| 1 | (ncml:model |
|---|
| 2 | (@ (name PotIhCa)) |
|---|
| 3 | (ncml:input (@ (id v)) (as v)) |
|---|
| 4 | (ncml:input (@ (id cai)) (as cai)) |
|---|
| 5 | (ncml:input (@ (id cao)) (as cao)) |
|---|
| 6 | (ncml:const (@ (id Vrest)) (ncml:expr -68.0)) |
|---|
| 7 | (ncml:const (@ (id diam)) (ncml:expr 20.0)) |
|---|
| 8 | (ncml:const (@ (id celsius)) (ncml:expr 24.0)) |
|---|
| 9 | (ncml:const (@ (id temp_adj)) (ncml:expr 1.24573093961552)) |
|---|
| 10 | (ncml:defun |
|---|
| 11 | (@ (id ghk)) |
|---|
| 12 | (ncml:arg v) |
|---|
| 13 | (ncml:arg celsius) |
|---|
| 14 | (ncml:arg ci) |
|---|
| 15 | (ncml:arg co) |
|---|
| 16 | (ncml:body |
|---|
| 17 | (ncml:let |
|---|
| 18 | (ncml:bnds |
|---|
| 19 | (ncml:bnd (@ (id F)) (ncml:expr 96485.0)) |
|---|
| 20 | (ncml:bnd (@ (id R)) (ncml:expr 8.3145))) |
|---|
| 21 | (ncml:expr |
|---|
| 22 | (ncml:let |
|---|
| 23 | (ncml:bnds |
|---|
| 24 | (ncml:bnd |
|---|
| 25 | (@ (id zeta)) |
|---|
| 26 | (ncml:expr |
|---|
| 27 | (ncml:div |
|---|
| 28 | (ncml:mul (ncml:mul 0.002 (ncml:id F)) (ncml:id v)) |
|---|
| 29 | (ncml:mul |
|---|
| 30 | (ncml:id R) |
|---|
| 31 | (ncml:sum 273.19 (ncml:id celsius))))))) |
|---|
| 32 | (ncml:expr |
|---|
| 33 | (ncml:apply |
|---|
| 34 | (@ (id if)) |
|---|
| 35 | (ncml:lt |
|---|
| 36 | (ncml:abs |
|---|
| 37 | (ncml:sum |
|---|
| 38 | 1.0 |
|---|
| 39 | (ncml:neg (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta)))))) |
|---|
| 40 | 1e-06) |
|---|
| 41 | (ncml:mul |
|---|
| 42 | (ncml:mul 1e-06 (ncml:mul 2.0 (ncml:id F))) |
|---|
| 43 | (ncml:mul |
|---|
| 44 | (ncml:sum |
|---|
| 45 | (ncml:id ci) |
|---|
| 46 | (ncml:neg |
|---|
| 47 | (ncml:mul |
|---|
| 48 | (ncml:id co) |
|---|
| 49 | (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta)))))) |
|---|
| 50 | (ncml:sum 1.0 (ncml:div (ncml:id zeta) 2.0)))) |
|---|
| 51 | (ncml:div |
|---|
| 52 | (ncml:mul |
|---|
| 53 | (ncml:mul |
|---|
| 54 | 1e-06 |
|---|
| 55 | (ncml:mul (ncml:mul 2.0 (ncml:id zeta)) (ncml:id F))) |
|---|
| 56 | (ncml:sum |
|---|
| 57 | (ncml:id ci) |
|---|
| 58 | (ncml:neg |
|---|
| 59 | (ncml:mul |
|---|
| 60 | (ncml:id co) |
|---|
| 61 | (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta))))))) |
|---|
| 62 | (ncml:sum |
|---|
| 63 | 1.0 |
|---|
| 64 | (ncml:neg (ncml:exp (ncml:neg (ncml:id zeta))))))))))))) |
|---|
| 65 | (ncml:component |
|---|
| 66 | (@ (name comp2) (type ion-channel)) |
|---|
| 67 | (ncml:component |
|---|
| 68 | (@ (name comp0) (type gate)) |
|---|
| 69 | (ncml:const (@ (id cma)) (ncml:expr 0.12889)) |
|---|
| 70 | (ncml:const (@ (id cka)) (ncml:expr -33.90877)) |
|---|
| 71 | (ncml:const (@ (id cva)) (ncml:expr 45.0)) |
|---|
| 72 | (ncml:defun |
|---|
| 73 | (@ (id Kv1_amf)) |
|---|
| 74 | (ncml:arg v) |
|---|
| 75 | (ncml:arg cma) |
|---|
| 76 | (ncml:arg cva) |
|---|
| 77 | (ncml:arg cka) |
|---|
| 78 | (ncml:arg temp_adj) |
|---|
| 79 | (ncml:body |
|---|
| 80 | (ncml:mul |
|---|
| 81 | (ncml:mul (ncml:id temp_adj) (ncml:id cma)) |
|---|
| 82 | (ncml:exp |
|---|
