((comp-name (nemo-intern 'toplevel)))
     141         (let* ((comp-symbols   ((dis 'component-symbols) new-sys comp-name))
     142                (subcomps       ((dis 'component-subcomps) new-sys comp-name)))
     143           (print "comp-name: " comp-name)
     144           (print "comp-symbols: " comp-symbols)
    147145            (for-each (lambda (sym)
    148146                        (hh-ionic-conductance-transform 
    149147                         new-sys (dis 'eval-const) env-extend! add-external! component-extend!
    150148                         comp-name (environment-ref new-sys sym)))
    151                       ((dis 'component-symbols) new-sys comp-name))))
    152         components)
     149                      comp-symbols)
     150            (for-each recur (map second subcomps))))
    153151       new-sys))))

  • release/3/nemo/trunk/nemo.scm

    r11944 r11977  
    5656  `(
    5757    ,(args:make-option (i)       (required: "FORMAT")   
    58                        (s+ "specify input format (xml, sxml)")
     58                       (s+ "specify input format (xml, sxml, s-exp)")
    5959                       (string->symbol arg))
    6060    ,(args:make-option (xml)       (optional: "FILE")   
    … …  
    107107  (let ((lst ((sxpath query '((ncml . "ncml") )) doc)))
    108108    (and (not (null? lst)) lst)))
    109          
     109
     110(define (ncml-binding->binding node)
     111  (match node
     112    (('ncml:bnd ('@ ('id id)) ('ncml:expr expr))
     113     `(,($ id) ,(ncml-expr->expr expr)))
     114    (else (error 'ncml-binding->binding "invalid binding " node))))
    110115 
    111116(define (ncml-expr->expr node)
    … …  
    114119         ((? string?)    (sxml:number node))
    115120         (('ncml:id id)  (string->symbol (->string id)))
    116          (('ncml:apply ('ncml:id id) . args)  (cons (string->symbol (->string id)) (map ncml-expr->expr args)))
    117          (((and op (? symbol?)) . args)       (cons (ncml-op->op op) (map ncml-expr->expr args)))))
     121         (('ncml:apply ('@ ('id id)) . args)  (cons ($ id) (map ncml-expr->expr args)))
     122         (('ncml:let ('ncml:bnds . bnds) ('ncml:expr body))
     123          `(let ,(map ncml-binding->binding bnds) ,(ncml-expr->expr body)))
     124         (((and op (? symbol?)) . args)       
     125          (print "ncml-expr->expr: node = " node)
     126          (cons (ncml-op->op op) (map ncml-expr->expr args)))
     127         (else (error 'ncml-expr->expr "unknown expression " node))))
    118128 
    119129
    … …  
    132142                          ((pre op)  (string->symbol op))
    133143                          (else (error 'ncml-op->op "invalid operator" op))))))
     144
     145
     146(define (nemo-constructor name declarations)
     147  (let* ((nemo   (make-nemo-core))
     148         (sys    ((nemo 'system) name)))
     149    (eval-nemo-system-decls nemo name sys declarations)
     150    (list sys nemo)))
     151
     152(define (sexp->model options doc)
     153  (match doc
     154         (('nemo-model model-name model-decls)
     155          (let* ((model+nemo  (nemo-constructor model-name model-decls))
     156                 (model (first model+nemo))
     157                 (nemo  (second model+nemo)))
     158            (let ((model-1 (nemo:hh-transformer model)))
     159              (if (assoc 'depgraph options) (print "dependency graph: " ((nemo 'depgraph*) model-1)))
     160              (if (assoc 'exports options) (print "exports: " ((nemo 'exports) model-1)))       
     161              (if (assoc 'imports options) (print "imports: " ((nemo 'imports) model-1)))
     162              (if (assoc 'components options)
     163                  (for-each (lambda (x)
     164                              (print "component " x ": " ((nemo 'component-exports) model-1 (second x)))
     165                              (print "component " x " subcomponents: " ((nemo 'component-subcomps) model-1 (second x))))
     166                            ((nemo 'components) model-1)))
     167              model-1)))
     168         (else (error 'sexp->model "unknown model format"))))
     169
     170(define (model->nmodl options model)
     171  (nemo:nmodl-translator model (lookup-def 'nmodl-method options) (lookup-def 'table options) -150 150 1))
     172
     173
     174(define (transition->ncml-transition x)
     175  (match x (('-> src dst rate)
     176            `(ncml:transition (@ (src ,src) (dst ,dst))
     177                              (ncml:rate ,(expr->ncml-expr rate))))
     178         (else (error 'transition->ncml-transition "invalid transition " x))))
     179
     180(define builtin-fns
     181  `(+ - * / pow neg abs atan asin acos sin cos exp ln
     182      sqrt tan cosh sinh tanh hypot gamma lgamma log10 log2 log1p ldexp cube
     183      > < <= >= = and or round ceiling floor max min))
     184
     185(define (binding->ncml-binding bnd)
