source: project/release/4/nemo/trunk/examples/Golgi/Golgi.nemo @ 28034

Last change on this file since 28034 was 28034, checked in by Ivan Raikov, 8 years ago

nemo: removing vestigial membrane capacitance functionality and updated to Golgi example

File size: 35.3 KB
Line 
1
2;; Reference: Theta-Frequency Bursting and Resonance in Cerebellar Granule Cells:Experimental
3;; Evidence and Modeling of a Slow K+-Dependent Mechanism
4;; Egidio D'Angelo,Thierry Nieus,Arianna Maffei,Simona Armano,Paola Rossi,Vanni Taglietti,
5;; Andrea Fontana and Giovanni Naldi
6
7(nemo-model Golgi
8
9  (
10   (input v celsius)
11
12
13   (component (type defaults)
14      (const V_t = -35)
15      (const celsius = 30)
16      (output celsius V_t)
17      )
18
19
20   (component (type membrane-tau)
21         (const tau_m  = 1e-3)
22         (output tau_m  ))
23
24
25   (component (type decaying-pool) (name ca)
26
27      (input (ica from ion-currents))
28
29              (const  F       = 96485.3)
30              (const  d       = .2)
31              (const  cao     = 2.)
32              (const  cai0    = 50e-6)
33              (const  beta    = 1.3)
34
35              (d (ca) =  ((neg (ica) / (2 * F * d)) * 1e4 -
36                          (beta * (ca - cai0)))
37                         (initial cai0))
38             
39              (output ca cao)
40              )
41
42
43   (component (type decaying-pool) (name ca2)
44
45      (input (ica2 from ion-currents))
46
47      (const valence  = 2)
48      (const  F       = 96485.3)
49      (const  d       = .2)
50      (const  ca2o     = 2.)
51      (const  ca2i0    = 50e-6)
52      (const  beta    = 1.3)
53     
54      (d (ca2) =  ((neg (ica2) / (2 * F * d)) * 1e4 -
55                   (beta * (ca2 - ca2i0)))
56         (initial ca2i0))
57     
58      (output ca2 ca2o valence)
59      )
60
61   
62   (component (type ionic-current) (name CaHVA )
63             
64      (input
65       (cai from ion-pools)
66       (cao from ion-pools))
67             
68      (component (type gate)
69
70                 ;; rate constants
71                 
72                 (Q10 = (pow (3 ((celsius - 20) / 10))))
73                 
74                 (const Aalpha_s  = 0.04944)
75                 (const Kalpha_s  =  15.87301587302)
76                 (const V0alpha_s = -29.06)
77                 
78                 (const Abeta_s  = 0.08298)
79                 (const Kbeta_s  =  -25.641)
80                 (const V0beta_s = -18.66)
81                 
82                 (const Aalpha_u  = 0.0013)
83                 (const Kalpha_u  =  -18.183)
84                 (const V0alpha_u = -48)
85                 
86                 (const Abeta_u = 0.0013)
87                 (const Kbeta_u = 83.33)
88                 (const V0beta_u = -48)
89                 
90                 ;; rate functions
91                 
92                 (defun alpha_s (v Q10)
93                   (Q10 * Aalpha_s * exp((v - V0alpha_s) / Kalpha_s)))
94                 
95                 (defun beta_s (v Q10)
96                   (Q10 * Abeta_s * exp((v - V0beta_s) / Kbeta_s)))
97                 
98                 (defun alpha_u (v Q10)
99                   (Q10 * Aalpha_u * exp((v - V0alpha_u) / Kalpha_u)))
100                 
101                 (defun beta_u (v Q10)
102                   (Q10 * Abeta_u * exp((v - V0beta_u) / Kbeta_u)))
103
104                 (s_inf = ((alpha_s (v Q10))/(alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10))))
105                 (tau_s = (1 / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
106
107                 (u_inf = ((alpha_u (v Q10))/(alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
108                 (tau_u = (1 / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
109
110                 (hh-ionic-gate
111                  (CaHVA  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
112                   (initial-m  s_inf)
113                   (initial-h  u_inf)
114                   (m-power    2)
115                   (h-power    1)
116                   (m-inf      s_inf)
117                   (m-tau      tau_s)
118                   (h-inf      u_inf)
119                   (h-tau      tau_s)
120                   ))
121                 
122                 )
123             
124              (component (type pore)
125                         (const  gbar  = 460e-6)
126                         (output gbar ))
127             
128              (component (type permeating-ion) (name ca)
129                         (const F = 96485.3)
130                         (const R = 8.31342)
131                         (e = ((1e3) * (R * (celsius + 273.15)) / (2 * F) * ln (cao / cai)))
132                         (output e)
133                         )
134             
135              ) ;; end CaHVA current
136
137
138   (component (type voltage-clamp) (name CaHVA)
139             
140              (const vchold   = -71)
141              (const vcbase   = -69)
142              (const vcinc    = 10)
143              (const vcsteps  = 8)
144              (const vchdur   = 30)
145              (const vcbdur   = 100)
146             
147              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
148              )
149
150   
151   (component (type ionic-current) (name CaLVA )
152             
153      (input
154       (ca2i from ion-pools)
155       (ca2o from ion-pools))
156
157      (component (type gate)
158
159                 (const shift   = 2) ; screening charge for Ca_o = 2 mM
160                 
161                 (const v0_m_inf = -50)
162                 (const v0_h_inf = -78)
163                 (const k_m_inf  = -7.4)
164                 (const k_h_inf  = 5.0)
165       
166                 (const C_tau_m   = 3)
167                 (const A_tau_m   = 1.0)
168                 (const v0_tau_m1 = -25)
169                 (const v0_tau_m2 = -100)
170                 (const k_tau_m1  = 10)
171                 (const k_tau_m2 = -15)
172                 
173                 (const C_tau_h   = 85)
174                 (const A_tau_h   = 1.0)
175                 (const v0_tau_h1 = -46)
176                 (const v0_tau_h2 = -405)
177                 (const k_tau_h1  = 4)
178                 (const k_tau_h2  = -50)
179                 
180                         
181                 ;; rate functions
