source: project/release/3/nemo/trunk/examples/AKP06/PotIhCa.sxml @ 11995

Last change on this file since 11995 was 11995, checked in by Ivan Raikov, 12 years ago

More bug fixes.

File size: 20.1 KB
Line 
1(ncml:model
2  (@ (name PotIhCa))
3  (ncml:input (@ (id v)) (as v))
4  (ncml:input (@ (id cai)) (as cai))
5  (ncml:input (@ (id cao)) (as cao))
6  (ncml:const (@ (id Vrest)) (ncml:expr -68.0))
7  (ncml:const (@ (id diam)) (ncml:expr 20.0))
8  (ncml:const (@ (id celsius)) (ncml:expr 24.0))
9  (ncml:const (@ (id temp_adj)) (ncml:expr 1.24573093961552))
10  (ncml:defun
11    (@ (id ghk))
12    (ncml:arg v)
13    (ncml:arg celsius)
14    (ncml:arg ci)
15    (ncml:arg co)
16    (ncml:body
17      (ncml:let
18        (ncml:bnds
19          (ncml:bnd (@ (id F)) (ncml:expr 96485.0))
20          (ncml:bnd (@ (id R)) (ncml:expr 8.3145)))
21        (ncml:expr
22          (ncml:let
23            (ncml:bnds
24              (ncml:bnd
25                (@ (id zeta))
26                (ncml:expr
27                  (ncml:div
28                    (ncml:mul (ncml:mul 0.002 (ncml:id F)) (ncml:id v))
29                    (ncml:mul
30                      (ncml:id R)
31                      (ncml:sum 273.19 (ncml:id celsius)))))))
32            (ncml:expr
33              (ncml:apply
34                (@ (id if))
35                (ncml:lt
36                  (ncml:abs
37                    (ncml:sum
38                      1.0
39                      (ncml:neg (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta))))))
40                  1e-06)
41                (ncml:mul
42                  (ncml:mul 1e-06 (ncml:mul 2.0 (ncml:id F)))
43                  (ncml:mul
44                    (ncml:sum
45                      (ncml:id ci)
46                      (ncml:neg
47                        (ncml:mul
48                          (ncml:id co)
49                          (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta))))))
50                    (ncml:sum 1.0 (ncml:div (ncml:id zeta) 2.0))))
51                (ncml:div
52                  (ncml:mul
53                    (ncml:mul
54                      1e-06
55                      (ncml:mul (ncml:mul 2.0 (ncml:id zeta)) (ncml:id F)))
56                    (ncml:sum
57                      (ncml:id ci)
58                      (ncml:neg
59                        (ncml:mul
60                          (ncml:id co)
61                          (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta)))))))
62                  (ncml:sum
63                    1.0
64                    (ncml:neg (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta)))))))))))))
65  (ncml:component
66    (@ (name Kv1) (type ion-channel))
67    (ncml:component
68      (@ (name comp0) (type gate))
69      (ncml:defun
70        (@ (id Kv1_amf))
71        (ncml:arg v)
72        (ncml:body
73          (ncml:let
74            (ncml:bnds
75              (ncml:bnd (@ (id cma)) (ncml:expr 0.12889))
76              (ncml:bnd (@ (id cka)) (ncml:expr -33.90877))
77              (ncml:bnd (@ (id cva)) (ncml:expr 45.0)))
78            (ncml:expr
79              (ncml:mul
80                (ncml:id cma)
81                (ncml:exp
82                  (ncml:neg
83                    (ncml:div
84                      (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cva))
85                      (ncml:id cka)))))))))
86      (ncml:defun
87        (@ (id Kv1_bmf))
88        (ncml:arg v)
89        (ncml:body
90          (ncml:let
91            (ncml:bnds
92              (ncml:bnd (@ (id cmb)) (ncml:expr 0.12889))
93              (ncml:bnd (@ (id ckb)) (ncml:expr 12.42101))
94              (ncml:bnd (@ (id cvb)) (ncml:expr 45.0)))
95            (ncml:expr
96              (ncml:mul
97                (ncml:id cmb)
98                (ncml:exp