     186  (match bnd
     187         ((id expr)  `(ncml:bnd (@ (id ,id)) (ncml:expr ,(expr->ncml-expr expr))))
     188         (else (error 'binding->ncml-binding "invalid binding " bnd))))
     189 
     190(define (expr->ncml-expr x)
     191  (match x
     192         ((? number?)    x)
     193         ((? symbol?)    `(ncml:id ,x))
     194         (('let bnds expr)
     195          `(ncml:let (ncml:bnds . ,(map binding->ncml-binding bnds))
     196                     (ncml:expr ,(expr->ncml-expr expr))))
     197         (((and op (? symbol?)) . args)       
     198          (let ((ncml-expr (if (member op builtin-fns)
     199                               (cons (op->ncml-op op) (map expr->ncml-expr args))
     200                               `(ncml:apply (@ (id ,op)) ,@(map expr->ncml-expr args)))))
     201            ncml-expr))
     202         (else (error 'expr->ncml-expr "unknown expression " x))))
     203
     204 
     205
     206(define (op->ncml-op op)
     207  (case op
     208    ((+)  'ncml:sum)
     209    ((-)  'ncml:sub)
     210    ((*)  'ncml:mul)
     211    ((/)  'ncml:div)
     212    ((>)  'ncml:gt)
     213    ((<)  'ncml:lt)
     214    ((<=) 'ncml:lte)
     215    ((>=) 'ncml:gte)
     216    ((=)  'ncml:eq)
     217    (else  (string->symbol (string-append "ncml:" (->string op))))))
     218
     219
     220(define (make-component->ncml dis model)
     221  (lambda (x)
     222    (let ((en (environment-ref model x)))
     223      (cond ((procedure? en)
     224             (let ((fd (procedure-data en)))
     225               `(ncml:defun (@ (id ,x))
     226                            ,@(map (lambda (v) `(ncml:arg ,v)) (lookup-def 'vars fd))
     227                            (ncml:body ,(expr->ncml-expr (lookup-def 'body fd))))))
     228            (else
     229             (match en
     230                   
     231                    (($ nemo:quantity 'EXTERNAL   local-name name namespace)
     232                     (if namespace
     233                         `(ncml:input (@ (id ,name)) (as ,local-name) (from ,namespace))
     234                         `(ncml:input (@ (id ,name)) (as ,local-name))))
     235                    (($ nemo:quantity 'CONST  name value)
     236                     `(ncml:const (@ (id ,name)) (ncml:expr ,value)))
     237                   
     238                    (($ nemo:quantity 'ASGN name value rhs)
     239                     (let ((expr (expr->ncml-expr rhs)))
     240                       `(ncml:asgn (@ (id ,name)) (ncml:expr ,expr))))
     241                   
     242                    (($ nemo:quantity 'TSCOMP name initial open trs p)
     243                     (let ((sxml-trs (map transition->ncml-transition trs)))
     244                       `(ncml:state_complex (@ (id ,name))
     245                                            (ncml:open ,open) (ncml:initial ,(expr->ncml-expr initial))
     246                                            (ncml:transitions ,@sxml-trs)
     247                                            (ncml:power ,(expr->ncml-expr p)))))
     248                   
     249                    (($ nemo:quantity 'COMPONENT type lst)
     250                     (let ((component->ncml (make-component->ncml dis model))
     251                           (component-exports ((dis 'component-exports) model x)))
     252                       (case type
     253                         ((toplevel) `(,@(map component->ncml lst)
     254                                       ,@(map (lambda (x) `(ncml:output (@ (id ,x)))) component-exports)))
     255                         (else `(ncml:component (@ (name ,x) (type ,type))
     256                                                ,@(filter-map component->ncml lst)
     257                                                ,@(map (lambda (x) `(ncml:output (@ (id ,x)))) component-exports)
     258                                                )))))
     259                     
     260                     (else #f)))))))
     261   
     262
     263(define (model->ncml options model)
     264  (match-let ((($ nemo:quantity 'DISPATCH  dis)     (environment-ref model (nemo-intern 'dispatch))))
     265     (let ((sysname     ((dis 'sysname) model))
     266           (component->ncml (make-component->ncml dis model)))
     267       `(ncml:model (@ (name ,sysname)) ,@(component->ncml (nemo-intern 'toplevel))))))
     268           
    134269
    135270(require-extension  stx-engine)
    … …  
    182317        (sxml:match 'ncml:input
    183318                    (lambda (node bindings root env)
     319                      (print "input: node = " node)
    184320                      (let ((id    (sxml:attr node 'id))
    185                             (from  (sxml:kidn 'ncml:from node))
    186                             (as    (sxml:kidn 'ncml:as node)))
     321                            (from  (sxml:kidn* 'ncml:from node))