182                 
183                 (phi_m = (pow (5.0 ((celsius - 24) / 10))))
184                 (phi_h = (pow (3.0 ((celsius - 24) / 10))))
185                 
186                 (m_inf = (1.0 / ( 1 + exp ((v + shift - v0_m_inf) / k_m_inf)) ))
187                 (h_inf = (1.0 / ( 1 + exp ((v + shift - v0_h_inf) / k_h_inf)) ))
188                 
189                 (tau_m = ( (C_tau_m + A_tau_m / ( exp ((v + shift - v0_tau_m1) / k_tau_m1) +
190                                                       exp ((v + shift - v0_tau_m2) / k_tau_m2) ) ) / phi_m) )
191                 
192                 (tau_h = ( (C_tau_h + A_tau_h / ( exp ((v + shift - v0_tau_h1 ) / k_tau_h1) +
193                                                       exp ((v + shift - v0_tau_h2) / k_tau_h2) ) ) / phi_h) )
194                 
195
196                 (hh-ionic-gate
197                  (CaLVA  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
198                   (initial-m  m_inf)
199                   (initial-h  h_inf)
200                   (m-power    2)
201                   (h-power    1)
202                   (m-inf      m_inf)
203                   (m-tau      tau_m)
204                   (h-inf      h_inf)
205                   (h-tau      tau_h)
206                   ))
207                 )
208     
209     
210      (component (type pore)
211                 (const  gbar  = 2.5e-4)
212                 (output gbar ))
213
214             
215      (component (type permeating-ion) (name ca2)
216                 (const valence = 2)
217                 (const F = 96485.3)
218                 (const R = 8.31342)
219                 (e = ((1e3) * (R * (celsius + 273.15)) / (2 * F) * ln (ca2o / ca2i)))
220                 (output e valence))
221
222             
223      ) ;; end CaLVA current
224
225
226
227   (component (type voltage-clamp) (name CaLVA)
228             
229              (const vchold   = -71)
230              (const vcbase   = -69)
231              (const vcinc    = 10)
232              (const vcsteps  = 8)
233              (const vchdur   = 200)
234              (const vcbdur   = 30)
235             
236              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
237              )
238
239
240     
241   (component (type ionic-current) (name HCN1)
242
243              (const Ehalf = -72.49)
244              (const c = 0.11305)
245             
246              (const rA = 0.002096)
247              (const rB = 0.97596)
248             
249              (defun r (potential)
250                ((rA * potential) + rB))
251             
252              (defun tau (potential t1 t2 t3)
253                (exp (((t1 * potential) - t2) * t3)))
254             
255              (defun o_inf (potential Ehalf c)
256                (1 / (1 + exp ((potential - Ehalf) * c))))
257             
258
259              (component (type gate)
260                         
261
262                         ;; rate constants
263       
264                         (const tCs = 0.01451)
265                         (const tDs = -4.056)
266                         (const tEs = 2.302585092)
267
268                         (o_slow_inf = ((1 - r (v)) * o_inf (v Ehalf c)))
269                       
270                         (tau_s =  (tau (v tCs tDs tEs)) )
271
272                         (d (o_slow) = ((o_slow_inf - o_slow) / tau_s)
273                            (initial o_slow_inf))
274                         
275                         (output o_slow)
276
277                         )
278             
279              (component (type gate)
280                         
281
282                         ;; rate constants
283       
284                         (const tCf = 0.01371)
285                         (const tDf = -3.368)
286                         (const tEf = 2.302585092)
287
288                         (o_fast_inf = (r (v) * o_inf (v Ehalf c)))
289                       
290                         (tau_f =  (tau (v tCf tDf tEf)) )
291
292                         (d (o_fast) = ((o_fast_inf - o_fast) / tau_f)
293                            (initial o_fast_inf))
294                         
295                         (output o_fast)
296
297                         )
298             
299              (component (type pore)
300                         (const  gbar  = 5e-5)
301                         (output gbar))
302             
303              (component (type permeating-ion) (name non-specific)
304                         (const e = -20)
305                         (output e ))
306             
307              ) ;; end HCN1 current
308
309
310             
311   (component (type voltage-clamp) (name HCN1)
312             
313              (const vchold   = -71)
314              (const vcbase   = -69)
315              (const vcinc    = 10)
316              (const vcsteps  = 8)
317              (const vchdur   = 30)
318              (const vcbdur   = 100)
319             
320              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
321              )
322
323
324     
325   (component (type ionic-current) (name HCN2)
326                         
327
328              (const Ehalf = -81.95)
329              (const c = 0.1661)
330             
331              ;; rate constants
332
333              (const rA = -0.0227)
334              (const rB = -1.4694)
335
336              (defun r (potential r1 r2)
337                (if (potential >= -64.70)
338                    then  0.0
339                    else (if (potential <= -108.70)
340                             then 1.0
341                             else (r1 * potential) + r2)))
342
343              (defun o_inf (potential Ehalf c)
344                (1 / (1 + exp((potential - Ehalf) * c))))
345             
346              (component (type gate)
347                         
348
349                         ;; rate constants
350
351                         (const tCs = 0.0152)
352                         (const tDs = -5.2944)
353                         (const tEs = 2.3026)
354                         
355                         (defun tau_slow (potential t1 t2 t3)
356                           (exp (t3 * ((t1 * potential) - t2))))
357
358                         (o_slow_inf = ((1 - r (v rA rB)) * o_inf (v Ehalf c)))
359
360                         (tau_s =  (tau_slow(v tCs tDs tEs)))