99                  (ncml:neg
100                    (ncml:div
101                      (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvb))
102                      (ncml:id ckb)))))))))
103      (ncml:state_complex
104        (@ (id Kv1_m))
105        (ncml:open Kv1_mO)
106        (ncml:initial 0.0737822020422147)
107        (ncml:transitions
108          (ncml:transition
109            (@ (src Kv1_mC) (dst Kv1_mO))
110            (ncml:rate
111              (ncml:mul
112                (ncml:id temp_adj)
113                (ncml:apply (@ (id Kv1_amf)) (ncml:id v)))))
114          (ncml:transition
115            (@ (src Kv1_mO) (dst Kv1_mC))
116            (ncml:rate
117              (ncml:mul
118                (ncml:id temp_adj)
119                (ncml:apply (@ (id Kv1_bmf)) (ncml:id v))))))
120        (ncml:power 4.0))
121      (ncml:output (@ (id Kv1_m))))
122    (ncml:component
123      (@ (name comp1) (type pore))
124      (ncml:const (@ (id gbar_Kv1)) (ncml:expr 0.011))
125      (ncml:output (@ (id gbar_Kv1))))
126    (ncml:component
127      (@ (name k) (type permeating-substance))
128      (ncml:const (@ (id e_Kv1)) (ncml:expr -85.0))
129      (ncml:output (@ (id e_Kv1)))))
130  (ncml:component
131    (@ (name Kv4) (type ion-channel))
132    (ncml:component
133      (@ (name comp4) (type gate))
134      (ncml:defun
135        (@ (id Kv4_amf))
136        (ncml:arg v)
137        (ncml:body
138          (ncml:let
139            (ncml:bnds
140              (ncml:bnd (@ (id can)) (ncml:expr 0.15743))
141              (ncml:bnd (@ (id ckan)) (ncml:expr -32.19976))
142              (ncml:bnd (@ (id cvan)) (ncml:expr 57.0)))
143            (ncml:expr
144              (ncml:mul
145                (ncml:id can)
146                (ncml:exp
147                  (ncml:neg
148                    (ncml:div
149                      (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvan))
150                      (ncml:id ckan)))))))))
151      (ncml:defun
152        (@ (id Kv4_bmf))
153        (ncml:arg v)
154        (ncml:body
155          (ncml:let
156            (ncml:bnds
157              (ncml:bnd (@ (id cbn)) (ncml:expr 0.15743))
158              (ncml:bnd (@ (id ckbn)) (ncml:expr 37.51346))
159              (ncml:bnd (@ (id cvbn)) (ncml:expr 57.0)))
160            (ncml:expr
161              (ncml:mul
162                (ncml:id cbn)
163                (ncml:exp
164                  (ncml:neg
165                    (ncml:div
166                      (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvbn))
167                      (ncml:id ckbn)))))))))
168      (ncml:defun
169        (@ (id Kv4_ahf))
170        (ncml:arg v)
171        (ncml:body
172          (ncml:let
173            (ncml:bnds
174              (ncml:bnd (@ (id cah)) (ncml:expr 0.01342))
175              (ncml:bnd (@ (id ckah)) (ncml:expr -7.86476))
176              (ncml:bnd (@ (id cvah)) (ncml:expr 60.0)))
177            (ncml:expr
178              (ncml:div
179                (ncml:id cah)
180                (ncml:sum
181                  1.0
182                  (ncml:exp
183                    (ncml:neg
184                      (ncml:div
185                        (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvah))
186                        (ncml:id ckah))))))))))
187      (ncml:defun
188        (@ (id Kv4_bhf))
189        (ncml:arg v)
190        (ncml:body
191          (ncml:let
192            (ncml:bnds
193              (ncml:bnd (@ (id cbh)) (ncml:expr 0.04477))
194              (ncml:bnd (@ (id ckbh)) (ncml:expr 11.3615))
195              (ncml:bnd (@ (id cvbh)) (ncml:expr 54.0)))
196            (ncml:expr
197              (ncml:div
198                (ncml:id cbh)
199                (ncml:sum
200                  1.0
201                  (ncml:exp