     322                            (as    (sxml:kidn* 'ncml:as node)))
    187323                        (if (not id) (error 'input-template "input declaration requires id attribute"))
    188324                        (cond ((and from as)  `(input (,($ id) as ,($ (second as) ) from ,($ (second from)) )))
    … …  
    194330        (sxml:match 'ncml:output
    195331                    (lambda (node bindings root env)
     332                      (print "output: node = " node)
    196333                      (let ((id   (sxml:attr node 'id)))
    197334                        (if (not id) (error 'output-template "output declaration requires id attribute"))
    … …  
    201338        (sxml:match 'ncml:const
    202339                    (lambda (node bindings root env)
     340                      (print "const: node = " node)
    203341                      (let* ((id   (sxml:attr node 'id))
    204342                             (expr ((lambda (x)
    … …  
    206344                                          (error 'const-template "const declaration " id " requires expr element")
    207345                                          (ncml-expr->expr (second x))))
    208                                    (sxml:kidn 'ncml:expr node))))
     346                                   (sxml:kidn* 'ncml:expr node))))
    209347                        (if (not id) (error 'const-template "const declaration requires id attribute"))
    210348                        `(const ,($ id) = ,expr)))))
    … …  
    213351        (sxml:match 'ncml:transition
    214352                    (lambda (node bindings root env)
     353                      (print "transition: node = " node)
    215354                      (let ((src  (sxml:attr node 'src))
    216                             (dest (sxml:attr node 'dest))
    217                             (expr ((lambda (x)
    218                                      (if (not x) 
    219                                          (error 'state-complex-transition-template
    220                                                 "state complex transition requires rate element")
    221                                          (ncml-expr->expr (second x))))
    222                                    (sxml:kidn 'ncml:rate node))))
     355                            (dst  (sxml:attr node 'dst))
     356                            (rate ((lambda (x)
     357                                      (if (not x) 
     358                                          (error 'state-complex-transition-template
     359                                                 "state complex transition requires rate element")
     360                                          (ncml-expr->expr (second x))))
     361                                    (sxml:kidn* 'ncml:rate node))))
    223362                        (if (not src) (error 'state-complex-transition-template
    224363                                             "state complex transition requires src attribute"))
    225                         (if (not dest) (error 'state-complex-transition-template
    226                                               "state complex transition requires dest attribute"))
    227                         `(-> ,($ src) ,($ dest) ,rate)))))
     364                        (if (not dst) (error 'state-complex-transition-template
     365                                             "state complex transition requires dst attribute"))
     366                       
     367                        `(-> ,($ src) ,($ dst) ,rate)))))
    228368       
    229369       (asgn-template
    230370        (sxml:match 'ncml:asgn
    231371                    (lambda (node bindings root env)
     372                      (print "asgn: node = " node)
    232373                      (let ((id   (sxml:attr node 'id))
    233374                            (expr ((lambda (x)
    … …  
    235376                                          (error 'asgn-template "algebraic assignment requires expr element")
    236377                                          (ncml-expr->expr (second x))))
    237                                    (sxml:kidn 'ncml:expr node))))
     378                                   (sxml:kidn* 'ncml:expr node))))
    238379                        (if (not id) (error 'asgn-template "algebraic assignment requires id attribute"))
    239380                        `(,($ id) = ,expr)))))
    … …  
    243384        (sxml:match 'ncml:state_complex
    244385                    (lambda (node bindings root env)
    245                       (let ((id   (sxml:attr node 'id))
     386                      (print "state: node = " node)
     387                      (let ((id   (string->symbol (->string (sxml:attr node 'id))))
    246388                            (initial ((lambda (x)
    247389                                        (if (not x) 
    … …  
    249391                                                   "state complex declaration requires initial element")
