source: project/release/3/nemo/trunk/examples/carelli05.nemo @ 13050

Last change on this file since 13050 was 13050, checked in by Ivan Raikov, 11 years ago

Fixes to the matlab backend; better error messages in nmodl backend.

File size: 5.6 KB
Line 
1(nemo-model Carelli05
2
3  ((input v  (ica from ion-currents))
4
5   (const Vrest   = -68)
6
7       
8   (component (type membrane-capacitance)
9              (const C_m = 1) ;; Specific membrane capacitance, 1 uF/cm^2
10              (output C_m))
11                   
12   (component (type decaying-pool) (name ca)
13
14              ;; Ca2+ concentration, uM
15              (const Ca0    = 0.5)
16              (const f      = 14.96) ;; uM/nA
17              (const tau_Ca = 200) ;; ms
18
19              ;; Calcium buffer
20              (d (Ca) = ((neg (1 / tau_Ca)) * ((f * ica) + Ca + (neg (Ca0))))
21                 (initial 370))
22
23              ;; Assuming external Ca2+ concentration of 3000 uM
24              (E_Ca = (12.5 * (ln (3000 / Ca))))
25             
26              (output Ca)
27
28              )
29
30   ;; Ionic conductances, mS/cm^2
31   
32   (component (type ion-channel) (name Na)
33             
34              (component (type gate)
35
36                         (hh-ionic-conductance
37                          (Na  ;; ion name: exported variables will be of the form {ion}_{id}
38                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 25.5) / -5.29)))))
39                           (initial-h (1 / (1 + (exp ((Vrest + 48.9) / 5.18)))))
40                           (m-power   3)
41                           (h-power   1)
42                           (m-inf     (1 / (1 + (exp ((v + 25.5) / -5.29)))))
43                           (m-tau     (2.64 - (2.52 / (1 + (exp ((v + 120) / -25))))))
44                           (h-inf     (1 / (1 + (exp ((v + 48.9) / 5.18)))))
45                           (h-tau     ((1.34 / (1 + (exp ((v + 62.9) / -10)))) *
46                                         (1.5 + (1 / (1 + (exp ((v + 34.9) / 3.6)))))))))
47                         )
48             
49              (component (type pore)
50                         (const  gbar_Na  = 200)
51                         (output gbar_Na ))
52             
53              (component (type permeating-substance) (name na)
54                         (const e_Na = 50)
55                         (output e_Na ))
56             
57              ) ;; end Na current
58
59
60   (component (type ion-channel) (name CaT)
61             
62              (component (type gate)
63
64                         (hh-ionic-conductance
65                          (CaT
66                           (m-power 3)
67                           (h-power 1)
68                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 27.1) / -7.2)))))
69                           (initial-h (1 / (1 + (exp ((Vrest + 32.1) / 5.5)))))
70                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 27.1) / -7.2)))))
71                           (h-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 32.1) / 5.5)))))
72                           (m-tau  (43.4 - (42.6 / (1 + (exp ((v + 68.1) / -20.5))))))
73                           (h-tau  (210 -  (179.6 / (1 + (exp ((v + 55) / -16.9))))))))
74                         )
75
76              (component (type pore)
77                         (const  gbar_CaT  = 2.5)
78                         (output gbar_CaT ))
79             
80              (component (type permeating-substance) (name ca)
81                         (e_CaT = E_Ca)
82                         (output e_CaT ))
83
84              ) ;; end CaT current
85   
86                   
87   (component (type ion-channel) (name CaS)
88             
89              (component (type gate)
90
91                         (hh-ionic-conductance
92                          (CaS
93                           (m-power 3)
94                           (h-power 1)
95                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 33) / -8.1)))))
96                           (initial-h (1 / (1 + (exp ((Vrest + 60) / 6.2)))))
97                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 33) / -8.1)))))
98                           (h-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 60) / 6.2)))))
99                           (m-tau  (2.8 +  (14  / ((exp ((v + 27) / 10)) + (exp ((v + 70) / -13))))))
100                           (h-tau  (120 +  (300 / ((exp ((v + 55) / 9)) + (exp ((v + 65) / -16))))))))
101                         )
102                           
103              (component (type pore)
104                         (const  gbar_CaS  = 4)
105                         (output gbar_CaS ))
106