202                    (ncml:neg
203                      (ncml:div
204                        (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvbh))
205                        (ncml:id ckbh))))))))))
206      (ncml:state_complex
207        (@ (id Kv4_m))
208        (ncml:open Kv4_mO)
209        (ncml:initial 0.34641264037007)
210        (ncml:transitions
211          (ncml:transition
212            (@ (src Kv4_mC) (dst Kv4_mO))
213            (ncml:rate
214              (ncml:mul
215                (ncml:id temp_adj)
216                (ncml:apply (@ (id Kv4_amf)) (ncml:id v)))))
217          (ncml:transition
218            (@ (src Kv4_mO) (dst Kv4_mC))
219            (ncml:rate
220              (ncml:mul
221                (ncml:id temp_adj)
222                (ncml:apply (@ (id Kv4_bmf)) (ncml:id v))))))
223        (ncml:power 4.0))
224      (ncml:state_complex
225        (@ (id Kv4_h))
226        (ncml:open Kv4_hO)
227        (ncml:initial 0.493672083654485)
228        (ncml:transitions
229          (ncml:transition
230            (@ (src Kv4_hC) (dst Kv4_hO))
231            (ncml:rate
232              (ncml:mul
233                (ncml:id temp_adj)
234                (ncml:apply (@ (id Kv4_ahf)) (ncml:id v)))))
235          (ncml:transition
236            (@ (src Kv4_hO) (dst Kv4_hC))
237            (ncml:rate
238              (ncml:mul
239                (ncml:id temp_adj)
240                (ncml:apply (@ (id Kv4_bhf)) (ncml:id v))))))
241        (ncml:power 1.0))
242      (ncml:output (@ (id Kv4_m)))
243      (ncml:output (@ (id Kv4_h))))
244    (ncml:component
245      (@ (name comp5) (type pore))
246      (ncml:const (@ (id gbar_Kv4)) (ncml:expr 0.0039))
247      (ncml:output (@ (id gbar_Kv4))))
248    (ncml:component
249      (@ (name k) (type permeating-substance))
250      (ncml:const (@ (id e_Kv4)) (ncml:expr -85.0))
251      (ncml:output (@ (id e_Kv4)))))
252  (ncml:component
253    (@ (name Ih) (type ion-channel))
254    (ncml:component
255      (@ (name comp8) (type gate))
256      (ncml:defun
257        (@ (id Ih_inf))
258        (ncml:arg v)
259        (ncml:body
260          (ncml:let
261            (ncml:bnds
262              (ncml:bnd (@ (id cvn)) (ncml:expr 90.1))
263              (ncml:bnd (@ (id ckn)) (ncml:expr -9.9)))
264            (ncml:expr
265              (ncml:div
266                1.0
267                (ncml:sum
268                  1.0
269                  (ncml:exp
270                    (ncml:neg
271                      (ncml:div
272                        (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvn))
273                        (ncml:id ckn))))))))))
274      (ncml:defun
275        (@ (id Ih_tau))
276        (ncml:arg v)
277        (ncml:body
278          (ncml:let
279            (ncml:bnds
280              (ncml:bnd (@ (id cct)) (ncml:expr 190.0))
281              (ncml:bnd (@ (id cat)) (ncml:expr 720.0))
282              (ncml:bnd (@ (id cvt)) (ncml:expr 81.5))
283              (ncml:bnd (@ (id ckt)) (ncml:expr 11.9)))
284            (ncml:expr
285              (ncml:sum
286                (ncml:id cct)
287                (ncml:mul
288                  (ncml:id cat)
289                  (ncml:exp
290                    (ncml:neg
291                      (ncml:pow
292                        (ncml:div
293                          (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvt))
294                          (ncml:id ckt))
295                        2.0)))))))))
296      (ncml:state_complex
297        (@ (id Ih_m))
298        (ncml:open Ih_mO)
299        (ncml:initial 0.0968851713304939)
300        (ncml:transitions
301          (ncml:transition
302            (@ (src Ih_mC) (dst Ih_mO))
303            (ncml:rate
304              (ncml:div
305                (ncml:apply (@ (id Ih_inf)) (ncml:id v))