361
362                         (d (o_slow) = ((o_slow_inf - o_slow) / tau_s)
363                            (initial o_slow_inf))
364
365                         (output o_slow)
366
367                         )
368             
369              (component (type gate)
370                         
371
372                         ;; rate constants
373
374                         (const tCf = 0.0269)
375                         (const tDf = -5.6111)
376                         (const tEf = 2.3026)
377                         
378                         (defun tau_fast (potential t1 t2 t3)
379                           (exp (t3 * ((t1 * potential) - t2))))
380
381                         (o_fast_inf = (r (v rA rB) * o_inf (v Ehalf c)))
382
383                         (tau_f =  (tau_fast(v tCf tDf tEf)))
384
385                         (d (o_fast) = ((o_fast_inf - o_fast) / tau_f)
386                            (initial o_fast_inf))
387
388                         (output o_fast)
389
390                         )
391             
392              (component (type pore)
393                         (const  gbar  = 8e-5)
394                         (output gbar))
395             
396              (component (type permeating-ion) (name non-specific)
397                         (const e = -20)
398                         (output e ))
399             
400              ) ;; end HCN2 current
401
402
403
404   (component (type voltage-clamp) (name HCN2)
405             
406              (const vchold   = -71)
407              (const vcbase   = -69)
408              (const vcinc    = 10)
409              (const vcsteps  = 8)
410              (const vchdur   = 30)
411              (const vcbdur   = 100)
412             
413              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
414              )
415
416   
417
418   (component (type ionic-current) (name KA )
419
420              (defun sigm (x y) (1 / (exp (x / y) + 1)))
421             
422              (component (type gate)
423                         
424                         ;; rate constants
425                         
426                         (Q10 = (pow (3 ((celsius - 25.5) / 10))))
427
428                         (const Aalpha_a  = 0.8147)
429                         (const Kalpha_a  = -23.32708)
430                         (const V0alpha_a = -9.17203)
431                         (const Abeta_a   = 0.1655)
432                         (const Kbeta_a   = 19.47175)
433                         (const V0beta_a  = -18.27914)
434
435                         (const Aalpha_b  = 0.0368)
436                         (const Kalpha_b  = 12.8433)
437                         (const V0alpha_b = -111.33209)
438                         (const Abeta_b   = 0.0345)
439                         (const Kbeta_b   = -8.90123)
440                         (const V0beta_b  = -49.9537)
441
442                         (const V0_ainf = -38)
443                         (const  K_ainf = -17)
444
445                         (const V0_binf   = -78.8)
446                         (const K_binf    = 8.4)
447
448                         
449                         ;; rate functions
450
451                         (defun alpha_a (v Q10)
452                           (Q10 * Aalpha_a * sigm((v - V0alpha_a) Kalpha_a)))
453
454                         (defun beta_a (v Q10)
455                           (Q10 * (Abeta_a / exp((v - V0beta_a) / Kbeta_a))))
456
457                         (defun alpha_b (v Q10)
458                           (Q10 * Aalpha_b * sigm((v - V0alpha_b) Kalpha_b)))
459
460                         (defun beta_b (v Q10)
461                           (Q10 * Abeta_b * sigm((v - V0beta_b) Kbeta_b)))
462
463
464
465                         (a_inf = (1 / (1 + exp ((v - V0_ainf) / K_ainf))))
466                         (tau_a = (1 / (alpha_a (v Q10) + beta_a (v Q10)) ))
467                         (b_inf = (1 / (1 + exp ((v - V0_binf) / K_binf))))
468                         (tau_b = (1 / (alpha_b (v Q10) + beta_b (v Q10)) ))
469
470
471                         (hh-ionic-gate
472                          (KA  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
473                           (initial-m  (a_inf))
474                           (initial-h  (b_inf))
475                           (m-power    3)
476                           (h-power    1)
477                           (m-inf      a_inf)
478                           (m-tau      tau_a)
479                           (h-inf      b_inf)
480                           (h-tau      tau_b)
481                           ))
482
483                         )
484
485                     
486              (component (type pore)
487                         (const  gbar  = 0.008)
488                         (output gbar ))
489
490             
491              (component (type permeating-ion) (name k)
492                         (const e = -84.69)
493                         (output e ))
494             
495              ) ;; end KA current
496             
497
498
499   (component (type voltage-clamp) (name KA)
500             
501              (const vchold   = -71)
502              (const vcbase   = -69)
503              (const vcinc    = 10)
504              (const vcsteps  = 8)
505              (const vchdur   = 30)
506              (const vcbdur   = 100)
507             
508              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
509              )
510
511   
512
513   (component (type ionic-current) (name KCa )
514
515      (input
516       (cai from ion-pools))
517             
518      (component (type gate)
519
520                 ;; rate constants
521                 (Q10 = (pow (3 ((celsius - 30) / 10))))
522                 
523                 (const Aalpha_c = 7)
524                 (const Balpha_c = 1.5e-3)
525                 
526                 (const Kalpha_c =  -11.765)
527                 
528                 (const Abeta_c = 1.)
529                 (const Bbeta_c = 0.15e-3)
530
531                 (const Kbeta_c = -11.765)
532                 
533                 ;; rate functions
534                 (defun alpha_c (v cai Q10)
535                   (Q10 * Aalpha_c / (1 + (Balpha_c * exp(v / Kalpha_c) / cai))))
536                 
537                 (defun beta_c (v cai Q10)
538                   (Q10 * Abeta_c / (1 + (cai / (Bbeta_c * exp (v / Kbeta_c))) )))
