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Updated neuron hoc files for carelli05 example.

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1
2;;
3;; _ Whole Cell Stochastic Model Reproduces the Irregularities Found
4;; in the Membrane Potential of Bursting Neurons_
5;;
6;; Pedro V. Carelli, Marcelo B. Reyes, Jose C. Sartorelli, and Reynaldo D. Pinto
7;;
8;; J Neurophysiol 94: 1169 1179, 2005.
9;;
10
11(nemo-model Carelli05
12
13  ((input v  (ica from ion-currents))
14
15   (const Vrest   = -68)
16
17       
18   (component (type membrane-capacitance)
19              (const C_m = 1) ;; Specific membrane capacitance, 1 uF/cm^2
20              (output C_m))
21                   
22   (component (type decaying-pool) (name ca)
23
24              ;; Ca2+ concentration, uM
25              (const Ca0    = 0.5)
26              (const f      = 14.96) ;; uM/nA
27              (const tau_Ca = 200) ;; ms
28
29              ;; Calcium buffer
30              (d (Ca) = ((neg (1 / tau_Ca)) * ((f * ica) + Ca + (neg (Ca0))))
31                 (initial 370))
32
33              ;; Assuming external Ca2+ concentration of 3000 uM
34              (E_Ca = (12.5 * (ln (3000 / Ca))))
35             
36              (output Ca)
37
38              )
39
40   ;; Ionic conductances, mS/cm^2
41   
42   (component (type ion-channel) (name Na)
43             
44              (component (type gate)
45
46                         (hh-ionic-gate
47                          (Na  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
48                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 25.5) / -5.29)))))
49                           (initial-h (1 / (1 + (exp ((Vrest + 48.9) / 5.18)))))
50                           (m-power   3)
51                           (h-power   1)
52                           (m-inf     (1 / (1 + (exp ((v + 25.5) / -5.29)))))
53                           (m-tau     (2.64 - (2.52 / (1 + (exp ((v + 120) / -25))))))
54                           (h-inf     (1 / (1 + (exp ((v + 48.9) / 5.18)))))
55                           (h-tau     ((1.34 / (1 + (exp ((v + 62.9) / -10)))) *
56                                         (1.5 + (1 / (1 + (exp ((v + 34.9) / 3.6)))))))))
57                         )
58             
59              (component (type pore)
60                         (const  gbar_Na  = 200)
61                         (output gbar_Na ))
62             
63              (component (type permeating-substance) (name na)
64                         (const e_Na = 50)
65                         (output e_Na ))
66             
67              ) ;; end Na current
68
69
70   (component (type ion-channel) (name CaT)
71             
72              (component (type gate)
73
74                         (hh-ionic-gate
75                          (CaT
76                           (m-power 3)
77                           (h-power 1)
78                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 27.1) / -7.2)))))
79                           (initial-h (1 / (1 + (exp ((Vrest + 32.1) / 5.5)))))
80                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 27.1) / -7.2)))))
81                           (h-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 32.1) / 5.5)))))
82                           (m-tau  (43.4 - (42.6 / (1 + (exp ((v + 68.1) / -20.5))))))
83                           (h-tau  (210 -  (179.6 / (1 + (exp ((v + 55) / -16.9))))))))
84                         )
85
86              (component (type pore)
87                         (const  gbar_CaT  = 2.5)
88                         (output gbar_CaT ))
89             
90              (component (type permeating-substance) (name ca)
91                         (e_CaT = E_Ca)
92                         (output e_CaT ))
93
94              ) ;; end CaT current
95   
96                   
97   (component (type ion-channel) (name CaS)
98             
99              (component (type gate)
100
101                         (hh-ionic-gate
102                          (CaS
103                           (m-power 3)
104                           (h-power 1)
105                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 33) / -8.1)))))
106                           (initial-h (1 / (1 + (exp ((Vrest + 60) / 6.2)))))
107                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 33) / -8.1)))))
108                           (h-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 60) / 6.2)))))
109                           (m-tau  (2.8 +  (14  / ((exp ((v + 27) / 10)) + (exp ((v + 70) / -13))))))
110                           (h-tau  (120 +  (300 / ((exp ((v + 55) / 9)) + (exp ((v + 65) / -16))))))))
111                         )
112                           
113              (component (type pore)
114                         (const  gbar_CaS  = 4)