306                (ncml:div
307                  (ncml:id temp_adj)
308                  (ncml:apply (@ (id Ih_tau)) (ncml:id v))))))
309          (ncml:transition
310            (@ (src Ih_mO) (dst Ih_mC))
311            (ncml:rate
312              (ncml:div
313                (ncml:sum
314                  1.0
315                  (ncml:neg (ncml:apply (@ (id Ih_inf)) (ncml:id v))))
316                (ncml:div
317                  (ncml:id temp_adj)
318                  (ncml:apply (@ (id Ih_tau)) (ncml:id v)))))))
319        (ncml:power 1.0))
320      (ncml:output (@ (id Ih_m))))
321    (ncml:component
322      (@ (name comp9) (type pore))
323      (ncml:const (@ (id gbar_Ih)) (ncml:expr 0.2))
324      (ncml:output (@ (id gbar_Ih))))
325    (ncml:component
326      (@ (name non-specific) (type permeating-substance))
327      (ncml:const (@ (id e_Ih)) (ncml:expr -30.0))
328      (ncml:output (@ (id e_Ih)))))
329  (ncml:component
330    (@ (name CaP) (type ion-channel))
331    (ncml:component
332      (@ (name comp12) (type gate))
333      (ncml:defun
334        (@ (id CaP_inf))
335        (ncml:arg v)
336        (ncml:body
337          (ncml:let
338            (ncml:bnds
339              (ncml:bnd (@ (id cv)) (ncml:expr 19.0))
340              (ncml:bnd (@ (id ck)) (ncml:expr 5.5)))
341            (ncml:expr
342              (ncml:div
343                1.0
344                (ncml:sum
345                  1.0
346                  (ncml:exp
347                    (ncml:neg
348                      (ncml:div
349                        (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cv))
350                        (ncml:id ck))))))))))
351      (ncml:defun
352        (@ (id CaP_tau))
353        (ncml:arg v)
354        (ncml:arg temp_adj)
355        (ncml:body
356          (ncml:apply
357            (@ (id if))
358            (ncml:gt (ncml:id v) -50.0)
359            (ncml:mul
360              1000.0
361              (ncml:sum
362                0.000191
363                (ncml:mul
364                  0.00376
365                  (ncml:pow
366                    (ncml:exp
367                      (ncml:neg (ncml:div (ncml:sum (ncml:id v) 41.9) 27.8)))
368                    2.0))))
369            (ncml:mul
370              1000.0
371              (ncml:sum
372                0.00026367
373                (ncml:mul
374                  0.1278
375                  (ncml:exp (ncml:mul 0.10327 (ncml:id v)))))))))
376      (ncml:state_complex
377        (@ (id CaP_m))
378        (ncml:open CaP_mO)
379        (ncml:initial 0.000135136381706817)
380        (ncml:transitions
381          (ncml:transition
382            (@ (src CaP_mC) (dst CaP_mO))
383            (ncml:rate
384              (ncml:div
385                (ncml:apply (@ (id CaP_inf)) (ncml:id v))
386                (ncml:div
387                  (ncml:apply (@ (id CaP_tau)) (ncml:id v))
388                  (ncml:id temp_adj)))))
389          (ncml:transition
390            (@ (src CaP_mO) (dst CaP_mC))
391            (ncml:rate
392              (ncml:div
393                (ncml:sum
394                  1.0
395                  (ncml:neg (ncml:apply (@ (id CaP_inf)) (ncml:id v))))
396                (ncml:div
397                  (ncml:apply (@ (id CaP_tau)) (ncml:id v))
398                  (ncml:id temp_adj))))))
399        (ncml:power 1.0))
400      (ncml:output (@ (id CaP_m))))
401    (ncml:component
402      (@ (name comp13) (type pore))
403      (ncml:const (@ (id gmax_CaP)) (ncml:expr 0.01667))
404      (ncml:asgn
405        (@ (id gbar_CaP))
406        (ncml:expr
407          (ncml:mul
408            (ncml:id gmax_CaP)
409            (ncml:apply
410              (@ (id ghk))
411              (ncml:id v)
412              (ncml:id celsius)
413              (ncml:id cai)