| 83 | (ncml:neg |
|---|
| 84 | (ncml:div |
|---|
| 85 | (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cva)) |
|---|
| 86 | (ncml:id cka))))))) |
|---|
| 87 | (ncml:const (@ (id cmb)) (ncml:expr 0.12889)) |
|---|
| 88 | (ncml:const (@ (id ckb)) (ncml:expr 12.42101)) |
|---|
| 89 | (ncml:const (@ (id cvb)) (ncml:expr 45.0)) |
|---|
| 90 | (ncml:defun |
|---|
| 91 | (@ (id Kv1_bmf)) |
|---|
| 92 | (ncml:arg v) |
|---|
| 93 | (ncml:arg cmb) |
|---|
| 94 | (ncml:arg cvb) |
|---|
| 95 | (ncml:arg ckb) |
|---|
| 96 | (ncml:arg temp_adj) |
|---|
| 97 | (ncml:body |
|---|
| 98 | (ncml:mul |
|---|
| 99 | (ncml:mul (ncml:id temp_adj) (ncml:id cmb)) |
|---|
| 100 | (ncml:exp |
|---|
| 101 | (ncml:neg |
|---|
| 102 | (ncml:div |
|---|
| 103 | (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvb)) |
|---|
| 104 | (ncml:id ckb))))))) |
|---|
| 105 | (ncml:state_complex |
|---|
| 106 | (@ (id Kv1_m)) |
|---|
| 107 | (ncml:open Kv1_mO) |
|---|
| 108 | (ncml:initial 0.0737822020422147) |
|---|
| 109 | (ncml:transitions |
|---|
| 110 | (ncml:transition |
|---|
| 111 | (@ (src Kv1_mC) (dst Kv1_mO)) |
|---|
| 112 | (ncml:rate |
|---|
| 113 | (ncml:apply |
|---|
| 114 | (@ (id Kv1_amf)) |
|---|
| 115 | (ncml:id v) |
|---|
| 116 | (ncml:id cma) |
|---|
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|---|
| 118 | (ncml:id cka) |
|---|
| 119 | (ncml:id temp_adj)))) |
|---|
| 120 | (ncml:transition |
|---|
| 121 | (@ (src Kv1_mO) (dst Kv1_mC)) |
|---|
| 122 | (ncml:rate |
|---|
| 123 | (ncml:apply |
|---|
| 124 | (@ (id Kv1_bmf)) |
|---|
| 125 | (ncml:id v) |
|---|
| 126 | (ncml:id cmb) |
|---|
| 127 | (ncml:id cvb) |
|---|
| 128 | (ncml:id ckb) |
|---|
| 129 | (ncml:id temp_adj))))) |
|---|
| 130 | (ncml:power 4.0)) |
|---|
| 131 | (ncml:output (@ (id Kv1_m)))) |
|---|
| 132 | (ncml:component |
|---|
| 133 | (@ (name comp1) (type pore)) |
|---|
| 134 | (ncml:const (@ (id gbar_Kv1)) (ncml:expr 0.011)) |
|---|
| 135 | (ncml:output (@ (id gbar_Kv1)))) |
|---|
| 136 | (ncml:component |
|---|
| 137 | (@ (name k) (type permeating-substance)) |
|---|
| 138 | (ncml:const (@ (id e_CaBK)) (ncml:expr -85.0)) |
|---|
| 139 | (ncml:output (@ (id e_CaBK))))) |
|---|
| 140 | (ncml:component |
|---|
| 141 | (@ (name comp5) (type ion-channel)) |
|---|
| 142 | (ncml:component |
|---|
| 143 | (@ (name comp3) (type gate)) |
|---|
| 144 | (ncml:const (@ (id can)) (ncml:expr 0.15743)) |
|---|
| 145 | (ncml:const (@ (id ckan)) (ncml:expr -32.19976)) |
|---|
| 146 | (ncml:const (@ (id cvan)) (ncml:expr 57.0)) |
|---|
| 147 | (ncml:defun |
|---|
| 148 | (@ (id Kv4_amf)) |
|---|
| 149 | (ncml:arg v) |
|---|
| 150 | (ncml:arg can) |
|---|
| 151 | (ncml:arg cvan) |
|---|
| 152 | (ncml:arg ckan) |
|---|
| 153 | (ncml:arg temp_adj) |
|---|
| 154 | (ncml:body |
|---|
| 155 | (ncml:mul |
|---|
| 156 | (ncml:mul (ncml:id temp_adj) (ncml:id can)) |
|---|
| 157 | (ncml:exp |
|---|
| 158 | (ncml:neg |
|---|
| 159 | (ncml:div |
|---|
| 160 | (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvan)) |