539             
540                 (c_inf = ((alpha_c (v cai Q10)) / (alpha_c (v cai Q10) + beta_c (v cai Q10)) ))
541                 (tau_c = (1 / (alpha_c (v cai Q10) + beta_c (v cai Q10)) ))
542
543                 (hh-ionic-gate
544                  (KCa  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
545                   (initial-m  c_inf)
546                   (m-power    1)
547                   (h-power    0)
548                   (m-inf      c_inf)
549                   (m-tau      tau_c)
550                   ))
551                 
552                 )
553     
554      (component (type pore)
555                 (const  gbar  = 0.003)
556                 (output gbar ))
557     
558     
559      (component (type permeating-ion) (name k)
560                 (const e = -84.69)
561                 (output e ))
562     
563      (component (type modulating-ion) (name ca) )
564     
565      ) ;; end KCa current
566   
567   (component (type voltage-clamp) (name KCa)
568             
569              (const vchold   = -71)
570              (const vcbase   = -69)
571              (const vcinc    = 10)
572              (const vcsteps  = 8)
573              (const vchdur   = 30)
574              (const vcbdur   = 100)
575             
576              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
577              )
578
579
580   (component (type ionic-current) (name KM )
581             
582              (component (type gate)
583
584                         ;; rate constants
585                         (const Aalpha_n = 0.0033)
586
587                         (const Kalpha_n  = 40)
588                         (const V0alpha_n = -30)
589                         (const Abeta_n   = 0.0033)
590
591                         (const Kbeta_n  = -20)
592                         (const V0beta_n = -30)
593                         (const V0_ninf  = -35)
594                         (const   B_ninf = 6)
595                         
596                         (Q10 = (pow (3 ((celsius - 22) / 10))))
597                         
598                         ;; rate equations
599                         (defun alpha_n (v Q10)
600                           (Q10 * Aalpha_n * exp((v - V0alpha_n) / Kalpha_n) ))
601
602                         (defun beta_n (v Q10)
603                           (Q10 * Abeta_n * exp((v - V0beta_n) / Kbeta_n) ))
604
605                         (hh-ionic-gate
606                          (KM  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
607                           (initial-m  ((1 / (1 + exp((neg (v - V0_ninf)) / B_ninf)))))
608                           (m-power    1)
609                           (h-power    0)
610                           (m-tau      ((1 / (alpha_n(v Q10) + beta_n (v Q10)) )))
611                           (m-inf      ((1 / (1 + exp((neg (v - V0_ninf)) / B_ninf)))))
612                           ))
613                         )
614             
615              (component (type pore)
616                         (const  gbar  = 0.001)
617                         (output gbar ))
618             
619              (component (type permeating-ion) (name k)
620                         (const e = -84.69)
621                         (output e ))
622             
623              ) ;; end KM current
624
625
626
627   (component (type voltage-clamp) (name KM)
628             
629              (const vchold   = -71)
630              (const vcbase   = -69)
631              (const vcinc    = 10)
632              (const vcsteps  = 8)
633              (const vchdur   = 30)
634              (const vcbdur   = 100)
635             
636              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
637              )
638
639   
640
641   (component (type ionic-current) (name KV )
642             
643              (defun linoid (x y)
644                (if ((abs (x / y)) < 1e-6)
645                    then (y * (1 - ((x / y) / 2)))
646                    else (x / (exp (x / y) - 1))
647                    ))
648
649
650              (component (type gate)
651
652                         ;; rate constants
653
654                         (const Aalpha_n = -0.01)
655                         (const Kalpha_n = -10)
656                         (const V0alpha_n = -26)
657                         (const Abeta_n = 0.125)
658       
659                         (const Kbeta_n = -80)
660                         (const V0beta_n = -36)
661
662                         ;; rate functions
663                         (Q10 = (pow (3 ((celsius - 6.3) / 10))))
664
665                         (defun alpha_n (v Q10)
666                           (Q10 * Aalpha_n * linoid ((v - V0alpha_n) Kalpha_n)))
667
668                         (defun beta_n (v Q10)
669                           (Q10 * Abeta_n * exp((v - V0beta_n) / Kbeta_n) ))
670
671                         (n_inf = ((alpha_n (v Q10)) / (alpha_n (v Q10) + beta_n (v Q10)) ))
672                         (tau_n = (1 / (alpha_n (v Q10) + beta_n (v Q10)) ))
673
674                         (hh-ionic-gate
675                          (KV  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
676                           (initial-m  n_inf)
677                           (m-power    4)
678                           (h-power    0)
679                           (m-inf     (n_inf))
680                           (m-tau     (tau_n))
681                           ))
682                         )
683
684              (component (type pore)
685                         (const  gbar  = 0.032)
686                         (output gbar ))
687             
688              (component (type permeating-ion) (name k)
689                         (const e = -84.69)
690                         (output e ))
691             
692              ) ;; end KV current
693             
694
695   (component (type voltage-clamp) (name KV)
696             
697              (const vchold   = -71)
698              (const vcbase   = -69)
699              (const vcinc    = 10)
700              (const vcsteps  = 8)
701              (const vchdur   = 30)
702              (const vcbdur   = 100)
703             
704              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
705              )
706
707
708
709   
710   (component (type ionic-current) (name SK2 )
711
712      (input