414              (ncml:id cao)))))
415      (ncml:output (@ (id gbar_CaP))))
416    (ncml:component (@ (name ca) (type accumulating-substance))))
417  (ncml:component
418    (@ (name CaBK) (type ion-channel))
419    (ncml:component
420      (@ (name comp16) (type gate))
421      (ncml:defun
422        (@ (id CaBK_zinf))
423        (ncml:arg ca)
424        (ncml:body
425          (ncml:let
426            (ncml:bnds (ncml:bnd (@ (id zhalf)) (ncml:expr 0.001)))
427            (ncml:expr
428              (ncml:div
429                1.0
430                (ncml:sum 1.0 (ncml:div (ncml:id zhalf) (ncml:id ca))))))))
431      (ncml:const (@ (id CaBK_ztau)) (ncml:expr 1.0))
432      (ncml:defun
433        (@ (id CaBK_minf))
434        (ncml:arg v)
435        (ncml:body
436          (ncml:let
437            (ncml:bnds
438              (ncml:bnd (@ (id cvm)) (ncml:expr 28.9))
439              (ncml:bnd (@ (id ckm)) (ncml:expr 6.2)))
440            (ncml:expr
441              (ncml:div
442                1.0
443                (ncml:sum
444                  1.0
445                  (ncml:exp
446                    (ncml:neg
447                      (ncml:div
448                        (ncml:sum (ncml:sum (ncml:id v) 5.0) (ncml:id cvm))
449                        (ncml:id ckm))))))))))
450      (ncml:defun
451        (@ (id CaBK_mtau))
452        (ncml:arg v)
453        (ncml:body
454          (ncml:let
455            (ncml:bnds
456              (ncml:bnd (@ (id ctm)) (ncml:expr 0.000505))
457              (ncml:bnd (@ (id cvtm1)) (ncml:expr 86.4))
458              (ncml:bnd (@ (id cktm1)) (ncml:expr -10.1))
459              (ncml:bnd (@ (id cvtm2)) (ncml:expr -33.3))
460              (ncml:bnd (@ (id cktm2)) (ncml:expr 10.0)))
461            (ncml:expr
462              (ncml:sum
463                (ncml:id ctm)
464                (ncml:div
465                  1.0
466                  (ncml:sum
467                    (ncml:exp
468                      (ncml:neg
469                        (ncml:div
470                          (ncml:sum (ncml:sum (ncml:id v) 5.0) (ncml:id cvtm1))
471                          (ncml:id cktm1))))
472                    (ncml:exp
473                      (ncml:neg
474                        (ncml:div
475                          (ncml:sum (ncml:sum (ncml:id v) 5.0) (ncml:id cvtm2))
476                          (ncml:id cktm2)))))))))))
477      (ncml:defun
478        (@ (id CaBK_hinf))
479        (ncml:arg v)
480        (ncml:body
481          (ncml:let
482            (ncml:bnds
483              (ncml:bnd (@ (id ch)) (ncml:expr 0.085))
484              (ncml:bnd (@ (id cvh)) (ncml:expr 32.0))
485              (ncml:bnd (@ (id ckh)) (ncml:expr -5.8)))
486            (ncml:expr
487              (ncml:sum
488                (ncml:id ch)
489                (ncml:div
490                  (ncml:sum 1.0 (ncml:neg (ncml:id ch)))
491                  (ncml:sum
492                    1.0
493                    (ncml:exp
494                      (ncml:neg
495                        (ncml:div
496                          (ncml:sum (ncml:sum (ncml:id v) 5.0) (ncml:id cvh))
497                          (ncml:id ckh)))))))))))
498      (ncml:defun
499        (@ (id CaBK_htau))
500        (ncml:arg v)
501        (ncml:body
502          (ncml:let
503            (ncml:bnds
504              (ncml:bnd (@ (id cth)) (ncml:expr 0.0019))
505              (ncml:bnd (@ (id cvth1)) (ncml:expr 48.5))
506              (ncml:bnd (@ (id ckth1)) (ncml:expr -5.2))
507              (ncml:bnd (@ (id cvth2)) (ncml:expr -54.2))
508              (ncml:bnd (@ (id ckth2)) (ncml:expr 12.9)))
509            (ncml:expr
510              (ncml:sum
511                (ncml:id cth)
512                (ncml:div
513                  1.0
514                  (ncml:sum