    250392                                            (ncml-expr->expr (second x))))
    251                                       (sxml:kidn 'ncml:initial node)))
     393                                      (sxml:kidn* 'ncml:initial node)))
    252394                            (open ((lambda (x)
    253395                                     (if (not x) 
    … …  
    255397                                                "state complex declaration requires open element")
    256398                                         ($ (second x))))
    257                                    (sxml:kidn 'ncml:open node)))
     399                                   (sxml:kidn* 'ncml:open node)))
    258400                            (power ((lambda (x)
    259401                                      (if (not x) 
    260402                                          (error 'state-complex-template
    261403                                                 "state complex declaration requires open element")
    262                                           (string->integer (second x))))
    263                                     (sxml:kidn 'ncml:power node)))
     404                                          (sxml:number (second x))))
     405                                    (sxml:kidn* 'ncml:power node)))
    264406                            (transitions ((lambda (x)
    265407                                            (if (not x) 
    … …  
    267409                                                       "state complex declaration requires transitions element")
    268410                                                (let ((tmpl (sxml:make-null-ss state-complex-transition-template)))
    269                                                   (stx:apply-templates x tmpl root env))))
    270                                           (sxml:kidn 'ncml:transitions node))))
     411                                                  (stx:apply-templates (cdr x) tmpl root env))))
     412                                          (sxml:kidn* 'ncml:transitions node))))
    271413                                         
    272414                        (if (not id) (error 'state-complex-template "state complex transition requires id attribute"))
    273415                        `(state-complex (,id (initial ,initial) (open ,open) (power ,power)
    274                                              (transitions ,transitions)))))))
     416                                             (transitions ,@transitions)))))))
    275417
    276418
    … …  
    278420        (sxml:match 'ncml:defun
    279421                    (lambda (node bindings root env)
     422                      (print "defun: node = " node)
    280423                      (let ((id    (sxml:attr node 'id))
    281424                            (args  ((lambda (x)
     425                                      (print "defun: arg = " x)
    282426                                      (if (null? x) 
    283427                                          (error 'defun-template
    … …  
    286430                                    (sxml:kidsn 'ncml:arg node)))
    287431                            (body ((lambda (x)
     432                                     (print "defun: body = " x)
    288433                                     (if (not x) 
    289434                                         (error 'defun-template
    290435                                                "function definition requires body element")
    291436                                         (ncml-expr->expr (second x))))
    292                                    (sxml:kidn 'ncml:body node))))
     437                                   (sxml:kidn* 'ncml:body node))))
    293438                        (if (not id) (error 'defun-template "function definition requires id attribute"))
    294439                        `(defun ,($ id) ,args ,body)))))
    … …  
    297442        (sxml:match 'ncml:component
    298443                    (lambda (node bindings root env)
     444                      (print "component: node = " node)
    299445                      (let ((name (sxml:attr node 'name))
    300446                            (type (sxml:attr node 'type)))
    … …  
    309455                      (let* ((or-expr   (lambda (x) (and x (ncml-expr->expr (second x)))))
    310456                             (id         (sxml:attr node 'id))
    311                              (initial_m  (or-expr (sxml:kidn 'ncml:initial_m node)))
    312                              (initial_h  (or-expr (sxml:kidn 'ncml:initial_h node)))
    313                              (m_power    (or-expr (sxml:kidn 'ncml:m_power node)))
    314                              (h_power    (or-expr (sxml:kidn 'ncml:h_power node)))
    315                              (m_alpha    (or-expr (sxml:kidn 'ncml:m_alpha node)))
    316                              (m_beta     (or-expr (sxml:kidn 'ncml:m_beta node)))