|---|
| 161 | (ncml:id ckan))))))) |
|---|
| 162 | (ncml:const (@ (id cbn)) (ncml:expr 0.15743)) |
|---|
| 163 | (ncml:const (@ (id ckbn)) (ncml:expr 37.51346)) |
|---|
| 164 | (ncml:const (@ (id cvbn)) (ncml:expr 57.0)) |
|---|
| 165 | (ncml:defun |
|---|
| 166 | (@ (id Kv4_bmf)) |
|---|
| 167 | (ncml:arg v) |
|---|
| 168 | (ncml:arg cbn) |
|---|
| 169 | (ncml:arg cvbn) |
|---|
| 170 | (ncml:arg ckbn) |
|---|
| 171 | (ncml:arg temp_adj) |
|---|
| 172 | (ncml:body |
|---|
| 173 | (ncml:mul |
|---|
| 174 | (ncml:mul (ncml:id temp_adj) (ncml:id cbn)) |
|---|
| 175 | (ncml:exp |
|---|
| 176 | (ncml:neg |
|---|
| 177 | (ncml:div |
|---|
| 178 | (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvbn)) |
|---|
| 179 | (ncml:id ckbn))))))) |
|---|
| 180 | (ncml:const (@ (id cah)) (ncml:expr 0.01342)) |
|---|
| 181 | (ncml:const (@ (id ckah)) (ncml:expr -7.86476)) |
|---|
| 182 | (ncml:const (@ (id cvah)) (ncml:expr 60.0)) |
|---|
| 183 | (ncml:defun |
|---|
| 184 | (@ (id Kv4_ahf)) |
|---|
| 185 | (ncml:arg v) |
|---|
| 186 | (ncml:arg cah) |
|---|
| 187 | (ncml:arg cvah) |
|---|
| 188 | (ncml:arg ckah) |
|---|
| 189 | (ncml:arg temp_adj) |
|---|
| 190 | (ncml:body |
|---|
| 191 | (ncml:mul |
|---|
| 192 | (ncml:id temp_adj) |
|---|
| 193 | (ncml:div |
|---|
| 194 | (ncml:id cah) |
|---|
| 195 | (ncml:sum |
|---|
| 196 | 1.0 |
|---|
| 197 | (ncml:exp |
|---|
| 198 | (ncml:neg |
|---|
| 199 | (ncml:div |
|---|
| 200 | (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvah)) |
|---|
| 201 | (ncml:id ckah))))))))) |
|---|
| 202 | (ncml:const (@ (id cbh)) (ncml:expr 0.04477)) |
|---|
| 203 | (ncml:const (@ (id ckbh)) (ncml:expr 11.3615)) |
|---|
| 204 | (ncml:const (@ (id cvbh)) (ncml:expr 54.0)) |
|---|
| 205 | (ncml:defun |
|---|
| 206 | (@ (id Kv4_bhf)) |
|---|
| 207 | (ncml:arg v) |
|---|
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|---|
| 209 | (ncml:arg cvbh) |
|---|
| 210 | (ncml:arg ckbh) |
|---|
| 211 | (ncml:arg temp_adj) |
|---|
| 212 | (ncml:body |
|---|
| 213 | (ncml:mul |
|---|
| 214 | (ncml:id temp_adj) |
|---|
| 215 | (ncml:div |
|---|
| 216 | (ncml:id cbh) |
|---|
| 217 | (ncml:sum |
|---|
| 218 | 1.0 |
|---|
| 219 | (ncml:exp |
|---|
| 220 | (ncml:neg |
|---|
| 221 | (ncml:div |
|---|
| 222 | (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvbh)) |
|---|
| 223 | (ncml:id ckbh))))))))) |
|---|
| 224 | (ncml:state_complex |
|---|
| 225 | (@ (id Kv4_m)) |
|---|
| 226 | (ncml:open Kv4_mO) |
|---|
| 227 | (ncml:initial 0.34641264037007) |
|---|
| 228 | (ncml:transitions |
|---|
| 229 | (ncml:transition |
|---|
| 230 | (@ (src Kv4_mC) (dst Kv4_mO)) |
|---|
| 231 | (ncml:rate |
|---|
| 232 | (ncml:apply |
|---|
| 233 | (@ (id Kv4_amf)) |
|---|
| 234 | (ncml:id v) |
|---|
| 235 | (ncml:id can) |
|---|
| 236 | (ncml:id cvan) |
|---|
| 237 | (ncml:id ckan) |
|---|
| 238 | (ncml:id temp_adj)))) |
|---|
| 239 | (ncml:transition |
|---|
| 240 | (@ (src Kv4_mO) (dst Kv4_mC)) |
|---|
| 241 | (ncml:rate |
|---|
| 242 | (ncml:apply |
|---|