713       (cai from ion-pools))
714             
715      (component (type gate)
716
717                 (Q10 = (pow (3 ((celsius - 23) / 10))))
718                 
719                 (const diff = 3) ;; Diffusion factor
720                 
721                 ;; rates ca-independent
722                 (const invc1 = 80e-3)
723                 (const invc2 = 80e-3)
724                 (const invc3 = 200e-3)
725
726                 (const invo1 = 1)
727                 (const invo2 = 100e-3)
728                 (const diro1 = 160e-3)
729                 (const diro2 = 1.2)
730
731                 ;; rates ca-dependent
732                 (const dirc2 = 200)
733                 (const dirc3 = 160)
734                 (const dirc4 = 80)
735
736                 (invc1_t = (invc1 * Q10  ))
737                 (invc2_t = (invc2 * Q10 ))
738                 (invc3_t = (invc3 * Q10 ))
739                 (invo1_t = (invo1 * Q10 ))
740                 (invo2_t = (invo2 * Q10 ))
741                 (diro1_t = (diro1 * Q10 ))
742                 (diro2_t = (diro2 * Q10 ))
743                 (dirc2_t = (dirc2 * Q10 ))
744                 (dirc3_t = (dirc3 * Q10 ))
745                 (dirc4_t = (dirc4 * Q10 ))
746
747
748                 (dirc2_t_ca = (dirc2_t * (cai / diff) ))
749                 (dirc3_t_ca = (dirc3_t * (cai / diff) ))
750                 (dirc4_t_ca = (dirc4_t * (cai / diff) ))
751
752                 
753                 (reaction
754                  (SK2_z
755                   (transitions
756                    (<-> c1 c2 dirc2_t_ca invc1_t)
757                    (<-> c2 c3 dirc3_t_ca invc2_t)
758                    (<-> c3 c4 dirc4_t_ca invc3_t)
759                    (<-> c3 o1 diro1_t invo1_t)
760                    (<-> c4 o2 diro2_t invo2_t)
761                    )
762                   (conserve  ((1 = (c1 + c2 + c3 + c4 + o2 + o1))))
763                   (open o1 o2)
764                   (power 1)))
765                 
766                 (output SK2_z)
767                 
768                 )
769
770      (component (type pore)
771                 (const  gbar  = 0.038)
772                 (output gbar ))
773     
774     
775      (component (type permeating-ion) (name k)
776                 (const e = -84.69)
777                 (output e ))
778
779      (component (type modulating-ion) (name ca) )
780     
781      ) ;; end SK2 current
782
783
784
785   (component (type voltage-clamp) (name SK2)
786           
787              (const vchold   = -71)
788              (const vcbase   = -69)
789              (const vcinc    = 10)
790              (const vcsteps  = 8)
791              (const vchdur   = 30)
792              (const vcbdur   = 100)
793             
794              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur)
795              )
796   
797   (component (type ionic-current) (name Na )
798             
799             
800              (defun linoid (x y)
801                (if ((abs (x / y)) < 1e-6)
802                    then (y * (1 - ((x / y) / 2)))
803                    else (x / (1 - exp (x / y) ))
804                    ))
805             
806             
807              (component (type gate)
808             
809              ;; rate constants
810                         
811                         (Q10 = (pow (3 ((celsius - 20) / 10))))
812
813                         (const Aalpha_u  = 0.3)
814                         (const Kalpha_u  = -10)
815                         (const V0alpha_u = -25)
816       
817                         (const Abeta_u  = 12)
818                         (const Kbeta_u  = -18.182)
819                         (const V0beta_u = -50)
820
821                         (const Aalpha_v  = 0.21)
822                         (const Kalpha_v  = -3.333)
823                         (const V0alpha_v = -50)
824 
825                         (const Abeta_v  = 3)
826                         (const Kbeta_v  = -5)
827                         (const V0beta_v = -17)
828
829                         ;; rate functions
830                         (defun alpha_u (v Q10)
831                           (Q10 * Aalpha_u * linoid((v - V0alpha_u) Kalpha_u) ))
832
833                         (defun beta_u (v Q10)
834                           (Q10 * Abeta_u * exp((v - V0beta_u) / Kbeta_u) ))
835
836                         (defun alpha_v (v Q10)
837                           (Q10 * Aalpha_v * exp((v - V0alpha_v) / Kalpha_v) ))
838                               
839                         (defun beta_v (v Q10)
840                           (Q10 * Abeta_v / (1 + exp((v - V0beta_v) / Kbeta_v) )))
841
842                         (u_inf = ((alpha_u (v Q10)) / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10)) ))
843                         (tau_u = (1 / (alpha_u (v Q10) + beta_u (v Q10))))
844
845                         (v_inf = ((alpha_v (v Q10)) / (alpha_v (v Q10) + beta_v (v Q10)) ))
846                         (tau_v = (1 / (alpha_v (v Q10) + beta_v (v Q10)) ))
847                         
848                         (hh-ionic-gate
849                          (Na  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
850                           (initial-m  (u_inf))
851                           (initial-h  (v_inf))
852                           (m-power    3)
853                           (h-power    1)
854                           (m-inf     (u_inf))
855                           (m-tau     (tau_u))
856                           (h-inf     (v_inf))
857                           (h-tau     (tau_v))
858                           ))
859                         
860                         )
861             
862              (component (type pore)
863                         (const  gbar  = 0.048)
864                         (output gbar ))
865
866             
867              (component (type permeating-ion) (name na)
868                         (const e = 87.39)
869                         (output e ))
870             
871              ) ;; end Na current
872
873
874   (component (type voltage-clamp) (name Na)
875
876              (const vchold   = -71)
877              (const vcbase   = -60)
878              (const vcinc    = 10)
879              (const vcsteps  = 9)
880              (const vchdur   = 30)
881              (const vcbdur   = 100)
882           