515                    (ncml:exp
516                      (ncml:div
517                        (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvth1))
518                        (ncml:id ckth1)))
519                    (ncml:exp
520                      (ncml:div
521                        (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvth2))
522                        (ncml:id ckth2))))))))))
523      (ncml:state_complex
524        (@ (id CaBK_z))
525        (ncml:open zO)
526        (ncml:initial 0.0909090909090909)
527        (ncml:transitions
528          (ncml:transition
529            (@ (src zC) (dst zO))
530            (ncml:rate
531              (ncml:div
532                (ncml:apply (@ (id CaBK_zinf)) (ncml:id cai))
533                (ncml:id CaBK_ztau))))
534          (ncml:transition
535            (@ (src zO) (dst zC))
536            (ncml:rate
537              (ncml:div
538                (ncml:sum
539                  1.0
540                  (ncml:neg (ncml:apply (@ (id CaBK_zinf)) (ncml:id cai))))
541                (ncml:id CaBK_ztau)))))
542        (ncml:power 2.0))
543      (ncml:state_complex
544        (@ (id CaBK_m))
545        (ncml:open CaBK_mO)
546        (ncml:initial 0.00326726870663768)
547        (ncml:transitions
548          (ncml:transition
549            (@ (src CaBK_mC) (dst CaBK_mO))
550            (ncml:rate
551              (ncml:div
552                (ncml:div
553                  (ncml:apply (@ (id CaBK_minf)) (ncml:id v))
554                  (ncml:id temp_adj))
555                (ncml:div
556                  (ncml:apply (@ (id CaBK_mtau)) (ncml:id v))
557                  (ncml:id temp_adj)))))
558          (ncml:transition
559            (@ (src CaBK_mO) (dst CaBK_mC))
560            (ncml:rate
561              (ncml:div
562                (ncml:sum
563                  1.0
564                  (ncml:neg
565                    (ncml:div
566                      (ncml:apply (@ (id CaBK_minf)) (ncml:id v))
567                      (ncml:id temp_adj))))
568                (ncml:div
569                  (ncml:apply (@ (id CaBK_mtau)) (ncml:id v))
570                  (ncml:id temp_adj))))))
571        (ncml:power 3.0))
572      (ncml:state_complex
573        (@ (id CaBK_h))
574        (ncml:open CaBK_hO)
575        (ncml:initial 0.799252570696669)
576        (ncml:transitions
577          (ncml:transition
578            (@ (src CaBK_hC) (dst CaBK_hO))
579            (ncml:rate
580              (ncml:div
581                (ncml:div
582                  (ncml:apply (@ (id CaBK_hinf)) (ncml:id v))
583                  (ncml:id temp_adj))
584                (ncml:div
585                  (ncml:apply (@ (id CaBK_htau)) (ncml:id v))
586                  (ncml:id temp_adj)))))
587          (ncml:transition
588            (@ (src CaBK_hO) (dst CaBK_hC))
589            (ncml:rate
590              (ncml:div
591                (ncml:sum
592                  1.0
593                  (ncml:neg
594                    (ncml:div
595                      (ncml:apply (@ (id CaBK_hinf)) (ncml:id v))
596                      (ncml:id temp_adj))))
597                (ncml:div
598                  (ncml:apply (@ (id CaBK_htau)) (ncml:id v))
599                  (ncml:id temp_adj))))))
600        (ncml:power 1.0))
601      (ncml:output (@ (id CaBK_z)))
602      (ncml:output (@ (id CaBK_m)))
603      (ncml:output (@ (id CaBK_h))))
604    (ncml:component
605      (@ (name comp17) (type pore))
606      (ncml:const (@ (id gbar_CaBK)) (ncml:expr 0.014))
607      (ncml:output (@ (id gbar_CaBK))))
608    (ncml:component
609      (@ (name k) (type permeating-substance))
610      (ncml:const (@ (id e_CaBK)) (ncml:expr -85.0))
611      (ncml:output (@ (id e_CaBK))))))
Note: See TracBrowser for help on using the repository browser.