115                         (output gbar_CaS ))
116
117              (component (type permeating-substance) (name ca)
118                         (e_CaS = E_Ca)
119                         (output e_CaS ))
120              )
121                   
122
123   (component (type ion-channel) (name KCa)
124
125              (component (type gate)
126
127                         (hh-ionic-gate
128                          (KCa
129                           (m-power 4)
130                           (h-power 0)
131                           (initial-m  ((Ca / (3 + Ca)) * (1 / (1 + (exp ((Vrest + 28.3) / -12.6))))))
132                           (m-inf      ((Ca / (3 + Ca)) * (1 / (1 + (exp ((v + 28.3) / -12.6))))))
133                           (m-tau      (180.6 - (150.2 / (1 + (exp ((v + 46) / -22.7))))))))
134                         )
135     
136              (component (type pore)
137                         (const  gbar_KCa  = 5)
138                         (output gbar_KCa ))
139
140              (component (type permeating-substance) (name k)
141                         (const e_KCa = -80)
142                         (output e_KCa ))
143              )
144
145             
146   (component (type ion-channel) (name Kd)
147                       
148              (component (type gate)
149
150                         (hh-ionic-gate
151                          (Kd
152                           (m-power 4)
153                           (h-power 0)
154                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 12.3) / -11.8)))))
155                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 12.3) / -11.8)))))
156                           (m-tau  (14.4 - (12.8 / (exp ((v + 28.3) / -19.2)))))))
157                         )
158
159              (component (type pore)
160                         (const  gbar_Kd  = 100)
161                         (output gbar_Kd ))
162
163              (component (type permeating-substance) (name k)
164                         (const e_Kd = -80)
165                         (output e_Kd ))
166              )
167
168                                 
169   (component (type ion-channel) (name A)
170                       
171              (component (type gate)
172
173                         (hh-ionic-gate
174                          (A
175                           (gbar 50)
176                           (m-power 3)
177                           (h-power 1)
178                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 27.2) / -8.7)))))
179                           (initial-h (1 / (1 + (exp ((Vrest + 56.9) / 4.9)))))
180                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 27.2) / -8.7)))))
181                           (h-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 56.9) / 4.9)))))
182                           (m-tau  (23.2 - (20.8 / (1 + (exp ((v + 32.9) / -15.2))))))
183                           (h-tau  (77.2 - (58.4 / (1 + (exp ((v + 38.9) / -26.5))))))))
184                         )
185
186              (component (type pore)
187                         (const  gbar_A  = 50)
188                         (output gbar_A ))
189
190              (component (type permeating-substance) (name non-specific)
191                         (const e_A = -80)
192                         (output e_A ))
193              )
194
195   (component (type ion-channel) (name H)
196
197              (component (type gate)
198
199                         (hh-ionic-gate
200                          (H
201                           (m-power 1)
202                           (h-power 0)
203                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 75) / 5.5)))))
204                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 75) / 5.5)))))
205                           (m-tau  (2.2 / ((exp ((v + 169.7) / -11.6)) + (exp ((v - 26.7) / 14.3)))))))
206                         )
207
208              (component (type pore)
209                         (const  gbar_H  = 0.1)
210                         (output gbar_H ))
211
212              (component (type permeating-substance) (name non-specific)
213                         (const e_H = -20)
214                         (output e_H ))
215              )
216
217   
218   (component (type ion-channel) (name Leak)
219             
220              (component (type pore)
221                         (const  gbar_Leak  = 0.1)
222                         (output gbar_Leak ))
223             
224              (component (type permeating-substance) (name non-specific)
225                         (const e_Leak = -50)
226                         (output e_Leak ))
227             
228              ) ;; end leak current
229
230   ))
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.