883              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur))
884
885   
886   (component (type ionic-current) (name NaP )
887             
888              (defun linoid (x y)
889                (if ((abs (x / y)) < 1e-6)
890                    then (y * (1 - ((x / y) / 2)))
891                    else (x / (exp (x / y) - 1))
892                    ))
893
894
895              (component (type gate)
896
897                         ;; rate constants
898                         ( Q10 = (pow (3 ((celsius - 30) / 10))))
899
900                         (const Aalpha_m  = -0.91)
901                         (const Kalpha_m  = -5)
902                         (const V0alpha_m = -40)
903                         (const Abeta_m   = 0.62)
904                         (const Kbeta_m   = 5)
905                         (const V0beta_m  = -40)
906                         (const V0_minf   = -43)
907                         (const B_minf    = 5)
908
909                         ;; rate functions
910
911                         (defun alpha_m (v Q10)
912                           (Q10 * Aalpha_m * linoid( ( v - V0alpha_m ) Kalpha_m) ))
913
914                         (defun beta_m (v Q10)
915                           (Q10 * Abeta_m * linoid( ( v - V0beta_m )  Kbeta_m ) ))
916
917                         (hh-ionic-gate
918                          (NaP  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
919                           (initial-m  ((1 / (1 + exp ((neg (v - V0_minf)) / B_minf)))))
920                           (m-power    1)
921                           (h-power    0)
922                           (m-inf     ((1 / (1 + exp ((neg (v - V0_minf)) / B_minf)))))
923                           (m-tau     ((5 / (alpha_m (v Q10) + beta_m (v Q10)) )))
924                           ))
925                         )
926
927              (component (type pore)
928                         (const  gbar  = 0.00019)
929                         (output gbar ))
930
931              (component (type permeating-ion) (name na)
932                         (const e = 87.39)
933                         (output e ))
934             
935              ) ;; end NaP current
936
937
938   (component (type voltage-clamp) (name NaP)
939
940              (const vchold   = -71)
941              (const vcbase   = -60)
942              (const vcinc    = 10)
943              (const vcsteps  = 9)
944              (const vchdur   = 30)
945              (const vcbdur   = 100)
946           
947              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur))
948
949   
950   (component (type ionic-current) (name NaR )
951             
952              (component (type gate)
953
954                         ;; rate constants
955                         (Q10 = (pow (3 ((celsius - 20) / 10))))
956
957                         (const Aalpha_s     = -0.00493)
958                         (const V0alpha_s    = -4.48754)
959                         (const Kalpha_s     = -6.81881)
960                         (const Shiftalpha_s = 0.00008)
961
962                         (const Abeta_s     = 0.01558)
963                         (const V0beta_s    = 43.97494)
964                         (const Kbeta_s     =  0.10818)
965                         (const Shiftbeta_s = 0.04752)
966
967                         (const Aalpha_f  = 0.31836)
968                         (const V0alpha_f = -80)
969                         (const Kalpha_f  = -62.52621)
970
971                         (const Abeta_f  = 0.01014)
972                         (const V0beta_f = -83.3332)
973                         (const Kbeta_f  = 16.05379)
974
975                         ;; rate functions
976                         (defun alpha_s (v Q10)
977                           (Q10 * (Shiftalpha_s + ((Aalpha_s * ((v + V0alpha_s) )) / (exp ((v + V0alpha_s) / Kalpha_s) - 1)))))
978
979                         (defun beta_s (v Q10)
980                           (let ((x1 ((v + V0beta_s) / Kbeta_s)))
981                             (Q10 * (Shiftbeta_s + Abeta_s * ((v + V0beta_s) / (exp((if (x1 > 200) then 200 else x1)) - 1))))))
982
983                         (defun alpha_f (v Q10)
984                           (Q10 * Aalpha_f * exp( ( v - V0alpha_f ) / Kalpha_f)))
985
986                         (defun beta_f (v Q10)
987                           (Q10 * Abeta_f * exp( ( v - V0beta_f ) / Kbeta_f )  ))
988
989                         (s_inf = ((alpha_s (v Q10)) / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
990                         (tau_s = (1 / (alpha_s (v Q10) + beta_s (v Q10)) ))
991                         (f_inf = ((alpha_f (v Q10)) / (alpha_f (v Q10) + beta_f (v Q10)) ))
992                         (tau_f = (1 / (alpha_f (v Q10) + beta_f (v Q10)) ))
993
994                         (hh-ionic-gate
995                          (NaR  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
996                           (initial-m  (s_inf))
997                           (initial-h  (f_inf))
998                           (m-power    1)
999                           (h-power    1)
1000                           (m-inf     (s_inf))
1001                           (m-tau     (tau_s))
1002                           (h-inf     (f_inf))
1003                           (h-tau     (tau_f))
1004
1005                           ))
1006                         )
1007
1008              (component (type pore)
1009                         (const  gbar  = 0.0017)
1010                         (output gbar ))
1011
1012              (component (type permeating-ion) (name na)
1013                         (const e = 87.39)
1014                         (output e ))
1015             
1016              ) ;; end Nar current
1017
1018
1019   (component (type voltage-clamp) (name NaR)
1020
1021              (const vchold   = -71)
1022              (const vcbase   = -60)
1023              (const vcinc    = 10)
1024              (const vcsteps  = 9)
1025              (const vchdur   = 30)
1026              (const vcbdur   = 100)
1027           
1028              (output vchold vcbase vcinc vcsteps vchdur vcbdur))
1029
1030     
1031   (component (type ionic-current) (name Lkg)
1032             
1033              (component (type pore)
1034                         (const  gbar  = (21e-6))
1035                         (output gbar))
1036             