    317                              (h_alpha    (or-expr (sxml:kidn 'ncml:h_alpha node)))
    318                              (h_beta     (or-expr (sxml:kidn 'ncml:h_beta node)))
    319                              (m_tau      (or-expr (sxml:kidn 'ncml:m_tau node)))
    320                              (m_inf      (or-expr (sxml:kidn 'ncml:m_inf node)))
    321                              (h_tau      (or-expr (sxml:kidn 'ncml:h_tau node)))
    322                              (h_inf      (or-expr (sxml:kidn 'ncml:h_inf node))))
     457                             (initial_m  (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:initial_m node)))
     458                             (initial_h  (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:initial_h node)))
     459                             (m_power    (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:m_power node)))
     460                             (h_power    (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:h_power node)))
     461                             (m_alpha    (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:m_alpha node)))
     462                             (m_beta     (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:m_beta node)))
     463                             (h_alpha    (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:h_alpha node)))
     464                             (h_beta     (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:h_beta node)))
     465                             (m_tau      (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:m_tau node)))
     466                             (m_inf      (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:m_inf node)))
     467                             (h_tau      (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:h_tau node)))
     468                             (h_inf      (or-expr (sxml:kidn* 'ncml:h_inf node))))
    323469                        (if (not id)
    324470                            (error 'hh-template "hh ionic conductance definition requires id attribute"))
    … …  
    354500
    355501(define (ncml->model options doc)
    356   (let* ((ncml:model   (car (ncml:sxpath '(ncml:model) doc)))
     502  (let* ((ncml:model   ((lambda (x)
     503                          (if (null? x) (error 'ncml->model "ncml:model element not found in input document") (car x)))
     504                        (ncml:sxpath '(ncml:model) `(*TOP* . ,doc))))
    357505         (model-name   (sxml:attr ncml:model 'name))
    358506         (model-decls  (ncml->decls (sxml:kids ncml:model))))
    … …  
    362510      (let ((model-1 (nemo:hh-transformer model)))
    363511        (if (assoc 'depgraph options) (print "dependency graph: " ((nemo 'depgraph*) model-1)))
    364         (if (assoc 'exports options) (print "exports: " ((nemo 'exports) model-1)))
     512        (if (assoc 'exports options) (print "exports: " ((nemo 'exports) model-1)))     
    365513        (if (assoc 'imports options) (print "imports: " ((nemo 'imports) model-1)))
    366514        (if (assoc 'components options)
    … …  
    372520
    373521
    374 (define (nemo-constructor name declarations)
    375   (let* ((nemo   (make-nemo-core))
    376          (sys    ((nemo 'system) name)))
    377     (eval-nemo-system-decls nemo name sys declarations)
    378     (list sys nemo)))
    379 
    380 
    381 (define (model->nmodl options model)
    382   (nemo:nmodl-translator model-1 (lookup-def 'nmodl-method options) (lookup-def 'table options) -150 150 1))
    383 
    384 #|
    385 (define (model->sxml options model)
    386   (match-let ((($ nemo:quantity 'DISPATCH  dis) (environment-ref model (nemo-intern 'dispatch)))
    387               (($ nemo:quantity 'SYSNAME  dis)  (environment-ref model (nemo-intern 'sysname))))
    388     (let* ((defuns  ((dis 'defuns) model))
    389            (sxml-defuns  (map (lambda (x) (let* ((ef (environment-ref model x))
    390                                                  (fd (procedure-data ef)))
    391                                             `(ncml:defun (@ (ncml:id ,x))
    392                                                          ,(map (lambda (v) `(ncml:arg ,v)) (alist-ref 'vars fd))
    393                                                          (ncml:body ,(alist-ref 'body fd)))
    394                                             )) defuns))
    395            (consts  ((dis 'consts) model))
    396 |#
    397            
    398522 
    399523(define (main options operands)
    400   (if (not (null? operands))
     524  (if (null? operands)
     525      (usage)
    401526      (for-each
    402527       (lambda (operand)
    … …  
    407532                                   (lambda (x)
    408533                                     (case ($ x)
    409                                        ((sexp)  'sexp)
     534                                       ((s-exp sexp)  'sexp)