| 243 | (@ (id Kv4_bmf)) |
|---|
| 244 | (ncml:id v) |
|---|
| 245 | (ncml:id cbn) |
|---|
| 246 | (ncml:id cvbn) |
|---|
| 247 | (ncml:id ckbn) |
|---|
| 248 | (ncml:id temp_adj))))) |
|---|
| 249 | (ncml:power 4.0)) |
|---|
| 250 | (ncml:state_complex |
|---|
| 251 | (@ (id Kv4_h)) |
|---|
| 252 | (ncml:open Kv4_hO) |
|---|
| 253 | (ncml:initial 0.567859615479398) |
|---|
| 254 | (ncml:transitions |
|---|
| 255 | (ncml:transition |
|---|
| 256 | (@ (src Kv4_hC) (dst Kv4_hO)) |
|---|
| 257 | (ncml:rate |
|---|
| 258 | (ncml:apply |
|---|
| 259 | (@ (id Kv4_ahf)) |
|---|
| 260 | (ncml:id v) |
|---|
| 261 | (ncml:id cah) |
|---|
| 262 | (ncml:id cvh) |
|---|
| 263 | (ncml:id ckah) |
|---|
| 264 | (ncml:id temp_adj)))) |
|---|
| 265 | (ncml:transition |
|---|
| 266 | (@ (src Kv4_hO) (dst Kv4_hC)) |
|---|
| 267 | (ncml:rate |
|---|
| 268 | (ncml:apply |
|---|
| 269 | (@ (id Kv4_bhf)) |
|---|
| 270 | (ncml:id v) |
|---|
| 271 | (ncml:id cbh) |
|---|
| 272 | (ncml:id cvbh) |
|---|
| 273 | (ncml:id ckbh) |
|---|
| 274 | (ncml:id temp_adj))))) |
|---|
| 275 | (ncml:power 1.0)) |
|---|
| 276 | (ncml:output (@ (id Kv4_m))) |
|---|
| 277 | (ncml:output (@ (id Kv4_h)))) |
|---|
| 278 | (ncml:component |
|---|
| 279 | (@ (name comp4) (type pore)) |
|---|
| 280 | (ncml:const (@ (id gbar_Kv4)) (ncml:expr 0.0039)) |
|---|
| 281 | (ncml:output (@ (id gbar_Kv4)))) |
|---|
| 282 | (ncml:component |
|---|
| 283 | (@ (name k) (type permeating-substance)) |
|---|
| 284 | (ncml:const (@ (id e_CaBK)) (ncml:expr -85.0)) |
|---|
| 285 | (ncml:output (@ (id e_CaBK))))) |
|---|
| 286 | (ncml:component |
|---|
| 287 | (@ (name comp8) (type ion-channel)) |
|---|
| 288 | (ncml:component |
|---|
| 289 | (@ (name comp6) (type gate)) |
|---|
| 290 | (ncml:const (@ (id cvn)) (ncml:expr 90.1)) |
|---|
| 291 | (ncml:const (@ (id ckn)) (ncml:expr -9.9)) |
|---|
| 292 | (ncml:defun |
|---|
| 293 | (@ (id Ih_inf)) |
|---|
| 294 | (ncml:arg v) |
|---|
| 295 | (ncml:arg cvn) |
|---|
| 296 | (ncml:arg ckn) |
|---|
| 297 | (ncml:body |
|---|
| 298 | (ncml:div |
|---|
| 299 | 1.0 |
|---|
| 300 | (ncml:sum |
|---|
| 301 | 1.0 |
|---|
| 302 | (ncml:exp |
|---|
| 303 | (ncml:neg |
|---|
| 304 | (ncml:div |
|---|
| 305 | (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvn)) |
|---|
| 306 | (ncml:id ckn)))))))) |
|---|
| 307 | (ncml:const (@ (id cct)) (ncml:expr 190.0)) |
|---|
| 308 | (ncml:const (@ (id cat)) (ncml:expr 720.0)) |
|---|
| 309 | (ncml:const (@ (id cvt)) (ncml:expr 81.5)) |
|---|
| 310 | (ncml:const (@ (id ckt)) (ncml:expr 11.9)) |
|---|
| 311 | (ncml:defun |
|---|
| 312 | (@ (id Ih_tau)) |
|---|
| 313 | (ncml:arg v) |
|---|
| 314 | (ncml:arg cct) |
|---|
| 315 | (ncml:arg cat) |
|---|
| 316 | (ncml:arg cvt) |
|---|
| 317 | (ncml:arg ckt) |
|---|
| 318 | (ncml:arg temp_adj) |
|---|
| 319 | (ncml:body |
|---|
| 320 | (ncml:div |
|---|
| 321 | (ncml:sum |
|---|
| 322 | (ncml:id cct) |
|---|
| 323 | (ncml:mul |
|---|
| 324 | (ncml:id cat) |
|---|
| 325 | (ncml:exp |
|---|
| 326 | (ncml:neg |
|---|