107              (component (type permeating-substance) (name ca)
108                         (e_CaS = E_Ca)
109                         (output e_CaS ))
110              )
111                   
112
113   (component (type ion-channel) (name KCa)
114
115              (component (type gate)
116
117                         (hh-ionic-conductance
118                          (KCa
119                           (m-power 4)
120                           (h-power 0)
121                           (initial-m ((Ca / (3 + Ca)) * (1 / (1 + (exp ((Vrest + 28.3) / -12.6))))))
122                           (m-inf  ((Ca / (3 + Ca)) * (1 / (1 + (exp ((v + 28.3) / -12.6))))))
123                           (m-tau  (180.6 - (150.2 / (1 + (exp ((v + 46) / -22.7))))))))
124                         )
125     
126              (component (type pore)
127                         (const  gbar_KCa  = 5)
128                         (output gbar_KCa ))
129
130              (component (type permeating-substance) (name k)
131                         (const e_KCa = -80)
132                         (output e_KCa ))
133              )
134
135             
136   (component (type ion-channel) (name Kd)
137                       
138              (component (type gate)
139
140                         (hh-ionic-conductance
141                          (Kd
142                           (m-power 4)
143                           (h-power 0)
144                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 12.3) / -11.8)))))
145                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 12.3) / -11.8)))))
146                           (m-tau  (14.4 - (12.8 / (exp ((v + 28.3) / -19.2)))))))
147                         )
148
149              (component (type pore)
150                         (const  gbar_Kd  = 100)
151                         (output gbar_Kd ))
152
153              (component (type permeating-substance) (name k)
154                         (const e_Kd = -80)
155                         (output e_Kd ))
156              )
157
158                                 
159   (component (type ion-channel) (name A)
160                       
161              (component (type gate)
162
163                         (hh-ionic-conductance
164                          (A
165                           (gbar 50)
166                           (m-power 3)
167                           (h-power 1)
168                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 27.2) / -8.7)))))
169                           (initial-h (1 / (1 + (exp ((Vrest + 56.9) / 4.9)))))
170                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 27.2) / -8.7)))))
171                           (h-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 56.9) / 4.9)))))
172                           (m-tau  (23.2 - (20.8 / (1 + (exp ((v + 32.9) / -15.2))))))
173                           (h-tau  (77.2 - (58.4 / (1 + (exp ((v + 38.9) / -26.5))))))))
174                         )
175
176              (component (type pore)
177                         (const  gbar_A  = 50)
178                         (output gbar_A ))
179
180              (component (type permeating-substance) (name non-specific)
181                         (const e_A = -80)
182                         (output e_A ))
183              )
184
185   (component (type ion-channel) (name H)
186
187              (component (type gate)
188
189                         (hh-ionic-conductance
190                          (H
191                           (m-power 1)
192                           (h-power 0)
193                           (initial-m (1 / (1 + (exp ((Vrest + 75) / 5.5)))))
194                           (m-inf  (1 / (1 + (exp ((v + 75) / 5.5)))))
195                           (m-tau  (2.2 / ((exp ((v + 169.7) / -11.6)) + (exp ((v - 26.7) / 14.3)))))))
196                         )
197
198              (component (type pore)
199                         (const  gbar_H  = 0.1)
200                         (output gbar_H ))
201
202              (component (type permeating-substance) (name non-specific)
203                         (const e_H = -20)
204                         (output e_H ))
205              )
206
207   
208   (component (type ion-channel) (name Leak)
209             
210              (component (type pore)
211                         (const  gbar_Leak  = 0.1)
212                         (output gbar_Leak ))
213             
214              (component (type permeating-substance) (name non-specific)
215                         (const e_Leak = -50)
216                         (output e_Leak ))
217             
218              ) ;; end leak current
219
220   ))
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.