    410535                                       ((sxml)  'sxml)
    411536                                       ((xml)   'xml)
    … …  
    413538                                  (else  (case ((lambda (x) (or (not x) ($ x)))
    414539                                                (pathname-extension operand))
    415                                            ((sexp)  'sexp)
     540                                           ((s-exp sexp)  'sexp)
    416541                                           ((sxml)  'sxml)
    417542                                           ((xml)   'xml)
    418543                                           (else    'xml)))))
    419544                (doc        (case in-format
    420                               ((sexp)  (read-sexp operand))
     545                              ((s-exp sexp)  (read-sexp operand))
    421546                              ((sxml)  (read-sexp operand))
    422                               ((xml)  (read-sxml operand))
     547                              ((xml)   (read-xml operand))
    423548                              (else    (error 'nemo "unknown input format" in-format))))
    424549                (model       (case in-format
    425550                               ((sxml xml)  (ncml->model options doc))
    426                                ((sexp)      (ncml->model options doc))
     551                               ((s-exp sexp)      (sexp->model options doc))
    427552                               (else    (error 'nemo "unknown input format" in-format))))
    428                 (sxml-fname  ((lambda (x) (and x (if (string? (cdr x)) (s+ (pathname-strip-extension (cdr x)) ".sxml")
     553                (sxml-fname  ((lambda (x) (and x (if (and (cdr x) (string? (cdr x)))
     554                                                     (s+ (pathname-strip-extension (cdr x)) ".sxml")
    429555                                                     (s+  (pathname-strip-extension operand) ".sxml"))))
    430556                              (assoc 'sxml options)))
    431                 (xml-fname  ((lambda (x) (and x (if (string? (cdr x)) (s+ (pathname-strip-extension (cdr x)) ".xml")
    432                                                     (s+  (pathname-strip-extension operand) ".xml"))))
     557                (xml-fname  ((lambda (x)  (and x (if (and (cdr x) (string? (cdr x)))
     558                                                     (s+ (pathname-strip-extension (cdr x)) ".xml")
     559                                                     (s+  (pathname-strip-extension operand) ".xml"))))
    433560                              (assoc 'xml options)))
    434                 (mod-fname  ((lambda (x) (and x (if (string? (cdr x)) (s+ (pathname-strip-extension (cdr x)) ".mod")
     561                (mod-fname  ((lambda (x) (and x (if (and (cdr x) (string? (cdr x)))
     562                                                    (s+ (pathname-strip-extension (cdr x)) ".mod")
    435563                                                    (s+  (pathname-strip-extension operand) ".mod"))))
    436564                             (assoc 'nmodl options)))
    … …  
    440568                     ((cnexp derivimplicit #f) method)
    441569                     (else (error "nmodl-method must be one of cnexp, derivimplicit"))))))
    442            (if sxml-fname (with-output-to-file sxml-fname (lambda () (pretty-print doc))))
    443            (if xml-fname  (let ((doc1 (ensure-xmlns
     570           (if sxml-fname (with-output-to-file sxml-fname (lambda () (pretty-print (model->ncml options model)))))
     571           (if xml-fname  (let* ((doc  (model->ncml options model))
     572                                 (doc1 (ensure-xmlns
    444573                                       (cond ((eq? (car doc) '*TOP*) (assoc 'ncml:model (cdr doc)))
    445574                                             (else doc)))))
    446575                            (with-output-to-file xml-fname (lambda () (print-fragments (generate-XML `(begin ,doc1)))))))
    447            (with-output-to-file
    448                mod-fname  (lambda ()
    449                             (model->nmodl `((method . ,nmodl-method)
    450                                             (table  . ,(assoc 't options))) model)))
     576           (if mod-fname
     577               (with-output-to-file
     578                   mod-fname  (lambda ()
     579                                (model->nmodl `((method . ,nmodl-method)
     580                                                (table  . ,(assoc 't options))) model))))
    451581           ))
    452582       operands)))

  • release/3/nemo/trunk/nemo.setup

    r11944 r11977  
    8888    ,@(if has-exports? `((exports "nemo-hh.exports")) (list)) ))
    8989
    90 (compile -O2 nemo.scm -lchicken)
     90(compile -d2 -O nemo.scm -lchicken)
    9191
    9292(install-program
Note: See TracChangeset for help on using the changeset viewer.