1037              (component (type permeating-ion) (name non-specific)
1038                         (const e = -55)
1039                         (output e ))
1040             
1041              ) ;; end leak current
1042   )
1043
1044   ;; Following are templates for various driver scripts used to run this model
1045   (
1046    ("template.hoc" () 
1047#<<EOF
1048/*******Cerebellar Golgi Cell Model **********
1049
1050Developers:    Sergio Solinas & Egidio D'Angelo
1051Code contributors:  Thierry Neius, Shyam Diwakar, Lia Forti
1052Data Analysis: Sergio Solinas
1053
1054Work Progress: April 2004 - May 2007
1055
1056Developed At:  Università Degli Studi Di Pavia
1057               Dipartimento Di Scienze Fisiologiche
1058               Pavia - Italia
1059               
1060Model Published in:
1061             Sergio M. Solinas, Lia Forti, Elisabetta Cesana,
1062             Jonathan Mapelli, Erik De Schutter and Egidio D`Angelo (2008)
1063             Computational reconstruction of pacemaking and intrinsic
1064             electroresponsiveness in cerebellar golgi cells
1065             Frontiers in Cellular Neuroscience 2:2
1066
1067
1068********************************************/
1069
1070// In this configuration the ion channels
1071// were not corrected for the Liquid Junction potential.
1072// The ion reversal potential were corrected in agreement
1073// with the voltage shift.
1074// See Table 1 Solinas et al. 2008 Frontiers Neurosci 2:2
1075
1076begintemplate GoC
1077public soma,axon,elec,seal,dend
1078public SpikeTrain, RT_Vm, EL_Vm
1079
1080create soma
1081create axon
1082create elec,seal
1083create dend[3]
1084
1085objref SpikeTrain, netcon, nil
1086objref RT_Vm, EL_Vm
1087
1088proc init() {
1089
1090    RT_Vm = new Vector()
1091    EL_Vm = new Vector()
1092    create soma
1093    soma {
1094        nseg = 1
1095        diam = 27 // 22 pF Dieudonne98
1096        L = 27
1097        Ra = 100 // From Roth&Hausser2000
1098        celsius = 23
1099       
1100        insert Golgi
1101       
1102        cai0_ca_ion = 50e-6
1103        ca2i0_ca2_ion = cai0_ca_ion
1104       
1105        cai0_Golgi_Ca = cai0_ca_ion
1106        ca2i0_Golgi_Ca2 = cai0_ca_ion
1107       
1108        cai = cai0_ca_ion
1109        ca2i = cai
1110        ca2o = cao
1111       
1112        ena =  87.39
1113        ek  = -84.69
1114
1115        SpikeTrain = new Vector()
1116        netcon = new NetCon(&v(0.5),nil)
1117        netcon.threshold=-20
1118        netcon.record(SpikeTrain)
1119       
1120        RT_Vm.record(&v(0.5))
1121    }
1122   
1123    create dend[3]
1124    for i=0,2 {
1125        dend[i] {
1126            nseg = 10
1127            diam = 3
1128            L = 113
1129            Ra = 100
1130            celsius = 23
1131           
1132            insert Golgi_Lkg
1133        }
1134        connect dend[i](0), soma(1)     
1135    }
1136   
1137   
1138    create axon
1139    axon {
1140        nseg = 100
1141        diam = 2.4 // gives 90 pF to get to the 145 pF Forti06
1142        L = 1200
1143        Ra = 100
1144        celsius = 23
1145       
1146        insert Golgi_Lkg
1147    }
1148   
1149    connect axon(0), soma(0)
1150   
1151    create elec,seal
1152    elec {
1153        nseg = 1
1154        diam = 3
1155        L = 1000
1156        Ra = 36
1157        cm = 0.0015
1158        celsius = 23
1159        EL_Vm.record(&v(0.5))
1160
1161    }
1162       
1163    seal {
1164        nseg = 1
1165        diam = 3
1166        L = 1
1167        Ra = 1
1168        cm = 0.0001
1169        celsius = 23
1170       
1171    }
1172       
1173    connect seal(1), soma(1)
1174    connect elec(1), seal(0)
1175
1176}
1177
1178                   
1179endtemplate GoC
1180EOF
1181)
1182    ("protocol.hoc" () 
1183#<<EOF
1184load_file("nrngui.hoc")
1185load_file("Golgi_protocol.ses")
1186
1187// Load the Golgi cell template
1188xopen("Golgi_template.hoc")
1189objref goc
1190goc = new GoC()
1191
1192
1193prelength = 1000
1194mainlength = 2000
1195
1196
1197//**********************************************************************
1198proc simulate() { local preDT, mainDT, logsize  localobj logfile, tlog, Vlog, iklog, inalog, icalog, ica2log
1199   
1200    mainDT = 0.025
1201    preDT = 0.025
1202   
1203    dt = preDT
1204    tstop = prelength
1205    run()
1206   
1207   
1208    if ( stoprun == 1) return
1209   
1210    dt = mainDT
1211    continuerun(prelength + mainlength)
1212    if ( stoprun == 1) return
1213   
1214    logfile=$o1
1215    tlog=$o2
1216    Vlog=$o3
1217    iklog=$o4
1218    inalog=$o5
1219    icalog=$o6
1220    ica2log=$o7
1221   
1222    logsize = tlog.size()
1223   
1224    for i=0,tlog.size()-1 {
1225        logfile.printf("%g %g %g %g %g\n", tlog.x[i], Vlog.x[i], iklog.x[i], inalog.x[i], icalog.x[i], ica2log.x[i])
1226    }
1227
1228}
1229
1230
1231//*************User-Interface*******************************************
1232
1233nrnsecmenu(0.5, 1)
1234
1235xpanel("Spontaneous firing")
1236xvalue("Time for Initialization", "prelength")
1237xvalue("Main duration", "mainlength")
1238
1239xvalue("dt", "dt")
1240xvalue("t", "t")
1241xlabel("")
1242xbutton("Start", "simulate()")
1243xbutton("Stop", "stoprun = 1")
1244xpanel()
1245
1246vec_sizes = (prelength+mainlength)/dt + 1       // recorded traces are all this size
1247
1248
1249objref  iklog
1250iklog = new Vector(vec_sizes)
1251iklog.record (&goc.soma.ik(0.5))
1252
1253objref  inalog
1254inalog = new Vector(vec_sizes)
1255inalog.record (&goc.soma.ina(0.5))
1256
1257objref  icalog
1258icalog = new Vector(vec_sizes)
1259icalog.record (&goc.soma.ica(0.5))
1260
1261objref  ica2log
1262ica2log = new Vector(vec_sizes)
1263ica2log.record (&goc.soma.ica2(0.5))
1264
1265objref  Vlog
1266Vlog = new Vector(vec_sizes)
1267Vlog.record (&goc.soma.v(0.5))
1268
1269objref tlog
1270tlog = new Vector(vec_sizes,0)
1271tlog.record (&t)
1272
1273objref logfile
1274logfile = new File()
1275logfile.wopen ( "OFF_ON_OFF.dat" )
1276
1277simulate(logfile,tlog,Vlog,iklog,inalog,icalog,ica2log)
1278logfile.close()
1279
1280
1281quit()
1282EOF
1283)
1284    ("protocol.ses" () 
1285#<<EOF
1286{load_file("nrngui.hoc")}
1287objectvar save_window_, rvp_
1288objectvar scene_vector_[4]
1289objectvar ocbox_, ocbox_list_, scene_, scene_list_
1290{ocbox_list_ = new List()  scene_list_ = new List()}
1291{pwman_place(0,0,0)}
1292{
1293save_window_ = new Graph(0)