| 327 | (ncml:pow |
|---|
| 328 | (ncml:div |
|---|
| 329 | (ncml:sum (ncml:id v) (ncml:id cvt)) |
|---|
| 330 | (ncml:id ckt)) |
|---|
| 331 | 2.0))))) |
|---|
| 332 | (ncml:id temp_adj)))) |
|---|
| 333 | (ncml:state_complex |
|---|
| 334 | (@ (id Ih_m)) |
|---|
| 335 | (ncml:open Ih_mO) |
|---|
| 336 | (ncml:initial 0.0968851713304939) |
|---|
| 337 | (ncml:transitions |
|---|
| 338 | (ncml:transition |
|---|
| 339 | (@ (src Ih_mC) (dst Ih_mO)) |
|---|
| 340 | (ncml:rate |
|---|
| 341 | (ncml:div |
|---|
| 342 | (ncml:apply |
|---|
| 343 | (@ (id Ih_inf)) |
|---|
| 344 | (ncml:id v) |
|---|
| 345 | (ncml:id cvn) |
|---|
| 346 | (ncml:id ckn)) |
|---|
| 347 | (ncml:apply |
|---|
| 348 | (@ (id Ih_tau)) |
|---|
| 349 | (ncml:id v) |
|---|
| 350 | (ncml:id cct) |
|---|
| 351 | (ncml:id cat) |
|---|
| 352 | (ncml:id cvt) |
|---|
| 353 | (ncml:id ckt) |
|---|
| 354 | (ncml:id temp_adj))))) |
|---|
| 355 | (ncml:transition |
|---|
| 356 | (@ (src Ih_mO) (dst Ih_mC)) |
|---|
| 357 | (ncml:rate |
|---|
| 358 | (ncml:div |
|---|
| 359 | (ncml:sum |
|---|
| 360 | 1.0 |
|---|
| 361 | (ncml:neg |
|---|
| 362 | (ncml:apply |
|---|
| 363 | (@ (id Ih_inf)) |
|---|
| 364 | (ncml:id v) |
|---|
| 365 | (ncml:id cvn) |
|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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| 450 | (ncml:rate |
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|---|
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| 456 | (@ (id CaP_inf)) |
|---|
| 457 | (ncml:id v) |
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
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|---|
| 597 | (ncml:exp |
|---|
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|---|
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| 664 | (@ (id CaBK_mtau)) |
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|---|
| 666 | (ncml:id ctm) |
|---|
| 667 | (ncml:id cvtm1) |
|---|
| 668 | (ncml:id cktm1) |
|---|
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|---|
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|---|
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| 696 | (ncml:id cvth2) |
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| 697 | (ncml:id temp_adj))))) |
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|---|
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| 707 | (ncml:id v) |
|---|
| 708 | (ncml:id ch) |
|---|
| 709 | (ncml:id cvh) |
|---|
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|---|
| 711 | (ncml:id temp_adj)))) |
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| 713 | (@ (id CaBK_htau)) |
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| 728 | (ncml:output (@ (id gbar_CaBK)))) |
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| 730 | (@ (name k) (type permeating-substance)) |
|---|
| 731 | (ncml:const (@ (id e_CaBK)) (ncml:expr -85.0)) |
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| 732 | (ncml:output (@ (id e_CaBK)))))) |
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