1294save_window_.size(0,5500,-80,50)
1295scene_vector_[2] = save_window_
1296{save_window_.view(0, -80, 5500, 130, 477, 9, 774.9, 232.3)}
1297graphList[0].append(save_window_)
1298save_window_.save_name("graphList[0].")
1299save_window_.addexpr("v(.5)", 1, 1, 0.8, 0.9, 2)
1300}
1301{doNotify()}
1302EOF
1303)
1304
1305    (".hoc" () 
1306#<<EOF
1307
1308create soma
1309access soma
1310
1311insert {{model}}
1312
1313soma {
1314        nseg = 1
1315
1316{% with diam = default(diam, 9.76), L = default(L, 9.76) %}
1317        diam = {{diam}}
1318        L = {{L}}
1319{% endwith %}
1320
1321        cm = 1
1322
1323        Ra = 100
1324    }
1325EOF
1326)
1327
1328    ("plot_neuron_original_iclamp.ses" () 
1329#<<EOF
1330
1331CaHVA0       = load ("original/CaHVA.dat");
1332CaHVA1       = load ("nemo_nmodl_generated/CaHVA.dat");
1333
1334CaLVA0       = load ("original/CaLVA.dat");
1335CaLVA1       = load ("nemo_nmodl_generated/CaLVA.dat");
1336
1337HCN10       = load ("original/HCN1.dat");
1338HCN11       = load ("nemo_nmodl_generated/HCN1.dat");
1339
1340HCN20       = load ("original/HCN2.dat");
1341HCN21       = load ("nemo_nmodl_generated/HCN2.dat");
1342
1343KA0       = load ("original/KA.dat");
1344KA1       = load ("nemo_nmodl_generated/KA.dat");
1345
1346KCa0       = load ("original/KCa.dat");
1347KCa1       = load ("nemo_nmodl_generated/KCa.dat");
1348
1349KM0      = load ("original/KM.dat");
1350KM1      = load ("nemo_nmodl_generated/KM.dat");
1351
1352KV0      = load ("original/KV.dat");
1353KV1      = load ("nemo_nmodl_generated/KV.dat");
1354
1355SK20      = load ("original/SK2.dat");
1356SK21      = load ("nemo_nmodl_generated/SK2.dat");
1357
1358Na0      = load ("original/Na.dat");
1359Na1      = load ("nemo_nmodl_generated/Na.dat");
1360
1361NaR0      = load ("original/NaR.dat");
1362NaR1      = load ("nemo_nmodl_generated/NaR.dat");
1363
1364NaP0      = load ("original/NaP.dat");
1365NaP1      = load ("nemo_nmodl_generated/NaP.dat");
1366
1367
1368subplot(3,4,1);
1369plot(CaHVA0(:,1),CaHVA0(:,2),CaHVA1(:,1),CaHVA1(:,2),'linewidth',2);
1370title ("CaHVA current");
1371
1372subplot(3,4,2);
1373plot(CaLVA0(:,1),CaLVA0(:,2),CaLVA1(:,1),CaLVA1(:,2),'linewidth',2);
1374title ("CaLVA current");
1375
1376subplot(3,4,3);
1377plot(HCN10(:,1),HCN10(:,2),HCN11(:,1),HCN11(:,2),'linewidth',2);
1378title ("HCN1 current");
1379
1380subplot(3,4,4);
1381plot(HCN20(:,1),HCN20(:,2),HCN21(:,1),HCN21(:,2),'linewidth',2);
1382title ("HCN2 current");
1383
1384subplot(3,4,5);
1385plot(KA0(:,1),KA0(:,2),KA1(:,1),KA1(:,2),'linewidth',2);
1386title ("KA current");
1387
1388subplot(3,4,6);
1389plot(KCa0(:,1),KCa0(:,2),KCa1(:,1),KCa1(:,2),'linewidth',2);
1390title ("KCa current");
1391
1392subplot(3,4,7);
1393plot(KM0(:,1),KM0(:,2),KM1(:,1),KM1(:,2),'linewidth',2);
1394title ("KM current");
1395
1396subplot(3,4,8);
1397plot(KV0(:,1),KV0(:,2),KV1(:,1),KV1(:,2),'linewidth',2);
1398title ("KV current");
1399
1400subplot(3,4,9);
1401plot(SK20(:,1),SK20(:,2),SK21(:,1),SK21(:,2),'linewidth',2);
1402title ("SK2 current");
1403
1404subplot(3,4,10);
1405plot(Na0(:,1),Na0(:,2),Na1(:,1),Na1(:,2),'linewidth',2);
1406title ("Na current");
1407
1408subplot(3,4,11);
1409plot(NaR0(:,1),NaR0(:,2),NaR1(:,1),NaR1(:,2),'linewidth',2);
1410title ("NaR current");
1411
1412subplot(3,4,12);
1413plot(NaP0(:,1),NaP0(:,2),NaP1(:,1),NaP1(:,2),'linewidth',2);
1414title ("NaP current");
1415
1416print  ("NEURON_Original_Iclamp.eps", "-depsc");
1417EOF
1418)
1419
1420
1421
1422    ("plot_neuron_original_vclamp.ses" () 
1423#<<EOF
1424
1425CaHVA0       = load ("original/CaHVA.dat");
1426CaHVA1       = load ("nemo_nmodl_generated/CaHVA.dat");
1427
1428CaLVA0       = load ("original/CaLVA.dat");
1429CaLVA1       = load ("nemo_nmodl_generated/CaLVA.dat");
1430
1431HCN10       = load ("original/HCN1.dat");
1432HCN11       = load ("nemo_nmodl_generated/HCN1.dat");
1433
1434HCN20       = load ("original/HCN2.dat");
1435HCN21       = load ("nemo_nmodl_generated/HCN2.dat");
1436
1437KA0       = load ("original/KA.dat");
1438KA1       = load ("nemo_nmodl_generated/KA.dat");
1439
1440KCa0       = load ("original/KCa.dat");
1441KCa1       = load ("nemo_nmodl_generated/KCa.dat");
1442
1443KM0      = load ("original/KM.dat");
1444KM1      = load ("nemo_nmodl_generated/KM.dat");
1445
1446KV0      = load ("original/KV.dat");
1447KV1      = load ("nemo_nmodl_generated/KV.dat");
1448
1449SK20      = load ("original/SK2.dat");
1450SK21      = load ("nemo_nmodl_generated/SK2.dat");
1451
1452Na0      = load ("original/Na.dat");
1453Na1      = load ("nemo_nmodl_generated/Na.dat");
1454
1455NaR0      = load ("original/NaR.dat");
1456NaR1      = load ("nemo_nmodl_generated/NaR.dat");
1457
1458NaP0      = load ("original/NaP.dat");
1459NaP1      = load ("nemo_nmodl_generated/NaP.dat");
1460
1461
1462subplot(3,4,1);
1463plot(CaHVA0(:,1),CaHVA0(:,2),CaHVA1(:,1),CaHVA1(:,2),'linewidth',2);
1464title ("CaHVA current");
1465
1466subplot(3,4,2);
1467plot(CaLVA0(:,1),CaLVA0(:,2),CaLVA1(:,1),CaLVA1(:,2),'linewidth',2);
1468title ("CaLVA current");
1469
1470subplot(3,4,3);
1471plot(HCN10(:,1),HCN10(:,2),HCN11(:,1),HCN11(:,2),'linewidth',2);
1472title ("HCN1 current");
1473
1474subplot(3,4,4);
1475plot(HCN20(:,1),HCN20(:,2),HCN21(:,1),HCN21(:,2),'linewidth',2);
1476title ("HCN2 current");
1477
1478subplot(3,4,5);
1479plot(KA0(:,1),KA0(:,2),KA1(:,1),KA1(:,2),'linewidth',2);
1480title ("KA current");
1481
1482subplot(3,4,6);
1483plot(KCa0(:,1),KCa0(:,2),KCa1(:,1),KCa1(:,2),'linewidth',2);
1484title ("KCa current");
1485
1486subplot(3,4,7);
1487plot(KM0(:,1),KM0(:,2),KM1(:,1),KM1(:,2),'linewidth',2);
1488title ("KM current");
1489
1490subplot(3,4,8);
1491plot(KV0(:,1),KV0(:,2),KV1(:,1),KV1(:,2),'linewidth',2);
1492title ("KV current");
1493
1494subplot(3,4,9);
1495plot(SK20(:,1),SK20(:,2),SK21(:,1),SK21(:,2),'linewidth',2);
1496title ("SK2 current");
1497
1498subplot(3,4,10);
1499plot(Na0(:,1),Na0(:,2),Na1(:,1),Na1(:,2),'linewidth',2);
1500title ("Na current");
1501
1502subplot(3,4,11);
1503plot(NaR0(:,1),NaR0(:,2),NaR1(:,1),NaR1(:,2),'linewidth',2);
1504title ("NaR current");
1505
1506subplot(3,4,12);
1507plot(NaP0(:,1),NaP0(:,2),NaP1(:,1),NaP1(:,2),'linewidth',2);
1508title ("NaP current");
1509
1510print  ("NEURON_Original_Vclamp.eps", "-depsc");
1511
1512EOF
1513)
1514
1515))
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.